[논문]The Comparison of Gene Expression from Multiple cDNA Libraries

Stekel, Dov J; Git, Yoav; Falciani, Francesco

doi:10.1101/gr.132500

[해외논문] The Comparison of Gene Expression from Multiple cDNA Libraries 원문보기

Genome research, v.10 no.12, 2000년, pp.2055 - 2061

Stekel, Dov J , Git, Yoav , Falciani, Francesco

Abstract ▼ AI-Helper

We describe a method for comparing the abundance of gene transcripts in cDNA libraries. This method allows for the comparison of gene expression in any number of libraries, in a single statistical analysis, to identify differentially expressed genes. Such genes may be of potential biological or pharmaceutical relevance. The formula that we derive is essentially the entropy of a partitioning of genes among cDNA libraries. This work goes beyond previously published analyses, which can either compare only two libraries, or identify a single outlier in a group of libraries. This work also addresses the problem of false positives associated with repeating the test on many thousands of genes. A randomization procedure is described that provides a quantitative measure of the degree of belief in the results; the results are further verified by considering a theoretically derived large deviations rate for the test statistic. As an example, the analysis is applied to four prostate cancer libraries from the Cancer Genome Anatomy Project. The analysis identifies biologically relevant genes that are differentially expressed in the different tumor cell types.

참고문헌 (26)

Electrophoresis Anderson 18 533 1997 10.1002/elps.1150180333 A comparison of selected mRNA and protein abundances in the human liver.

상세보기
Genome Res. Audic 7 986 1997 10.1101/gr.7.10.986 The significance of digital gene expression profiles.

상세보기
Nat. Genet. Boguski 10 369 1995 10.1038/ng0895-369 ESTablishing a human transcript map.

상세보기
J. Clin. Lab. Anal. Borchert 13 75 1999 10.1002/(SICI)1098-2825(1999)13:2<75::AID-JCLA6>3.0.CO;2-F Prostate specific antigen molecular forms in breast cyst fluid and serum of women with fibrocystic breast disease.

상세보기
Trends Genet. Bortoluzzi 15 118 1999 10.1016/S0168-9525(98)01682-5 Towards an in silico analysis of transcription patterns.

상세보기
Clin. Chem. & Lab. Med. Daher 36 671 1998 10.1515/CCLM.1998.120 Prostate-specific antigen and new related markers for prostate cancer.

상세보기
De Groot M.H. (1986) Probability and statistics. (Addison-Wesley, Reading, MA).
10.1007/978-1-4613-8533-2 Ellis R.S. (1985) Entropy, large deviations and statistical mechanics. (Springer-Verlag, Heidelberg, Germany).
Science Emmert-Buck 274 998 1996 10.1126/science.274.5289.998 Laser capture microdissection.

상세보기
10.1093/dnares/4.3.231 Franco, G.R., Rabelo, E.M.L., Azevedo, V., Pena, H.B., Ortega, J.M., Santos, T.M., Meira, W.S.F., Rodrigues, N.A., Dias, C.M.M., Harrop, R. et al. Evaluation of cDNA libraries from different developmental stages of Schistosoma mansoni for production of expressed sequence tags (ESTs). DNA Res. 4:â€‰231â€“240..
Genome Res. Greller 9 282 1999 10.1101/gr.9.3.282 Detecting selective expression of genes and proteins.

상세보기
Mol. Cell. Biol. Gygi 19 1720 1999 10.1128/MCB.19.3.1720 Correlation between protein and mRNA abundance in yeast.

상세보기
FASEB J. Hargrove 3 2360 1989 10.1096/fasebj.3.12.2676679 The role of mRNA and protein stability in gene expression.

상세보기
Hays W.L. (1994) Statistics. (Holt, Rinehart and Winston, London, UK).
Biochem. Biophys. Res. Commun. Ikeda 230 94 1997 10.1006/bbrc.1996.5890 Cloning and expression of cDNA encoding the human 150kDa oxygen-regulated protein, ORP150.

상세보기
Kanji G.K. (1993) 100 Statistical Tests. (Sage Publications, London, UK).
Cancer Res. Krizman 56 5380 1996 Construction of a representative cDNA library from prostatic intraepithelial neoplasia.

상세보기
Proc. Natl. Acad. Sci. Lee 92 8303 1995 10.1073/pnas.92.18.8303 Comparative expressed-sequence-tag analysis of differential gene expression profiles in PC-12 cells before and after nerve growth factor treatment.

