[논문]사람 치주염 병소에서 분리된 Fusobacterium vincentii KCOM 2931의 유전체 염기서열 해독

박순낭; 임윤경; 신자영; 노한성; 국중기

doi:10.7845/kjm.2018.7096

사람 치주염 병소에서 분리된 Fusobacterium vincentii KCOM 2931의 유전체 염기서열 해독
Complete genome sequence of Fusobacterium vincentii KCOM 2931 isolated from a human periodontitis lesion 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.54 no.1, 2018년, pp.74 - 76

박순낭 (조선대학교 치과대학 구강생화학교실 및 한국구강미생물자원은행) , 임윤경 (조선대학교 치과대학 구강생화학교실 및 한국구강미생물자원은행) , 신자영 (마크로젠) , 노한성 (마크로젠) , 국중기 (조선대학교 치과대학 구강생화학교실 및 한국구강미생물자원은행)

초록
AI-Helper

최근 Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii는 average nucleotide identity 및 genome-to-genome distance 분석법에 의해 Fusobacterium vincentii로 재분류 되었다. F. vincentii는 그람 음성이면서, 혐기성 및 가는 섬유 모양의 세균이다. F. vincentii는 사람의 구강 내 정상세균총의 하나이고, 치주질환에 중요한 역할을 한다. F. vincentii KCOM 2931 균주가 사람 치주염 병소에서 분리되었다. F. vincentii KCOM 2931 균주 유전체 염기서열을 해독하여 보고한다.

Abstract ▼ AI-Helper

Recently, Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii was reclassified as Fusobacterium vincentii based on the average nucleotide identity and genome-to-genome distance analyses. F. vincentii is a Gram-negative, anaerobic, and filament-shaped bacterium. F. vincentii is a member of normal flora of human oral cavity and plays a role in periodontal diseases. F. vincentii KCOM 2931 was isolated from a periodontitis lesion. Here, we present the complete genome sequence of F. vincentii KCOM 2931.

주제어

AI 본문요약
AI-Helper

* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.

문제 정의

vincentii KCOM 2931 균주가 사람치주염 병소에서 분리되었다. F. vincentii KCOM 2931 균주 유전체 염기서열을 해독하여 보고한다.

제안 방법

The de novo assembly was performed by RS HGAP (version: 3.0) in PacBio’s SMRT portal with the subreads from PacBio (http://www.pacb.com/ products-and-services/analytical-software/smrt-analysis).

성능/효과

The complete genome of F. vincentii KCOM 2931 is 2,087,706 bp in length and has a G + C content of 27.2% (Table 1). A total of 1,885 protein-coding sequences (CDSs), 15 rRNAs, and 47 tRNAs were annotated (Table 1).

참고문헌 (11)

Cho, E., Park, S.N., Lim, Y.K., Shin, Y., Paek, J., Hwang, C.H., Chang, Y.H., and Kook, J.K. 2015. Fusobacterium hwasookii sp. nov., isolated from a human periodontitis lesion. Curr. Microbiol. 70, 169-175.

상세보기
Diaz, P.I., Zilm, P.S., and Rogers, A.H. 2002. Fusobacterium nucleatum supports the growth of Porphyromonas gingivalis in oxygenated and carbon-dioxide-depleted environments. Microbiol. 148, 467-472.

상세보기
Dzink, J.L., Sheenan, M.T., and Socransky, S.S. 1990. Proposal of three subspecies of Fusobacterium nucleatum Knorr 1922: Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum subsp. nov., comb. nov.; Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum subsp. nov., nom. rev., comb. nov.; and Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii subsp. nov., nom. rev., comb. nov. Int. J. Syst. Bacteriol. 40, 74-78.

상세보기
Haffajee, A.D. and Socransky, S.S. 1994. Microbial etiological agents of destructive periodontal diseases. Periodontology 2000 5, 78-111.

상세보기
Han, Y.W. 2015. Fusobacterium nucleatum: a commensal-turned pathogen. Curr. Opin. Microbiol. 23, 141-147.

상세보기
Han, Y.W., Shi, W., Huang, G.T., Kinder Haake, S., Park, N.H., Kuramitsu, H., and Genco, R.J. 2000. Interactions between periodontal bacteria and human oral epithelial cells: Fusobacterium nucleatum adheres to and invades epithelial cells. Infect. Immun. 68, 3140-3146.
Kook, J.K., Park, S.N., Lim, Y.K., Cho, E., Jo, E., Roh, H., Shin, Y., Paek, J., Kim, H.S., Kim, H., et al. 2017. Genome-based reclassification of Fusobacterium nucleatum subspecies at the species level. Curr. Microbiol. 74, 1137-1147.

상세보기
Kook, J.K., Park, S.N., Lim, Y.K., Choi, M.H., Cho, E., Kong, S.W., Shin, Y., Paek, J., and Chang, Y.H. 2013. Fusobacterium nucleatum subsp. fusiforme Gharbia and Shah 1992 is a later synonym of Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii Dzink et al. 1990. Curr. Microbiol. 66, 414-417.
Park, S.N., Lim, Y.K., and Kook, J.K. 2013. Development of quantitative real-time PCR primers for detecting 42 oral bacterial species. Arch. Microbiol. 195, 473-482.

상세보기
Strauss, J., White, A., Ambrose, C., McDonald, J., and Allen-Vercoe, E. 2008. Phenotypic and genotypic analyses of clinical Fusobacterium nucleatum and Fusobacterium periodonticum isolates from the human gut. Anaerobe 14, 301-309.

상세보기
Walker, B.J., Abeel, T., Shea, T., Priest, M., Abouelliel, A., Sakthikumar, S., Cuomo, C.A., Zeng, Q., Wortman, J., Young, S.K., et al. 2014. Pilon: An integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement. PLoS One 9, e112963.

상세보기

저자의 다른 논문 :

LOADING...

내보내기 구분	파일저장 인쇄 메일전송
구성항목	기본정보 상세정보 관리번호, 논문명, 저널/프로시딩명, 저자 , 발행년, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, 발행기관 관리번호, 논문명, 대등논문명, 저자 , 저널/프로시딩명, 발행기관, 발행년, 발행언어, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, ISBN, ISSN, 주제분야, 키워드, 초록(한글), 초록(영문), 저자(소속기관)
저장형식	Text(ASCII format) Excel format RefWorks Direct Export RIS format (for Reference Manager, ProCite, EndNote), Scholar's Aids, Mendeley
메일정보	받는사람 (필수) @ 보내는사람 (선택) @ 제목 내용 KISTI 검색결과 이메일 서비스
안내	총 건의 자료가 검색되었습니다. 다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000) 검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다. 데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요) 다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다. 파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오. ~ Text(ASCII format) Excel format

연합인증