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환경유전자 연구를 위한 NCBI Nucleotide 데이터베이스에 등록된 국내 생물 목록 현황
The List of Korean Organisms Registered in the NCBI Nucleotide Database for Environmental DNA Research 원문보기

생태와 환경 = Korean journal of ecology and environment, v.55 no.4, 2022년, pp.352 - 359  

곽인실 (전남대학교 해양융합과학과) ,  지창우 (전남대학교 수산과학연구소) ,  김원석 (전남대학교 해양융합과학과) ,  공동수 (경기대학교 생명과학과)

초록
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국내 서식하는 수서 생물(식물플랑크톤, 동물플랑크톤, 저서대형무척추동물, 어류)에 대한 eDNA 연구에 주요 이용되는 유전자인 12S rRNA와 16S rRNA, 18S rRNA, COI, CYTB를 대상으로 속(Genus) 수준의 등록 현황을 조사하였다. 그 결과 식물플랑크톤과 동물플랑크톤은 18S rRNA에서 가장 높은 등록 속 비율을 보였으며, 저서무척추동물은 COI에서 가장 높은 등록 속 비율을 확인하였다. 어류에서는 18S rRNA를 제외한 모든 유전자에서 90%에 가까운 높은 비율을 보였다. 분류군에 따른 우점 생물의 상위 20속에 대한 유전자 등록 현황은 식물플랑크톤은 18S rRNA에서 19속이, 저서무척추동물은 COI에서 18개 속이 등록되어 있었다. 어류에서는 12S rRNA, 16S rRNA, CYTB에서 상위 20의 모든 유전자 염기서열이 존재함을 확인하였다. 본 자료 분석을 통하여 각 분류군별 eDNA 연구에 적합한 유전자 데이터베이스의 양적인 정보를 파악하였다.

Abstract ▼ AI-Helper 아이콘AI-Helper

Recently, with the development of genetic technology, interest in environmental DNA (eDNA) to study biodiversity according to molecular biological approaches is increasing. Environmental DNA has many advantages over traditional research methods for biological communities distributed in the environme...

주제어

#eDNA   #NCBI nucleotide database   #registration ratio   #18S rRNA   #cytochrome c oxidase subunit I  

참고문헌 (30)

  1. AlgaeBase. 2022. Listing the World's Algae. https://www.algaebase.org. 

  2. Amaral-Zettler, L.A., E.A. McCliment, H.W. Ducklow and S.M.？Huse. 2009. A method for studying protistan diversity？using massively parallel sequencing of V9 hypervariable？regions of small-subunit ribosomal RNA genes. Plos One？4(7): e6372. 

    상세보기

  3. Beng, K.C. and R.T. Corlett. 2020. Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: opportunities, challenges and prospects. Biodiversity and Conservation 29(7): 2089-2121. 

    상세보기

  4. Burivalova, Z., E.T. Game and R.A. Butler. 2019. The sound of？a trophic forest. Science 363(6422): 28-29. 

  5. Bylemans, J., D.M. Gleeson, C.M. Hardy and E. Furlan. 2018.？Toward an ecoregion scale evaluation of eDNA metabarcoding primers: A case study for the freshwater fish biodiversity of the Murray-Darling Basin (Australia). Ecology？and Evolution 8: 8697-8712. 

  6. Carraro, L., E. Machler, R. Wuthrich and F. Altermatt. 2020.？Environmental DNA allows upscaling spatial patterns of？biodiversity in freshwater ecosystems. Nature Communications 11(1): 1-12. 

  7. Djurhuus, A., C.J. Closek, R.P. Kelly, K.J. Pitz, R.P. Michisaki,？H.A. Starks, K.R. Walz, E.A. Andruszkiewicz, E. Olesin,？K. Hubbard, E. Montes, D. Otis, F.E. Muller-Karger, F.P.？Chavez, A.B. Boehm and M. Breitbart. 2020. Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community. Nature Communications 11(1): 1-9. 

  8. Ji, C.W., H.-J. Oh, K.-H. Chang, Y.-S. Park and I.-S. Kwak. 2022.？A Comparative Analyzing of Zooplankton Community？Diversity in Surface Layer Water of Reservoir Via eDNA？Metabarcoding and Microscopy. Diversity 14: 797. 

    상세보기

  9. Keck, F., V. Vasselon, K. Tapolczai, F. Rimet and A. Bouchez.？2017. Freshwater biomonitoring in the Information Age.？Frontiers in Ecology and the Environment 15: 266-274. 

    상세보기

  10. KOEM (Korea marine environment management corporation).？2019. National marine ecosystem monitoring program. 

  11. Kwak, I.S., Y.S. Park and K.H. Chang. 2021. Application and？utilization of environmental DNA technology for biodiversity in water ecosystems. Korean Journal of Ecology？and Environment 54(3): 151-155. 

