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[해외논문] Advanced Heat Map and Clustering Analysis Using Heatmap3 원문보기

BioMed research international, v.2014, 2014년, pp.986048 -   

Zhao, Shilin (Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University, Nashville, TN 37232, USA) ,  Guo, Yan (Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University, Nashville, TN 37232, USA) ,  Sheng, Quanhu (Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University, Nashville, TN 37232, USA) ,  Shyr, Yu (Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University, Nashville, TN 37232, USA)

Abstract AI-Helper 아이콘AI-Helper

Heat maps and clustering are used frequently in expression analysis studies for data visualization and quality control. Simple clustering and heat maps can be produced from the “heatmap” function in R. However, the “heatmap” function lacks certain functionalities and customizability, preventing it f...

참고문헌 (8)

  1. 1 Guo Y Zhao S Ye F Sheng Q Shyr Y MultiRankSeq: multiperspective approach for RNAseq differential expression analysis and quality control BioMed Research International 2014 2014 8 pages 248090 

  2. 2 Yang S Guo X Yang Y Detecting outlier microarray arrays by correlation and percentage of outliers spots Cancer Informatics 2006 2 351 360 2-s2.0-33751355497 

  3. 3 Sadanandam A Lyssiotis CA Homicsko K A colorectal cancer classification system that associates cellular phenotype and responses to therapy Nature Medicine 2013 19 5 619 625 2-s2.0-84877619075 

  4. 4 Cancer Genome Atlas Network Comprehensive molecular portraits of human breast tumours Nature 2012 490 61 70 23000897 

  5. 5 Lee JM Sonnhammer ELL Genomic gene clustering analysis of pathways in eukaryotes Genome Research 2003 13 5 875 882 2-s2.0-0038104857 12695325 

  6. 6 D'Haeseleer P Liang S Somogyi R Genetic network inference: from co-expression clustering to reverse engineering Bioinformatics 2000 16 8 707 726 2-s2.0-0033736476 11099257 

  7. 7 Eisen MB Spellman PT Brown PO Botstein D Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 1998 95 25 14863 14868 2-s2.0-0032441150 9843981 

  8. 8 Robinson MD McCarthy DJ Smyth GK edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics 2010 26 1 139 140 2-s2.0-77449084524 19910308 

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