[논문]감자난초 뿌리에서 분리한 내생균의 동정

이봉형; 김동여; 박혁; 엄안흠

doi:10.4489/kjm.2016.44.3.184

감자난초 뿌리에서 분리한 내생균의 동정
Notes on Endophytic Fungi Isolated from Roots of Oreorchis patens in Korea 원문보기

한국균학회지 = The Korean journal of mycology, v.44 no.3, 2016년, pp.184 - 187

이봉형 (한국교원대학교 생물교육과) , 김동여 (한국교원대학교 생물교육과) , 박혁 (한국교원대학교 생물교육과) , 엄안흠 (한국교원대학교 생물교육과)

초록
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본 연구에서는 강원도 함백산에서 감자난초(Oreorchis patens)의 뿌리를 채집하여 내생균을 순수분리하였고, 분리된 균주의 형태학적 특징 및 분생포자 등을 관찰하였다. 또한 진균 특이적 primer인 ITS1F와 ITS4를 이용하여 internal transcribed spacer rDNA 영역의 염기서열을 분석하고, primer LR0R과 LR16을 이용하여 large subunit rDNA 영역의 염기서열 분석하여 분자적으로 균을 동정하였다. 그 결과 Thelonectria veuillotiana, Phialocephala humicola 등의 2종의 국내 미기록 내생균을 동정하였고, 이를 보고하고자 한다.

Abstract ▼ AI-Helper

Endophytic fungi were isolated from surface-sterilized roots of a species of orchid, Oreorchis patens, in Korea. The isolated strains were identified based on morphological characteristics and sequence analyses of the internal transcribed spacer (ITS) and large subunit (LSU) of rDNA regions. Two spe...

주제어

AI 본문요약
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문제 정의

또한 진균 특이적 primer인 ITS1F와 ITS4를 이용하여 internal transcribed spacer rDNA 영역의 염기서열을 분석하고, primer LR0R과 LR16을 이용하여 large subunit rDNA 영역의 염기서열 분석하여 분자적으로 균을 동정하였다. 그 결과 Thelonectria veuillotiana, Phialocephala humicola 등의 2종의 국내 미기록 내생균을 동정하였고, 이를 보고하고자 한 다.
최근 광릉요강꽃(Cypripedium japonicum)과 복주머니란(Cypripedium macranthum) 뿌리에서 분리한 내생균의 군집에 관한 연구가 보고되기도 하였으나[8], 희귀 난초에 공생하는 내생균에 대한 국내 연구는 전무한 실정이며, 감자난초(Oreorchis patens)에서 분리한 연구는 현재까지 이루어지지 않았다. 이에 감자난초의 뿌리에서 내생균을 분리하던 도중 국내 미기록으로 확인된 2종의 곰팡이를 보고하고자 한다.

