[논문]알긴산을 분해하는 세균 Tamlana sp. UJ94의 완전한 유전체 서열

정재준; 배승섭; 정다운; 백경화

doi:10.7845/kjm.2018.8074

알긴산을 분해하는 세균 Tamlana sp. UJ94의 완전한 유전체 서열
Complete genome sequence of Tamlana sp. UJ94 degrading alginate 원문보기

Korean journal of microbiology = 미생물학회지, v.54 no.4, 2018년, pp.463 - 464

정재준 (국립해양생물자원관) , 배승섭 (국립해양생물자원관) , 정다운 (국립해양생물자원관) , 백경화 (국립해양생물자원관)

초록
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Tamlana sp. UJ94는 해수로부터 분리되었으며 알긴산을 분해할 수 있다. 알긴산 분해 관련 특성을 이해하기 위해 이 세균의 유전체를 분석하였다. UJ94의 유전체는 4,116,543 bp의크기로 3,609개의 코딩서열을 가지고 있으며 35.2 mol%의 G + C 함량을 가진다. BLASTp 검색 결과 9개의 alginate lyase 외에도 6개의 agarase, 5개의 amylase, 4개의 carrageenase, 1개의 cellulase, 4개의 pectate lyase, 7개의 xylanase의 존재가 예측되어 UJ94의 다양한 다당류 분해 능력을 암시하였다. Tamlana sp. UJ94의 유전체는 생물전환 공정에 사용할 수 있는 다당류 분해 유전자를 제공할 수 있을 것이다.

Abstract ▼ AI-Helper

Tamlana sp. UJ94 isolated from seawater can degrade alginate. To identify the genomic basis of this activity, the genome was sequenced. The genome was composed of 4,116,543 bp, 3,609 coding sequences, and 35.2 mol% G + C content. A BLASTp search predicted the presence of 9 alginate lyases as well as 6 agarases, 5 amylases, 4 carrageenases, 1 cellulase, 4 pectate lyases, and 7 xylanases, indicating its ability to degrade diverse polysaccharides. The genome of strain UJ94 is a source of polysaccharide-degrading enzymes for bioconversion processes.

주제어

표/그림 (1)

표 Table 1. General feature and MIGS information of Tamlana sp. UJ94 genome

AI 본문요약
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제안 방법

UJ94는 해수로부터 분리되었으며 알긴산을 분해할 수 있다. 알긴산 분해 관련 특성을 이해하기 위해 이 세균의 유전체를 분석하였다. UJ94의 유전체는 4,116,543 bp의 크기로 3,609개의 코딩서열을 가지고 있으며 35.

성능/효과

p>Strain UJ94 was isolated from seawater collected from Uljin, Republic of Korea on April 26, 2017. Analysis of the 16S rRNA gene sequence indicated that strain UJ94 has high sequence similarity with the type strain of Tamlana agarivorans JW-26^T (98.4%), T. sedimentorum KMM 9545^T (96.1%), and T. crocina HST1-43^T (95.4%). The neighbor-joining phylogenetic tree also showed that strain UJ94 formed a cluster with T.
2 mol%의 G + C 함량을 가진다. BLASTp 검색 결과 9개의 alginate lyase 외에도 6개의 agarase, 5개의 amylase, 4개의 carrageenase, 1개의 cellulase, 4개의 pectate lyase, 7개의 xylanase의 존재가 예측되어 UJ94의 다양한 다당류 분해 능력을 암시하였다. Tamlana sp.

후속연구

Tamlana sp. UJ94의 유전체는 생물전환 공정에 사용할 수 있는 다당류 분해 유전자를 제공할 수 있을 것이다.

참고문헌 (4)

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Terrapon N, Lombard V, Drula E, Lapebie P, Al-Masaudi S, Gilbert HJ, and Henrissat B. 2018. PULDB: the expanded database of Polysaccharide utilization loci. Nucleic Acids Res. 46, D677-D683.

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Trincone A. 2011. Marine biocatalysts: enzymatic features and applications. Mar. Drugs 9, 478-499.

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