상세보기
Genomics Nelson 47 12 1998 10.1006/geno.1997.5035 An expressed-sequence-tag database of the human prostate: Sequence analysis of 1168 cDNA clones.

상세보기
Mol. Med. Today O'Brien 3 94 1997 10.1016/S1357-4310(97)89695-5 Cancer genome anatomy project launched.

상세보기
Nat. Genet. Okubo 2 173 1992 10.1038/ng1192-173 Large scale cDNA sequencing for analysis of quantitative and qualitative aspects of gene expression.

상세보기
Nat. Genet. Phimister 21 1 1999 10.1038/4423 Chipping forecast.

상세보기
J. Urol. Qiu 144 1550 1990 10.1016/S0022-5347(17)39797-5 In situ hybridisation of prostate specific antigen mRNA in human prostate.

상세보기
Curr. Opin. Cell Biol. Rivett 2 1143 1990 10.1016/0955-0674(90)90168-E Eukaryotic protein degradation.

상세보기
Int. J. Cancer Vaarala 78 27 1998 10.1002/(SICI)1097-0215(19980925)78:1<27::AID-IJC6>3.0.CO;2-Z Several genes encoding ribosomal proteins are over-expressed in prostate cancer cell lines: Confirmation of L7a and L37 over-expression in prostate cancer tissue samples.

상세보기
Science Velculescu 270 484 1995 10.1126/science.270.5235.484 Serial analysis of gene expression.

상세보기

원문 보기

AccessON 원문보기

원문 URL 링크

DOI : 10.1101/gr.132500 [무료]
PubMed Central : 저널 > 논문 [무료]
Cold Spring Harbor Laboratory Press : 저널> 권호 > 논문 [무료]
AccessON : 저널

*원문 PDF 파일 및 링크정보가 존재하지 않을 경우 KISTI DDS 시스템에서 제공하는 원문복사서비스를 사용할 수 있습니다.

오픈액세스(OA) 유형

GOLD(Hybrid)

저자가 APC(Article Processing Charge)를 지불한 논문에 한하여 자유로운 이용이 가능한, hybrid 저널에 출판된 논문

저작권 관리 안내

내보내기 메뉴

내보내기 구분

파일저장
인쇄
메일전송

구성항목

기본정보
상세정보

관리번호, 논문명, 저널/프로시딩명, 저자 , 발행년, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, 발행기관

저장형식

Text(ASCII format)
Excel format
RefWorks Direct Export
RIS format (for Reference Manager, ProCite, EndNote), Scholar's Aids, Mendeley

메일정보

받는사람 (필수): @
보내는사람 (선택): @
제목
내용: KISTI 검색결과 이메일 서비스

안내

총 건의 자료가 검색되었습니다.

다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000)

검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다.

데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요)

다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다.
파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오.

Text(ASCII format)
Excel format

표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

AI-Helper ※ AI-Helper는 을 사용합니다.

AI-Helper

안녕하세요, AI-Helper입니다. 좌측 "선택된 텍스트"에서 텍스트를 선택하여 요약, 번역, 용어설명을 실행하세요.
※ AI-Helper는 부적절한 답변을 할 수 있습니다.

연합인증

[해외논문] The Comparison of Gene Expression from Multiple cDNA Libraries 원문보기

Abstract ▼ AI-Helper

참고문헌 (26)

이 논문을 인용한 문헌

관련 콘텐츠

원문 보기

원문 URL 링크

오픈액세스(OA) 유형

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

선택된 텍스트

내보내기 구분	파일저장 인쇄 메일전송
구성항목	기본정보 상세정보 관리번호, 논문명, 저널/프로시딩명, 저자 , 발행년, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, 발행기관 관리번호, 논문명, 대등논문명, 저자 , 저널/프로시딩명, 발행기관, 발행년, 발행언어, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, ISBN, ISSN, 주제분야, 키워드, 초록(한글), 초록(영문), 저자(소속기관)
저장형식	Text(ASCII format) Excel format RefWorks Direct Export RIS format (for Reference Manager, ProCite, EndNote), Scholar's Aids, Mendeley
메일정보	받는사람 (필수) @ 보내는사람 (선택) @ 제목 내용 KISTI 검색결과 이메일 서비스
안내	총 건의 자료가 검색되었습니다. 다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000) 검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다. 데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요) 다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다. 파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오. ~ Text(ASCII format) Excel format