[논문]A novel method to detect mutation in DNA by utilizing exponential amplification reaction triggered by the CRISPR-Cas9 system

Song, Jayeon; Kim, Soohyun; Kim, Hyo Yong; Hur, Kyung Hoon; Kim, Yoosik; Park, Hyun Gyu

doi:10.1039/d1nr00438g

[해외논문] A novel method to detect mutation in DNA by utilizing exponential amplification reaction triggered by the CRISPR-Cas9 system

Nanoscale, v.13 no.15, 2021년, pp.7193 - 7201

Song, Jayeon (Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK 21+ program)) , Kim, Soohyun (Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK 21+ program)) , Kim, Hyo Yong (Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK 21+ program)) , Hur, Kyung Hoon (Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK 21+ program)) , Kim, Yoosik (Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK 21+ program)) , Park, Hyun Gyu (Department of Chemical and Biomolecular Engineering (BK 21+ program))

Abstract ▼ AI-Helper

We, herein, describe a novel method to detect mutation in DNA by utilizing exponential amplification reaction (EXPAR) triggered by clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas9, called CRISPR-EXPAR. The CRISPR system consisting of two Cas9/sgRNA complexes was designed to cut out a specific mutation region within the target DNA, which would consequently promote EXPAR by continuously repeated extension and nicking reactions. As a consequence, a large number of final EXPAR products, which can be monitored through duplex-specific fluorescent staining, are produced. Based on this design principle, we successfully identified a model target mutation within the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) gene down to 437 aM with excellent specificity. The practical capability of this method was verified by reliably identifying the target mutation directly from the genomic DNA (gDNA) extracted from the lung cancer cell line, NCI-H1781 (H1781), and its universal applicability was further confirmed by identifying another EFGF L858R mutation. This technique could serve as a new isothermal platform to identify various mutations by rationally redesigning single guide RNA (sgRNA) according to the target mutation site.

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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