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대장균의 alkaline phosphatase가 융합된 anti-DR4 single-chain Fv (ScFv) 항체의 개발
The development of anti-DR4 single-chain Fv (ScFv) antibody fused to Escherichia coli alkaline phosphatase 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.52 no.1, 2016년, pp.10 - 17  

한승희 (창원대학교 자연과학대학 생명보건학부) ,  김진규 (창원대학교 자연과학대학 생명보건학부)

초록
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항체의 특이적 결합을 분석하는 효소면역분석법은 항원의 탐지를 위해 주로 horseradish peroxidase (HRP) 또는 alkaline phosphatase (AP) 등의 효소를 사용한다. 이때 효소를 주로 화학적으로 항체에 결합시켜 사용하게 되는데 이 과정이 복잡하며 불규칙하게 일어나서 항체 및 효소의 기능을 감소시키게 된다. 또한 대부분의 효소면역분석법에서는 주로 일차 항체의 항원결합을 탐지하기위해 이차 항체를 사용하는데, 즉 이차 항체에 결합한 효소의 기질발색에 의해 일차 항체의 항원결합을 탐지하므로 이차 항체가 요구 되어질 뿐만 아니라 이차 항체의 일차 항체에 대한 반응을 위한 부가적인 배양시간이 필요하다. 더욱 더 중요한 것은 이차 항체만의 비특이적 항원 결합 역시 제거되어져야 한다. 본 연구에서는 대장균의 genomic DNA로부터 PCR을 통해 alkaline phosphatase 유전자(Sadeghi et al., 2008)를 증폭 분리한 다음 이를 TRAIL (tumor necrosis factor ${\alpha}$ related apoptosis induced ligand) receptor인 death receptor 4 (DR4)에 특이적으로 결합하는 hAY4 single-chain Fv (ScFv)에 융합시킨 재조합 ScFv-AP 형태로 대장균에서 발현시켜 정제하였다. 정제된 hAY4 ScFv-AP는 SDS-PAGE에서 단량체(monomer) 분자량인 73.8 kDa을 나타내었다. 그러나 size-exclusion chromatography(SEC)에서는 147.6 kDa을 나타내는 결과를 통해 hAY4 ScFv-AP는 AP의 자연적인 비공유결합에 의해 이량체(dimeric form)형성이 유도되어짐을 확인하였다. 또한 ELISA, Western blot 그리고 immunocytochemistry에서 이차 항체 없이 일차 항체 hAY4 ScFv에 직접 융합된 AP의 기질발색에 의해 ScFv 일차 항체의 특이적 항원결합을 나타내었다. 요약하면 hAY4 ScFv와 대장균의 alkaline phosphatase 유전자를 융합시켜 대장균에서 수용성 형태로 성공적으로 정제하였으며 정제된 ScFv-AP 융합단백질은 ELISA, Western blot 및 immunocytochemistry에서 항원결합력을 나타냈으며 또한 구매에 따른 고비용, 부가적인 배양시간 및 비특이적 결합에 의한 오류 등의 문제점을 갖는 이차 항체를 사용하지 않고 직접적인 항원결합력을 나타내었다.

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

Enzyme immunoassay to analyze specific binding activity of antibody to antigen uses horseradish peroxidase (HRP) or alkaline phosphatase (AP). Chemical methods are usually used for coupling of these enzymes to antibody, which is complicated and random cross-linking process. As results, it causes dec...