  12. MERK (Ministry of Environment in Republic of Korea). 2020a.？Estuarine Ecosystem Monitoring and Assessment Project. 

  13. MERK (Ministry of Environment in Republic of Korea). 2020b.？Stream/River ecosystem survey and health assessment. 

  14. Miya, M., Y. Sato, T. Fukunaga, T. Sado, J.Y. Poulsen, K. Sato,？T. Minamoto, S. Yamamoto, H. Tamanaka, H. Araki, M.？Kondoh and W. Iwasaki. 2015. MiFish, a set of universal？PCR primers for metabarcoding environmental DNA？from fishes: detection of more than 230 subtrophical marine species. Royal Society Open Science 2(7): 150088. 

  15. NCBI (National Center for Biotechnology Information). 2021.？NCBI Nucleotide database. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/. 

  16. NIBR (National Institute of Biological Resources). 2022. National list of Korea. National Institute of Biological Resources. Incheon, Korea, Accessed 31 Dec 2022. https://species.nibr.go.kr. 

  17. NMBIK (National Marine Biodiversity Institute of Korea).？2017. National list of marine species. https://www.mabik.re.kr/html/kr/#txt. 

  18. NNIBR(Nakdonggang National Institute of Biological Resources). 2022. List of freshwater species in Korea. https://fbp.nnibr.re.kr/portal/. 

  19. Oh, H.-J., Y.-J. Chae, Y. Choi, D. Ku, Y.-J. Heo, I.-S. Kwak, H.？Jo, Y.-S. Park, K.-H. Chang, H.-W. Kim. 2019. Review？and Suggestions for Applying DNA Sequencing to Zooplankton Researches: from Taxonomic Approaches to Biological Interaction Analysis. Korean Journal of Ecology？and Environment 54: 156-169. 

  20. Park, Y., J.-H. Lee, J.-R. Cho, G.-S. Lee, C.W. Ji. 2019. A survey？for manual identification rate of insect images on different？image quality. The Journal of the Korean Society of International Agriculture 31(4): 424-427. 

  21. Rajan, S.C., K. Athira, R. jaishanker, N.P. Sooraj and V. Sarojkumar. 2019. Rapid assessment of biodiversity using？aquatic indices. Biodiversity and Conservation 28: 2371-2383. 

  22. Rangaswamy, R., C.W. Ji, W.S. Kim, J.W. Park, Y.J. Kim and I.S.？Kwak. 2022. Profiling analysis of filter feeder Polypedilum？(Chironomidae) gut contents using eDNA metabarcoding？following contrasting habitat types-weir and stream. International Journal of Environmental Research and Public？Health 19(17): 10945. 

  23. Rivera, S.F., V. Vasselon, N. Mary, O. Monnier, F. Rimet and A.？Bouchez. 2021. Exploring the capacity of aquatic biofilms？to act as environmental DNA samplers: test on macroinvertebrate communities in rivers. Science of the Total Environment 763: 144208. 

    상세보기

  24. Shu, L., A. Ludwig and Z. Peng. 2020. Standards for methods？utilizing environmental DNA for detection of fish species.？Genes 11(3): 296. 

    상세보기

  25. Song, H., W.S. Kim, J.W. Park and I.S. Kwak. 2022. Identification？of bacterial communities in laboratory-adapted Glyptotendipes tokunagai and wild-stream-inhabiting Chironomus？flaviplumus. Microorganisms 10(11): 2107. 

  26. Stoeckle, B.C., R. Kuehn and J. Geist. 2016. Environmental DNA？as a monitoring tool for the endangered freshwater pearl？mussel (Margaritifera margaritifera L.): a substitute for？classical monitoring approaches? Aquatic Conservation:？Marine and Freshwater Ecosystems 26(6): 1120-1129. 

    상세보기

  27. Thomsen, P.F. and E. Willerslev. 2015. Environmental DNA-an？emerging tool in conservation for monitoring past and present biodiversity. Biological Conservation 183: 4-18. 

    상세보기

  28. Weigand, H., A.J. Beermann, F. Ciampor, F.O. Costa, Z. Csabai, S.？Duarte, M.F. Geiger, M. Grabowski, F. Rimet and B. Rulik.？2019. DNA barcode reference libraries for the monitoring？of aquatic biota in Europe: Gap-analysis and recommendations for future work. Science of the Total Environment 678: 499-524. 

    상세보기

  29. WORMS. 2022. World Register of Marine Species. https://www.marinespecies.org. 

  30. Zhang, Y., M. Pavlovska, E. Stoica, I. Prekrasna, J. Yang, J. Slobodnik, X. Zhang and E. Dykyi. 2020. Holistic pelagic？biodiversity monitoring of the Black Sea via eDNA metabarcoding approach: From bacteria to marine mammals.？Environmental International 135: 105307. 

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