초록

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RNA 분자의 이차구조는 그 분자의 생물학적 기능을 이해하는데 필요한 요소이다. 본 논문은 RNA 이차 구조의 loop과 helix를 그룹화 하여 하나의 객체 단위로 설계한 뒤 필요한 loop과 helix들의 연결구조를 부분 시각화 하는 알고리즘을 소개한다. 기존의 존재하는 시각화 알고리즘들은 정보손실에 해당하는 겹침에 의한 피해를 줄이기 위해 다양한 변형 방법을 이용하였으나 이번 알고리즘은 사용자에 의해 필요로 하는 정보만을 선택해 볼 수 있기에 정보 손실의 문제를 피할 수 있다.

RNA 분자의 이차구조는 그 분자의 생물학적 기능을 이해하는데 필요한 요소이다. 본 논문은 RNA 이차 구조의 loop과 helix를 그룹화 하여 하나의 객체 단위로 설계한 뒤 필요한 loop과 helix들의 연결구조를 부분 시각화 하는 알고리즘을 소개한다. 기존의 존재하는 시각화 알고리즘들은 정보손실에 해당하는 겹침에 의한 피해를 줄이기 위해 다양한 변형 방법을 이용하였으나 이번 알고리즘은 사용자에 의해 필요로 하는 정보만을 선택해 볼 수 있기에 정보 손실의 문제를 피할 수 있다.

AI 본문요약

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• 연구 주제
• 연구 방법
• 연구 결과

문제 정의

• 본 논문에서는 전체 구조의 시각화에 나타나는 이러한 문제점에서 벗어나 사용자가 필요로 하는 부분만을 그 부분들의 연결정보에 의해 부분 시각화하여 겹침에 대한 문제를 피할 수 있고, 보다 간결한 검색과 구조확인을 할 수 있음을 보여준다.

가설 설정

• 1) 사용자가 원하는 loop을 결정하게 된다.
• 2) 사용자가 선택한 loop이 결정되면 그에 인접한 loop과 그 사이 존재하게 될 helix들이 자동 선택되어진다.
• 이렇게 쌍을 이루는 것을 helix 또는 stem이라 부른다. 본 논문에서는 helix 하나의 용어로 통일하겠다. ' - ' 기호는 쌍을 이루지 못한 염기서열을 말하고 이를 loop이 라 부른다.

제안 방법

• 본 논문에서는 복잡한 전체이차구조를 표현하기보단 확인이 필요없을지 모르는 구조를 제외한 사용자가 원하는 필요한 부분만을 선택하여 그에 인접한 연결구조들만을 부분적 시각화하는 시스템을 설계하였다.
• 이 그룹이 가지고있는 정보는 자신과 연결되어있는 loop그룹의 연결정보, 자신들의 짝정보, 자신의 시작과 끝이다. 이러한 하나의 helix 룹에 대해 번호를 매기게 설계, 구현 하였다.
• 제시하는 논문은 이렇게 서로 결합을 이루고있는 부분과 결합을 이루지않는 부분들을 그룹화하여 각각 번호를 정해놓고 이를 서로간의 연결정보를 가지고 있는 연결리스트로 만들어놓은 후 사용자가 원하는 부분만을 연결정보를 통하여 시각화하게 된다.

성능/효과

• 3) 자동 결정된 연결 loop과 helix들은 연결리스트에 저장된 순서대로 차례대로 그려지게 된다.

후속연구

• 또한 이러한 반복과정을 거치지 않고 겹침을 피하기위한 추가적인 탐색 알고리즘을 통해 전체구조를 시각화하는 반면, 이 시스템에서는 실제로 유용하게 사용될 수 있는 부분적인 염기서열의 이차구조를 동적으로 표현하기 때문에 원하는 부분만의 검색시간만을 필요로하게 되고, 겹침을 피하기 위한 새로운 탐색 알고리즘을 필요로하지 않게 되므로 시간적 효율성과 알고리즘의 복잡도면을 개선할 수 있으라고 본다.

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이 논문을 인용한 문헌

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