[논문]covNorm: An R package for coverage based normalization of Hi-C and capture Hi-C data

Kim, Kyukwang; Jung, Inkyung

doi:10.1016/j.csbj.2021.05.041

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Computational and structural biotechnology journal, v.19, 2021년, pp.3149 - 3159

Kim, Kyukwang (Department of Biological Sciences, Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST), Daejeon 34141, Republic of Korea) , Jung, Inkyung

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Hi-C and capture Hi-C have greatly advanced our understanding of the principles of higher-order chromatin structure. In line with the evolution of the Hi-C protocols, there is a demand for an advanced computational method that can be applied to the various forms of Hi-C protocols and effectively remove innate biases. To resolve this issue, we developed an implicit normalization method named “covNorm” and implemented it as an R package. The proposed method can perform a complete procedure of data processing for Hi-C and its variants. Starting from the negative binomial model-based normalization for DNA fragment coverages, removal of genomic distance-dependent background and calling of the significant interactions can be applied sequentially. The performance evaluation of covNorm showed enhanced or similar reproducibility in terms of HiC-spector score, correlation of compartment A/B profiles, and detection of reproducible significant long-range chromatin contacts compared to baseline methods in the benchmark datasets. The developed method is powerful in terms of effective normalization of Hi-C and capture Hi-C data, detection of long-range chromatin contacts, and readily extendibility to the other derivative Hi-C protocols. The covNorm R package is freely available at GitHub: https://github.com/kaistcbfg/covNormRpkg.

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표제어: PCR

동의어: Packet Collision Rate

용어 설명 출처 목록 (6)

용어 설명: PCR은 세균 특이성이 있는 primer를 이용하여 적은 수의 세균이 있을지라도 쉽게 검출할 수 있는 유용한 방법이며, 이를 이용하여 구강 내 치면세균막이나 타액에서 직접 세균을 검출할 수 있게 되었다[8].

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