[논문]양식 넙치, Paralichthys olivaceus에서 분리된 림포시스티스 바이러스의 genomic DNA 분석과 PCR을 이용한 바이러스 검출

김수미; 박수일; 손상규; 박명애

양식 넙치, Paralichthys olivaceus에서 분리된 림포시스티스 바이러스의 genomic DNA 분석과 PCR을 이용한 바이러스 검출 원문보기

김수미 (부경대학교) , 박수일 (부경대학) , 손상규 (국립수산진흥) , 박명애 (국립수산진흥원)

Iridoviridae과에 속하는 lymphocystis disease virus(LDV)는 비교적 큰 20면체 DNA 바이러스이며(Murphy et al., 1995), 림포시스티스병(lymphocystis disease, LD)을 유발하는 원인체로서 140여종 이상의 해수 및 담수 어종에서 보고된 바 있다(Wolf et al., 1966). 우리 나라의 경우, 주요 양식 어종인 넙치에 주로 감염되어 2차 감염과 빈혈 및 합병증 등에 의해 폐사를 유발할 뿐만 아니라 상품성을 저하시킴으로서 경제적 손실을 야기한다. (중략)

* AI 자동 식별 결과로 적합하지 않은 문장이 있을 수 있으니, 이용에 유의하시기 바랍니다.

문제 정의

본 연구에서, gene cloning을 통하여 우리나라에서 분리되는 LDV의 유전자 분석을 실시함으로서 LDV의 정확한 유전 정보를 밝히고 기존의 보고와 이를 비교 분석하였다. 또한, 본 연구의 유전정보를 이용한 감도 높은 LDV 검출법(PCR)을 고안하여 육안적으로 감염이 확인되지 않는 내부 장기에서 LDV를 검출하였다.

제안 방법

PCR법으로 넙치의 LDV를 검출하기 위하여, 본 연구에서 분석한 염기배열을 기초로 3가지 특이 primer sets(MCP, preMCP, postMCP primer)를 설계하였으며 이들 각각의 primer는 LDV의 DNA룔 특이적으로 중폭시킬 수 있었다. LDV에 감염되어 체표 등에 LC 를 형성한 넙치와 그렇지 않은 어류의 장기 조직을 검사 대상으로 PCR을 수행한 결과, LC가 확인되는 감염어의 경우 LC 뿐만 아니라 간, 신장, 비장, 아가미 등에서도 바이러스를 검출할 수 있었으며 육안적으로 감염이 확인되지 않는 넙치의 내부 장기에서도 바이러스가 검출되었다.
PCR을 이용한 LDV 검출 : 감염어 및 정상어의 내부 장기에서 DNA를 추출하여 3sets의 특이ptEmer로 PCR함으로서 바이러스 검출 여부를 조사하였다.
Viral genomic DNA cloning : 바이러스의 DNA는 DNAzol(GibcoBRL)을 이용하여 분리하였고 Hind HI로 genomic DNA를 절단하여 pGEM 4Z vector에 연결시켜 E. coli (DH 4 a)에서 transformation하여 gene cloning하였다.
감염세포에서 분리한 바이러스로부터 DNA를 추출하여 genomic DNA library를 제작하였다. Hind HI로 절단한 LDV의 DNA 단편을 vector에 삽입시켜 얻은 재조합된 plasmid에서 2, 586 bp의 바이러스 DNA를 확인할 수 있었고 이를 분석한 결과, G+C 함량이 3268 %의 meor capsid protein(MCP) gene으로 확인되었다.
본 연구에서, gene cloning을 통하여 우리나라에서 분리되는 LDV의 유전자 분석을 실시함으로서 LDV의 정확한 유전 정보를 밝히고 기존의 보고와 이를 비교 분석하였다. 또한, 본 연구의 유전정보를 이용한 감도 높은 LDV 검출법(PCR)을 고안하여 육안적으로 감염이 확인되지 않는 내부 장기에서 LDV를 검출하였다.
염기서열 비교 분석 : Genetyx program과 NCBI 에서 제공되는 BLAST program으로이미 밝혀져 있는 바이러스의 염기배열과의 상동성을 비교 분석하였다.

대상 데이터

실험어 : 실험어로서는 넙치 (Paralichthys olimceus)를 사용하였으며 감염어의 lymphocystis cell(LC)를 분리하여 -80ºC에 보관하면서 실험에 사용하였다.

이론/모형

바이러스의 분리 : Darai et al.(1983)의 방법에 따라 sucrose gradient(25~60%)상에서 초고속 원심분리하여 바이러스 밀도차에 의한 분리법을 이용하였다.
DNA sequencing : Sanger et al. (1977)의 방법에 따라 automatic sequencer (ABI version 32 USA)로 sequencinge 실시하였다.

