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NTIS 바로가기정보처리학회논문지. KIPS transactions on software and data engineering. 소프트웨어 및 데이터 공학, v.8 no.10, 2019년, pp.421 - 426
In this paper, we propose a method to visualize the geometric features of the contact region between proteins in a protein complex. When proteins or ligands are represented as curved surfaces with irregularities, the property that the two surfaces contact each other without intersections is called s...
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핵심어 | 질문 | 논문에서 추출한 답변 |
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형태 상보성이란? | 본 논문에서는 단백질 복합체에서 단백질 사이의 접촉 영역이 갖는 기하학적 특징을 가시화하는 방법을 제안한다. 단백질 또는 리간드가 요철이 있는 곡면으로 표현될 때, 두 곡면이 서로 접하면서 교차하지 않는 성질을 형태 상보성이라 한다. 단백질-단백질 또는 단백질-리간드 도킹 연구에서 형태 상보성과 화학적인 성질, 엔트로피 등이 접촉 영역의 발견에 중요한 역할을 한다는 것을 볼 수 있다. | |
결합면이 될 가능성이 있는 영역을 발견한 후, 면적이 넓고 결합력의 강도가 높은 순으로 결합 영역의 후보를 선정하는 이유는? | 단백질 분자 간의 결합을 위해서는 분자 곡면 간의 형태 상보성이 중요하며, 형태 상보성이 높은 영역이 발견된 후에는 이 표면 영역에 영향을 주는 아미노산과 잔기들의 성질에 따라 결합력의 세기가 결정된다. 잔기가 갖는 극성이 서로 다를때 결합력이 강해지며, 아미노산이 동일한 친수성(hydrophilicity) 이거나 소수성 (hydrophobicity)일 때 결합력이 강해진다. 따라서, 결합면이 될 가능성이 있는 영역을 발견한 후, 면적이 넓고 결합력의 강도가 높은 순으로 결합 영역의 후보를 선정한다. | |
분자곡면에서 한변의 길이가 0에 가까운 삼각면들을 제거하기 위한 처리가 필요한 이유는? | msms로 생성된 분자 곡면 은 삼각형 메쉬(triangle mesh)로 구성되며, 내각이 0도에 가까운 형태, 즉 한 변의 길이가 0에 가까운 삼각면 (triangle face)을 포함할 수 있다. 이러한 형태의 삼각면은 정점 법선 벡터(vertex normal vector)를 계산하거나 분자 곡면의 곡률(curvature)을 계산하는 과정에서 오차를 발생시키는 원인이 되므로, 분자 곡면에서 이들을 제거하기 위한 처리가 필요하다. 또한 삼각면의 개수가 적을수록 분자 곡면에 대한 처리 과정에서 계산 효율성이 더 높아진다. |
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