제안 방법

모든 균주의 DNA는 진균 특이적 primer ITS1F와 ITS4를 이용하여 ribosomal DNA의 internal transcribed spacer (ITS) 영역을 증폭하였고[10], LR0R과 LR16 프라이머를 이용하여 large subunit (LSU) 영역을 증폭하였다[11]. PCR 조건 중 annealing 온도는 ITS 영역은 58^oC, LSU rDNA 영역은 54^oC를 각각 사용하였으며, PCR 최종 산물은 1.5% agarose gel에서 20분 간 전기영동 하였고, 예상되는 크기의 band를 확인한 후 염기서열 분석을 의뢰하였다(SolGent, Daejeon, Korea). 분석된 염기서열은 NCBI상에서 BLAST를 이용하여 유사도를 확인한 후 각 종들 간의 계통관계 및 위치를 확인하기 위해 MEGA6 [12]를 이용하여 neighbor-joining 계통수를 완성하였다(Fig.
균주는 DNeasy Plant mini kit (Qiagen, Germantown, MD, USA)을 사용하여 Genomic DNA를 추출하였으며, 이 DNA을 주형으로 하여 polymerase chain reaction (PCR) 반응을 수행하였다. 모든 균주의 DNA는 진균 특이적 primer ITS1F와 ITS4를 이용하여 ribosomal DNA의 internal transcribed spacer (ITS) 영역을 증폭하였고[10], LR0R과 LR16 프라이머를 이용하여 large subunit (LSU) 영역을 증폭하였다[11].
강원도의 함백산(고도 1,572 m, N 37° 09´, E 128° 55´) 에서 감자난초의 뿌리를 채집하였으며, 48시간 내에 실험실로 운반하여 Richardson 등[9]의 방법을 이용하여 균을 분리하였다. 난초의 뿌리를 증류수로 세척한 다음, 70% 에탄올과 3% NaClO 용액을 차례로 처리하고, streptomycin과 chloramphenicol을 처리하여 표면 살균하였다. 이후 멸균된 거름종이로 물기를 제거한 후 약 5 mm 길이로 잘라, 4개 조각을 water agar 배지에 치상하였고, 25^oC 암소에서 배양한 후 균사가 뻗어나오면 potato dextrose agar (PDA) 배지로 계대하였다.
본 연구에서는 강원도 함백산에서 감자난초(Oreorchis patens)의 뿌리를 채집하여 내생균을 순수분리하였고, 분리된 균주의 형태학적 특징 및 분생포자 등을 관찰하였다. 또한 진균 특이적 primer인 ITS1F와 ITS4를 이용하여 internal transcribed spacer rDNA 영역의 염기서열을 분석하고, primer LR0R과 LR16을 이용하여 large subunit rDNA 영역의 염기서열 분석하여 분자적으로 균을 동정하였다. 그 결과 Thelonectria veuillotiana, Phialocephala humicola 등의 2종의 국내 미기록 내생균을 동정하였고, 이를 보고하고자 한 다.
본 연구에서는 강원도 함백산에서 감자난초(Oreorchis patens)의 뿌리를 채집하여 내생균을 순수분리하였고, 분리된 균주의 형태학적 특징 및 분생포자 등을 관찰하였다. 또한 진균 특이적 primer인 ITS1F와 ITS4를 이용하여 internal transcribed spacer rDNA 영역의 염기서열을 분석하고, primer LR0R과 LR16을 이용하여 large subunit rDNA 영역의 염기서열 분석하여 분자적으로 균을 동정하였다.
5% agarose gel에서 20분 간 전기영동 하였고, 예상되는 크기의 band를 확인한 후 염기서열 분석을 의뢰하였다(SolGent, Daejeon, Korea). 분석된 염기서열은 NCBI상에서 BLAST를 이용하여 유사도를 확인한 후 각 종들 간의 계통관계 및 위치를 확인하기 위해 MEGA6 [12]를 이용하여 neighbor-joining 계통수를 완성하였다(Fig. 1). 염기서열 자료는 Genbank에 등록하였고, 균주 15P115의 ITS 영역의 염기서열은 KX831448, LSU 영역의 염기서열 은 KX831450의 accession number를 부여 받았고, 균주 15P146의 ITS 영역의 염기서열은 KX831449, LSU 영역의 염기서열은 KX831451을 부여 받았다.
이후 멸균된 거름종이로 물기를 제거한 후 약 5 mm 길이로 잘라, 4개 조각을 water agar 배지에 치상하였고, 25^oC 암소에서 배양한 후 균사가 뻗어나오면 potato dextrose agar (PDA) 배지로 계대하였다. 순수 분리된 균주는 형태학적 특징을 관찰하였으며, 이 후 슬라이드 배양법을 통해 균사와 분생 포자를 관찰하기 위하여 25^oC에서 7일간 배양하였고, lactophenol aniline blue 용액으로 시료를 염색하여 광학현미 경(AXIO Imager A1; Carl Zeiss, Oberkochen, Germany) 하에서 관찰하였다.
난초의 뿌리를 증류수로 세척한 다음, 70% 에탄올과 3% NaClO 용액을 차례로 처리하고, streptomycin과 chloramphenicol을 처리하여 표면 살균하였다. 이후 멸균된 거름종이로 물기를 제거한 후 약 5 mm 길이로 잘라, 4개 조각을 water agar 배지에 치상하였고, 25^oC 암소에서 배양한 후 균사가 뻗어나오면 potato dextrose agar (PDA) 배지로 계대하였다. 순수 분리된 균주는 형태학적 특징을 관찰하였으며, 이 후 슬라이드 배양법을 통해 균사와 분생 포자를 관찰하기 위하여 25^oC에서 7일간 배양하였고, lactophenol aniline blue 용액으로 시료를 염색하여 광학현미 경(AXIO Imager A1; Carl Zeiss, Oberkochen, Germany) 하에서 관찰하였다.

대상 데이터

1). 염기서열 자료는 Genbank에 등록하였고, 균주 15P115의 ITS 영역의 염기서열은 KX831448, LSU 영역의 염기서열 은 KX831450의 accession number를 부여 받았고, 균주 15P146의 ITS 영역의 염기서열은 KX831449, LSU 영역의 염기서열은 KX831451을 부여 받았다.
함백산에서 채집한 감자난초의 뿌리에서 분리하였으며, MEA 배지에서 7일간 배양한 균총은 직경 32~35 mm이고 (Fig. 2D), PDA 배지에서 7일간 배양한 균총은 직경 33~37mm이다(Fig. 2E). PDA에서 자란 균총은 중심부가 옅은 갈색을 띠고 있으나, 시간이 지남에 따라 짙은 갈색으로 변한다.
함백산에서 채집한 감자난초의 뿌리에서 분리하였으며, malt extract agar (MEA) 배지에서 7일간 배양한 균총은 직경 35~40 mm이고(Fig. 2A), PDA 배지에서 7일간 배양한 균총은 직경 41~43 mm이다(Fig. 2B). 균총의 중심부는 크림색을 띠는 균사체가 공중으로 뻗어 있고, 변연부에는 미색의 환대가 형성되어 있다.