성능/효과

감염세포에서 분리한 바이러스로부터 DNA를 추출하여 genomic DNA library를 제작하였다. Hind HI로 절단한 LDV의 DNA 단편을 vector에 삽입시켜 얻은 재조합된 plasmid에서 2, 586 bp의 바이러스 DNA를 확인할 수 있었고 이를 분석한 결과, G+C 함량이 3268 %의 meor capsid protein(MCP) gene으로 확인되었다. 이 염기배열을 기보고된 LDV의 염기배열과 비교해 보았을 때, complete FLDV4 DNA, FLDV-1 MCP gene 및 Chinese flounder LDV partial MCP gene과 각각 78 %, 75 %, 99.
PCR법으로 넙치의 LDV를 검출하기 위하여, 본 연구에서 분석한 염기배열을 기초로 3가지 특이 primer sets(MCP, preMCP, postMCP primer)를 설계하였으며 이들 각각의 primer는 LDV의 DNA룔 특이적으로 중폭시킬 수 있었다. LDV에 감염되어 체표 등에 LC 를 형성한 넙치와 그렇지 않은 어류의 장기 조직을 검사 대상으로 PCR을 수행한 결과, LC가 확인되는 감염어의 경우 LC 뿐만 아니라 간, 신장, 비장, 아가미 등에서도 바이러스를 검출할 수 있었으며 육안적으로 감염이 확인되지 않는 넙치의 내부 장기에서도 바이러스가 검출되었다. 본 연구의 PCR법은 10pg 이하의 LDV DNA까지 검출 가능한 것으로 조사되어 sensitivity가 매우 높아 감염어의 내부 장기뿐만 아니라 정상 넙치의 LDV 감염 여부를 screening하는데 있어도 중요한 역할을 할 것으로 생각된다.
Hind HI로 절단한 LDV의 DNA 단편을 vector에 삽입시켜 얻은 재조합된 plasmid에서 2, 586 bp의 바이러스 DNA를 확인할 수 있었고 이를 분석한 결과, G+C 함량이 3268 %의 meor capsid protein(MCP) gene으로 확인되었다. 이 염기배열을 기보고된 LDV의 염기배열과 비교해 보았을 때, complete FLDV4 DNA, FLDV-1 MCP gene 및 Chinese flounder LDV partial MCP gene과 각각 78 %, 75 %, 99.9 %의 상동성을 나타내었다

후속연구

LDV에 감염되어 체표 등에 LC 를 형성한 넙치와 그렇지 않은 어류의 장기 조직을 검사 대상으로 PCR을 수행한 결과, LC가 확인되는 감염어의 경우 LC 뿐만 아니라 간, 신장, 비장, 아가미 등에서도 바이러스를 검출할 수 있었으며 육안적으로 감염이 확인되지 않는 넙치의 내부 장기에서도 바이러스가 검출되었다. 본 연구의 PCR법은 10pg 이하의 LDV DNA까지 검출 가능한 것으로 조사되어 sensitivity가 매우 높아 감염어의 내부 장기뿐만 아니라 정상 넙치의 LDV 감염 여부를 screening하는데 있어도 중요한 역할을 할 것으로 생각된다.

내보내기 구분	파일저장 인쇄 메일전송
구성항목	기본정보 상세정보 관리번호, 논문명, 저널/프로시딩명, 저자 , 발행년, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, 발행기관 관리번호, 논문명, 대등논문명, 저자 , 저널/프로시딩명, 발행기관, 발행년, 발행언어, 권, 호, 시작페이지, 끝페이지, ISBN, ISSN, 주제분야, 키워드, 초록(한글), 초록(영문), 저자(소속기관)
저장형식	Text(ASCII format) Excel format RefWorks Direct Export RIS format (for Reference Manager, ProCite, EndNote), Scholar's Aids, Mendeley
메일정보	받는사람 (필수) @ 보내는사람 (선택) @ 제목 내용 KISTI 검색결과 이메일 서비스
안내	총 건의 자료가 검색되었습니다. 다운받으실 자료의 인덱스를 입력하세요. (1-10,000) 검색결과의 순서대로 최대 10,000건 까지 다운로드가 가능합니다. 데이타가 많을 경우 속도가 느려질 수 있습니다.(최대 2~3분 소요) 다운로드 파일은 UTF-8 형태로 저장됩니다. 파일의 내용이 제대로 보이지 않을실 때는 웹브라우저 상단의 보기 -> 인코딩 -> 자동선택 여부를 확인하십시오. ~ Text(ASCII format) Excel format

연합인증

양식 넙치, Paralichthys olivaceus에서 분리된 림포시스티스 바이러스의 genomic DNA 분석과 PCR을 이용한 바이러스 검출 원문보기

초록
AI-Helper

AI 본문요약
AI-Helper

문제 정의

제안 방법

대상 데이터

이론/모형

성능/효과

후속연구

이 논문을 인용한 문헌

관련 콘텐츠

원문 보기

이 논문과 함께 이용한 콘텐츠

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

선택된 텍스트

연합인증

양식 넙치, Paralichthys olivaceus에서 분리된 림포시스티스 바이러스의 genomic DNA 분석과 PCR을 이용한 바이러스 검출 원문보기

초록 용어보기논문에서 용어와 풀이말을 자동 추출한 결과로, 시범 서비스 중입니다. AI-Helper

AI 본문요약 엑셀 다운로드 AI-Helper

문제 정의

제안 방법

대상 데이터

이론/모형

성능/효과

후속연구

이 논문을 인용한 문헌

관련 콘텐츠

원문 보기

이 논문과 함께 이용한 콘텐츠

AI-Helper ※ AI-Helper는 오픈소스 모델을 사용합니다.

선택된 텍스트

초록
AI-Helper

AI 본문요약
AI-Helper