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문제 정의
- 따라서, 집단에 대한 가장 바람직한 시그너쳐는 집단의 정체성을 유지하면서 다른 집단과 차별화시키는 최소한의 특징 집합이다. 이 논문에서 이러한 성질을 갖는 시그너쳐를 추출하는 방법을 제안한다.
- 이 방법은 하나의 집단을 다른 집단으로부터 차별화하는 가장 간단한 특징으로 시그너쳐를 구성하게 되는데, 집단을 분류하는시그너쳐로서는 매우 우수한 장점이 있지만, 집단의 정체성을 시그너쳐가 충분히 나타낼 수 없는 단점이 있다. 이 논문에서는 염기서열 분포 정보를 이용하면서, 집단에 대한 차별화 및 정체성 유지 측면에서 최선의 시그너쳐를 추출하는 방법을 제안한다.
- HIV-1 한국형 바이러스 264개 염기서열, HIV-1 외래종 바이러스 기개 서열에 대해서두 집단을 효과적으로 구별할 수 있는 시그너쳐를 찾기 위해 개발된 방법을 적용하는 실험을 하였다. 실험을 위해서 각 집단의 서열의 반씩 나누어서 반은 시그너쳐를 생성하는데 사용하고, 나머지 반은 시그너쳐에 대한 각 서열의 유사도를 확인함으로써 얼마나 효과적으로 집단을 구별할 수 있는 검증하는데 사용하였다.
가설 설정
- 제안한 방법에서는 두 개의 서열 집단이 있는 것을 가정한다. 또한, 시그너쳐 추출을 위해 사용되는 염기서열들은 ClustalX 등의 도구를 사용하여 이미 다중 서열정렬이 된 상태로서 동일한 길이를 가지고 있다고 전제한다.
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