주제어

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제안 방법

  • 4°C에서 1 μg의 death receptor 4 (DR4) 또는 bovine serum albumin (BSA)의 항원이 고정된 plate (Nunc)를 사용하였으며 4°C에서 1 μg의 death receptor 4 (DR4)를 고정시키고 PBS에 0.1%의 Tween 20을 첨가한 PBS-T buffer로 세척하고, Skim milk를 2% 포함한 PBS-T buffer를 blocking buffer로 사용하였다.
  • 3). SDS-PAGE에 의해서는 비공유결합에 의한 이량체(dimer) 형성을 결정 할 수 없으므로 비공유결합에 의한 이량체 형성을 확인하기 위해 정제 되어진 각각의 단백질을 size exclusion chromatography (SEC)를 통해 분획하였고, 이량체 및 단량체 단백질 분획의 용출 위치를 결정하기 위해 이미 분자량이 알려진 단백질 분자량마커를 동일 조건에서 분획하였다. 그 결과 결정 되어진 hAY4 ScFv-AP, AP only 및 hAY4 ScFv의 분자량은 각각 147.
  • hAY4 ScFv-AP 발현 벡터는 합성된 대장균 alkaline phosphatase(AP) 유전자를 클로닝하여 제한효소 NotI-BstEII에 의해 hAY4 ScFv의 C-terminus에 삽입하여 hAY4 ScFv-AP 형태로 구축하였다(Figs. 1 and 2). 즉, AP motif 유전자의 upstream에 hAY4 ScFv 항체 유전자(Lee et al.
  • 1). 구축된 발현벡터는 lacZ promoter를 사용하여 IPTG에 의한 단백질발현을 유도하였고 아미노말단에 pelB leader(Lei et al., 1987)를 삽입하여 발현된 단백질을 대장균의 막 주변 공간(periplasmic space)으로 이동시켜 수용성 단백질로 분비되도록 하였다(Fig. 1). 카르복시말단에는 6개의 히스티딘으로 이루어진 hexahistidine tag을 삽입하여 Ni+-NTA-agarose affinity chromatography를 이용하여 발현된 단백질을 정제하였으며(Fig.
  • 4 μg, 4 μg, 40 μg를 각각 먼저 1시간 동안 반응시킨 후 PBS-T 세척 후 hAY4 ScFv-AP 1 μg을 1시간 동안 다시 반응시켰다. 그 후 공통적으로 PBS-T를 이용한 3번의 세척 후 발색기질로 p-nitrophenyl phosphate (Sigma-Aldrich)를 처리하여 발색하였다. 노란색으로 발색되어진 plate는 microplate reader (Biochrom)를 이용해 405 nm 파장에서 흡광도를 측정하였다.
  • org/pdb/home)에서 찾아내어 이를 주형으로 하여 hAY4 ScFv 항체의 항원결합부위인 complementarity determining region (CDR)의 loop와 항체의 안정화 역할을 담당하는 framework (FR)의 3차 구조를 예측하였다. 대장균의 AP 3차 구조 역시 PDB에서 주형(PDB ID: 3BDH)을 찾아내고 두 단백질을 AAAGGGGS 링커(Fig. 1)로 연결시켜 융합된 hAY4 ScFv-AP 3차 구조를 예측하였으며 Discovery Studio 4.0 visualizer(Accelrys) 프로그램을 이용하여 형상화하였다.
  • 대장균의 alkaline phosphatase (AP) 유전자는 대장균 AP forward primer (5′-tct gta acc gcg gcc gca ggc ggt ggc ggt agc aca cca gaa atg cct gtt ctg gaa-3′)와 대장균 AP reverse primer (5′-ttt ccc ggt gac cga ttt cag ccc cag agc ggc ttt cat-3′)를 사용한 중합효소연쇄반응(polymerase chain reaction: PCR)을 이용하여 대장균의 genomic DNA로부터 증폭하였다.
  • 대조군으로 사용하기위해 융합되지 않은 hAY4 ScFv only는 이미 구축되어있는 발현벡터(Kim et al., 1994; Park et al., 2005)를 사용하였고 융합되지 않은 AP only는 대장균 APSfi forward primer (5′-gtc ctc gca act gcg gcc cag ccg gcc atg gcc + cgg aca cca gaa atg cct gtt-3′)와 대장균 APNot reverse primer (5′-gag tca ttc tgc ggc cgc + ttt cag ccc cag agc ggc ttt-3′)를 사용하여 위와 동일한 방법으로 AP 유전자를 증폭하였으며 증폭된 PCR 산물은 SfiI-NotI 제한효소(New England Biolabs)를 이용해 발현벡터로 클로닝하였다(Park et al., 2005; Lee et al., 2010).
