[논문]Improved DNA Electrophoresis in Conditions Favoring Polyborates and Lewis Acid Complexation

Singhal, Hari; Ren, Yunzhao R.; Kern, Scott E.

doi:10.1371/journal.pone.0011318

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[해외논문] Improved DNA Electrophoresis in Conditions Favoring Polyborates and Lewis Acid Complexation 원문보기

PloS one, v.5 no.6, 2010년, pp.e11318 -

Singhal, Hari (Department of Biomedical Engineering, The Johns Hopkins University and the Sidney Kimmel Comprehensive Center at Johns Hopkins, Baltimore, Maryland, United States of America) , Ren, Yunzhao R. (Department of Oncology, The Johns Hopkins University and the Sidney Kimmel Comprehensive Center at Johns Hopkins, Baltimore, Maryland, United States of America) , Kern, Scott E. (Department of Oncology, The Johns Hopkins University and the Sidney Kimmel Comprehensive Center at Johns Hopkins, Baltimore, Maryland, United States of America)

Abstract ▼ AI-Helper

Spatial compression among the longer DNA fragments occurs during DNA electrophoresis in agarose and non-agarose gels when using certain ions in the conductive buffer, impairing the range of fragment sizes resolved well in a single gel. Substitutions using various polyhydroxyl anions supported the underlying phenomenon as the complexation of Lewis acids to DNA. We saw significant improvements using conditions (lithium borate 10 mM cations, pH 6.5) favoring the formation of borate polyanions and having lower conductance and Joule heating, delayed electrolyte exhaustion, faster electrophoretic run-speed, and sharper separation of DNA bands from 100bp to 12 kb in a single run.

참고문헌 (8)

1 Brody JR Kern SE 2004 History and principles of conductive media for standard DNA electrophoresis. Anal Biochem 333 1 13 15351274

상세보기
2 Brody J Kern SE 2004 High-resolution agarose electrophoresis of DNA and RNA using low-molarity conductive media. Biotechniques 37 598 602 15517972
3 Stellwagen N Bossi A Gelfi C Righetti PG 2000 DNA and buffers: Are there any noninteracting, neutral pH buffers? Anal Biochem 287 167 75 11078596

상세보기
4 Hashimoto Y Mori I Kimura M 1952 Paper electromigration of flavinoids and sugars using a high constant voltage current. Nature 170 975 76
5 Smith SS Gilroy TE Ferrari FA 1983 The influence of agarose DNA affinity on the electrophoretic separation of DNA fragments in agarose gels. Anal Biochem 128 138 51 6303150

상세보기
6 Stellwagen NC Gelfi C Righetti PG 2000 DNA and buffers: the hidden danger of complex formation. Biopolymers 54 137 42 10861374

상세보기
7 Ingri N 1963 Equilibrium studies of polyanions. Acta Chem Scand 17 581 9
8 Maeda MJ 1978 Raman spectra of polyborate ions in aqueous solution. Inorg Nucl Chem 41 1217 20

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