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[국내논문] 생물학 문헌으로부터 단백질 상호작용 정보 추출을 위한 자연어 처리 기법
Full Parsing Approach to Extracting Protein-to-Protein Interactions from the Biological Literature 원문보기

한국정보과학회 2004 가을 학술발표논문집(2), 2004 Oct., 2004년, pp.256 - 258  

노정호 (한양대학교 정보통신대학원) ,  차재혁 (한양대학교 정보통신대학원) ,  최용석 (한양대학교 컴퓨터교육과)

초록
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단백질 상호작용에 대한 연구는 생명현상의 전반적인 원리를 규명하는데 필수적이다. 생물학 문헌 데이터베이스로부터 단백질 상호작용 정보를 찾는 것은 많은 시간과 노력이 필요하기 때문에 컴퓨터로 자동화시키는 방법이 요구된다. 문헌으로부터 단백질 상호작용 정보를 추출하는 작업은 단순 문자열 비교를 통한 정보검색으로는 한계가 있으므로 자연어 처리 기법을 적용해 문장의 문법 구조, 품사 정보 등을 이용하면 더 정확한 추출이 가능하다. 본 논문에서는 자연어 처리를 이용하여 문장을 트리로 표현한 뒤 가지치기, 병합 등을 통해 추상화된 트리를 패턴과 매칭하는 방법을 제안한다. 그리고 실제 데이터를 이용한 실험 결과를 통해 기존 방법에 비해 더 높아진 정확도를 확인하였다.

AI 본문요약
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문제 정의

  • 본 연구의 목적은 생물학 문헌 초록으记부터 단백질 상호작용 정보를 찾는 깃이다. 자연어로 기술 돤 초록으로부터 정보를 찾는 가장 일반적인 방법은 문가열 비血를 통해 관심 있는 단백질을 찾는 것이지만 문법 구조나 품시-성보룔 고려하지 않은 난 순 川교로上 정확한 정보를 추출할 수 없다.
  • 그러나 이 방법으로는 문맥의 파악과 상호작용 타입의 추출이 힘들기 때문에 패턴 매칭 (Simple Pattern Malching)이 판요하게 되었다. 문장 속에서 2개의 단백질과 1개의 상호작용 타입이 나타나는 부분에 대궁H서 ''ProteinA-Type-Proteinl^ 패턴을 통해 “PmteinA와 ProteinB는 Ty呻 곤!■겨}'' 라 는 의미률 추츨하는 방법이지만 패턴 작성에 많은 시간이 필요하고 자성하기 힘든 패턴이 있다는 단점이 있다[2, 31.더 나아가 패턴 매칭 방법에 푸사 (Part Of Speech) 정모를 추가하여 이전까지 처리하지 못했던 부정문이나 접속사로 연겫된 중 문/ 복문까지 처리기-가능한 방법이 있지딘}: 대명사나 단어의 의미적 차이까지는 고려되지 않았다国丄 앞서 언규한 방법에서 나타난 문제점늘을 개선해 모고자 본 논문에서는 자연어 처리를 이욤한 징보 추줄기법을 제안힌.다.
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