  • 또한 AP는 동형이량체(homodimer)를 형성하여 융합된 단량체(monomer) 형태인 ScFv의 이량체 형성을 유도하여 항원결합력을 증가시킬수 있다. 따라서 본 연구에서는 대장균의 AP를 대장균의 genomic DNA로 부터 클로닝하고 TRAIL 수용체인 DR4 항원에 특이적인 hAY4 ScFv에 융합시킨 hAY4 ScFv-AP 발현벡터를 구축하였으며 IPTG에 의한 발현을 유도하였으며 대장균의 막 주변 공간(periplasmic space)으로 이동시켜 수용성 단백질로 분비를 용이하게하여 정제하였다. SDSPAGE에서 hAY4 ScFv-AP, AP only 및 hAY4 ScFv only의 분자량크기는 단량체(각각 73.
  • , 2010). 따라서 본 연구에서는 암세포의 자가사멸을 유도하는 TRAIL (Tumor necrosis factor-related apoptosis inducing ligand) 수용체인 death receptor 4 (DR4)에 특이적으로 결합하는 인간화 항체 hAY4 ScFv (Lee et al., 2010)에 대장균의 AP 유전자를 융합시켜 대장균에서 수용성 단백질 형태로 발현하였다. 발현된 hAY4 ScFv-AP 융합 단백질은 SDS-PAGE에서는 단량체(monomer)인 73.
  • 1 and 2). 또한 대조군으로 사용된 hAY4 ScFv only 및 AP only 역시 SfiI과 NotI의 제한 효소를 이용하여 AP가 삽입되지 않은 발현벡터로 클로닝하였다(Kim et al., 1994; Park et al., 2005). 한편 ScFv의 VH와 VL 사이에 linker 1 (GGGGSGGGGSGGGGS)을 사용하였고 ScFv와 AP 사이에 linker 2 (AAAGGGGS)를 각각 삽입하여 각 domain들의 3차 구조형성(folding)을 용이하게 하였다(Fig.
  • 세척된 membrane을 hAY4 ScFv-AP 10 μg을 포함하는 PBS-T blocking buffer 10 ml에 담가서 실온에서 1시간 동안 반응시킨 후 PBS-T로 3번 세척하였다. 발색기질로 5-bromo-4-chloro-3-indolylphosphate/nitro blue tetrazolium (BCIP/NBT)(Sigma-Aldrich)를 처리하여 hAY4 ScFv-AP 항체의 항원결합력을 확인하였다.
  • , 2010)에 대장균의 AP 유전자를 융합시켜 대장균에서 수용성 단백질 형태로 발현하였다. 발현된 hAY4 ScFv-AP 융합 단백질은 SDS-PAGE에서는 단량체(monomer)인 73.8 kDa을 나타내었고 size-exclusion chromatography (SEC)에서는 이량체(dimer)인 147.6 kDa을 나타내어 hAY4 ScFv-AP는 구조적으로 AP의 특징인 비공유결합적 이량체 형성에 의해 유도되어진 이량체를 형성하였고 기능적으로는 면역분석법인 ELISA, Western blot 및 immunocytochemistry를 수행하였을 때 hAY4 ScFv가 DR4 항원에 성공적으로 결합하였으며 그 결합은 이차 항체없이 직접 hAY4 ScFv에 융합된 AP의 기질발색에 의해 탐지되어졌다.
  • , 2012). 본 연구에서는 AAAGGGGS를 링커로 사용하여 융합단백질 발현을 시도하였다. 그러나 아미노말단의 3개의 알라닌은 클로닝에 NotI 제한효소를 이용한 결과 부수적인 아미노산이며 실제 링커의 역할은 짧은 GGGGS이다.
  • 이때 AP 유전자증폭을 위한 중합효소로는 GoTaq 효소(Promega)를 이용하였으며 증폭된 PCR 산물은 이미 구축되어 있는 TRAIL 수용체인 death receptor 4 (DR4)에 특이적인 hAY4 ScFv 항체 발현 벡터(Lee et al., 2010)에 NotI-BstEII 제한효소(New England Biolabs)를 이용해 3′ 말단으로 클로닝하여 hAY4 ScFv에 AP 가 융합된 hAY4 ScFv-AP 형태의 발현벡터를 구축하였다(Figs. 1 and 2).
  • 정제되어진 hAY4 ScFv-AP, hAY4 ScFv only 그리고 AP only의 단백질들은 PBS로 균일화(equilibration)된 Superdex 200 increase 10/300 GL column (GE Health Care)을 이용하여 0.75 ml/min의 flow rate로 각각의 단백질들을 용출(elution)하여 chromatogram을 얻었다. 한편 분자량결정을 위해 분자량이 알려진 단백질 마커(Bio-Rad) 역시 같은 조건으로 용출하여 얻어진 chromatogram을 사용하여 정제된 각각의 단백질 분자량을 결정하였다.