이론/모형

강원도의 함백산(고도 1,572 m, N 37° 09´, E 128° 55´) 에서 감자난초의 뿌리를 채집하였으며, 48시간 내에 실험실로 운반하여 Richardson 등[9]의 방법을 이용하여 균을 분리하였다.

성능/효과

2F). 이 균주의 ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 P. humicola AB671502와 99% 상동성을 보였으며, LSU 영역에 대해서는 P. humicola AB671470과 99% 상동성을 보였다.
2C). 이 균주의 ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 T. veuillotiana JQ734922과 99% 상동성을 보였으며, LSU 영역에 대해서는 T. veuillotiana KJ022038과 99% 상동성을 보였다. T.
현미경으로 관찰한 결과 대형분생자와 분자포자가 관찰되었으며, 대형분생자의 크기는 45~75 × 4~5 μm 정도이다(Fig. 2C).

후속연구

또한 이러한 내생균은 향균작용을 하는 2차 대사산물을 만든다는 보고[14]가 있듯이 약리 활성물질을 찾고자 할 때 중요한 유용미생물로 활용될 수도 있다. 따라서 다양한 희귀 난초에서 미개척 내생균을 발굴하기 위한 노력이 지속적으로 된다면, 식물과 균류의 공생관계에 대한 이해뿐만 아니라, 생물 다양성 확인 및 균주 확보에도 기여할 수 있을 것이다.
난초과 식물에 공생하는 내생균은 국내에서 연구가 미흡한 균류 분야로, 특히 종 다양성 확인 및 균류 확보 측면에서의 연구가 시급한 실정이다. 또한 이러한 내생균은 향균작용을 하는 2차 대사산물을 만든다는 보고[14]가 있듯이 약리 활성물질을 찾고자 할 때 중요한 유용미생물로 활용될 수도 있다. 따라서 다양한 희귀 난초에서 미개척 내생균을 발굴하기 위한 노력이 지속적으로 된다면, 식물과 균류의 공생관계에 대한 이해뿐만 아니라, 생물 다양성 확인 및 균주 확보에도 기여할 수 있을 것이다.

질의응답

핵심어	질문	논문에서 추출한 답변
	난초 뿌리에 공생하는 내생균류는 주로 어떤 속의 토양 균류인가?	내생균의 역할에 대한 연구는 아직 미미한 실정이나, 뿌리에서 분리한 Fusarium 속의 내생균이 난의 종자 발아를 촉진시킨다는 사실은 100여년 전부터 알려져 왔다. 또한 난초 뿌리에 공생하는 내생균류는 주로 Trichoderma, Gliocladium, Chaetomium속으로 토양 균류와 밀접한 관련이 있으며 때로는 난초과 식물에게 약한 병원성을 나타내기도 하지만, 항생제와 같은 2차 대사산물을 만들어 숙주를 병원균으로부터 보호하기도 한다[7]. 최근 광릉요강꽃(Cypripedium japonicum)과 복주머니란(Cypripedium macranthum) 뿌리에서 분리한 내생균의 군집에 관한 연구가 보고되기도 하였으나[8], 희귀 난초에 공생하는 내생균에 대한 국내 연구는 전무한 실정이며, 감자난초(Oreorchis patens)에서 분리한 연구는 현재까지 이루어지지 않았다.
	내생균이란?	난균근균은 뿌리 피층에 peloton이라는 구조를 형성하며[5], 무기염류의 흡수 촉진과 종자발아에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다[6]. 반면 내생균은 식물 뿌리조직 내에 살고 있으나 병을 일으키지 않는 균류를 말한다. 내생균의 역할에 대한 연구는 아직 미미한 실정이나, 뿌리에서 분리한 Fusarium 속의 내생균이 난의 종자 발아를 촉진시킨다는 사실은 100여년 전부터 알려져 왔다.
	난초의 뿌리에 존재하는 균류는 무엇으로 나뉠 수 있는가?	난 뿌리에 존재하는 균류는 균근성 균(orchid mycorrhizal fungi)과 비균근성인 내생균(endophytes)으로 나눌 수 있다[4]. 난균근균은 뿌리 피층에 peloton이라는 구조를 형성하며[5], 무기염류의 흡수 촉진과 종자발아에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다[6].

참고문헌 (14)

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Schulz B, Boyle C, Draeger S, Rommert AK, Krohn K. Endophytic fungi: a source of novel biologically active secondary metabolites. Mycol Res 2002;106:996-1004.

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저자의 다른 논문 :

표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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