  • 그러므로 링커의 최적화(예, 구성하는 아미노산 종류 및 갯수)를 통한 융합단백질의 생산량을 증가시키는 연구가 추가적으로 요구되어진다. 정제된 hAY4 ScFv는 직접적 ELISA에서 DR4항원에 대한 항원특이성을 나타내었으며 이때 융합된 AP의 DR4 항원에 대한 비특이적 결합가능성을 배제하기 위해 경쟁적 ELISA를 수행하였다. 첨가하는 경쟁자(competitor)의 농도를 각각 10배로 희석하여 변화시키고 hAY4 ScFv-AP은 일정하게 첨가하여 수행한 결과 hAY4 ScFv-AP는 경쟁자의 첨가한 양에 반비례해서 항원결합력을 나타내어 모든ELISA에서 나타난 hAY4 ScFv-AP의 항원결합력은 AP의 비특이적 결합에 의한 가능성을 배제하고 융합된 hAY4 ScFv에 의한 항원 특이적 결합임을 확인하였다.
  • 5 (Accelrys)를 이용하여 hAY ScFv-AP의 3차 구조 모델링을 시도하였다. 즉 hAY ScFv 항체의 아미노산 배열을 입력하면 아미노산배열의 유사성(sequence homology)이 가장 높은 항체(PDB ID: 2GHW)를 protein data bank (PDB: http://www. rcsb.org/pdb/home)에서 찾아내어 이를 주형으로 하여 hAY4 ScFv 항체의 항원결합부위인 complementarity determining region (CDR)의 loop와 항체의 안정화 역할을 담당하는 framework (FR)의 3차 구조를 예측하였다. 대장균의 AP 3차 구조 역시 PDB에서 주형(PDB ID: 3BDH)을 찾아내고 두 단백질을 AAAGGGGS 링커(Fig.
  • 다시 PBS 3회 세척후, 3차 항체로 surface buffer에 같은 방법으로 희석 한fluorescein isothiocyanate (FITC) conjugated goat anti-rabbit IgG (Sigma-Aldrich)를 처리하여 상온에서 1시간 동안 반응시켰다. 최종적으로 cover glass를 PBS로 3회 반복 세척하고 공초점 주사 현미경(Nikon)을 사용하여 HeLa 세포 표면의 DR4항원에 대한 hAY4 ScFv-AP, hAY4 only 및 AP only에 의한 형광염색정도를 관찰하였다.
  • 1). 카르복시말단에는 6개의 히스티딘으로 이루어진 hexahistidine tag을 삽입하여 Ni+-NTA-agarose affinity chromatography를 이용하여 발현된 단백질을 정제하였으며(Fig. 1) immunocytochemistry에서 항원결합력을 탐지하는데 이용되었다(Fig. 7). 본 실험에서 발현을 위해 사용한 대장균 BMH 71-18 또한 다른 대장균 strains보다 ScFv의 발현율이 더 높은 strain으로 보고되어져 있다(Duenas et al.
  • , 2005). 한편 ScFv의 VH와 VL 사이에 linker 1 (GGGGSGGGGSGGGGS)을 사용하였고 ScFv와 AP 사이에 linker 2 (AAAGGGGS)를 각각 삽입하여 각 domain들의 3차 구조형성(folding)을 용이하게 하였다(Fig. 1). 구축된 발현벡터는 lacZ promoter를 사용하여 IPTG에 의한 단백질발현을 유도하였고 아미노말단에 pelB leader(Lei et al.
  • 75 ml/min의 flow rate로 각각의 단백질들을 용출(elution)하여 chromatogram을 얻었다. 한편 분자량결정을 위해 분자량이 알려진 단백질 마커(Bio-Rad) 역시 같은 조건으로 용출하여 얻어진 chromatogram을 사용하여 정제된 각각의 단백질 분자량을 결정하였다.
  • 항체 3차 구조 모델링을 위한 프로그램 Discovery Studio 2.5 (Accelrys)를 이용하여 hAY ScFv-AP의 3차 구조 모델링을 시도하였다. 즉 hAY ScFv 항체의 아미노산 배열을 입력하면 아미노산배열의 유사성(sequence homology)이 가장 높은 항체(PDB ID: 2GHW)를 protein data bank (PDB: http://www.
  • 형질전환된 대장균 BMH71-18을 2× TY (1% tryptone, 1% yeast extract, 0.5% NaCl) 액체배지에 100 μg/ml의 농도가 되도록 ampicillin (SigmaAldrich)과 1% glucose를 첨가하여 30°C에서 180 rpm으로 밤새 진탕배양한 후, 6,000 rpm으로 원심분리하여 상등액을 제거하고 fresh 2× TY 액체배지로 모아진 대장균을 재현탁하여 다시 원심분리하였다.

이론/모형

  • 25% Coomassie Brilliant Blue R-25용액을 이용하여 염색하였다. 정제 되어진 각각의 단백질은 Bradford protein assay (Thermo scientific)를 이용해 정량하고 실험에 이용하였다.
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질의응답

핵심어 질문 논문에서 추출한 답변
cross-linking agents를 이용한 항체와의 결합이 가진 문제점은 무엇인가? , 1993). 그러나 이 화학적 결합은 불규칙하게 일어나며 여러 단계를 거치는 동안 다른 여러 종류(heterogeneous)의 불필요한 복합체(예, 항체-항체 복합체, 효소-효소 복합체 등)가 생성되어 이를 제거해야 할 뿐만 아니라 구조적 변형으로 항체 또는 효소의 기능감소 및 손실을 가져올 수 있다(Muller et al., 1999; Hu et al.
효소면역분석법은 어떤 반응을 이용하는 방법인가? 미량의 분석물질을 탐지하는 다양한 진단실험에 사용하는 효소면역분석법은 특이적 항체반응을 사용하는데, 즉 항체가 분석물질에 특이적으로 결합하면 항체에 연결되어 있는 효소에 의해 탐지되는 방법이다. 대표적인 효소로는 horseradish peroxidase (HRP)와 alkaline phosphatase (AP)가 있으며 주로 cross-linking agents를 이용하여 항체에 결합시켜 사용하고 있다(Harlow and Lane, 1988; Ducancel et al.
효소면역분석법에 이용하는 대표적인 효소는 무엇이 있는가? 미량의 분석물질을 탐지하는 다양한 진단실험에 사용하는 효소면역분석법은 특이적 항체반응을 사용하는데, 즉 항체가 분석물질에 특이적으로 결합하면 항체에 연결되어 있는 효소에 의해 탐지되는 방법이다. 대표적인 효소로는 horseradish peroxidase (HRP)와 alkaline phosphatase (AP)가 있으며 주로 cross-linking agents를 이용하여 항체에 결합시켜 사용하고 있다(Harlow and Lane, 1988; Ducancel et al., 1993).
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참고문헌 (24)

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