IPC분류정보
국가/구분 |
한국(KR)/등록특허
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국제특허분류(IPC9판) |
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출원번호 |
10-2004-0101948
(2004-12-06)
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공개번호 |
10-2006-0062941
(2006-06-12)
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등록번호 |
10-0598606-0000
(2006-07-03)
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DOI |
http://doi.org/10.8080/1020040101948
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발명자
/ 주소 |
- 김대희
/ 대전광역시 서구 관저동 구봉마을아파트 ***동 ***호
- 박성희
/ 대전광역시 서구 삼천동 국화아파트 ***동 ***호
- 박찬용
/ 대전광역시 서구 둔산*동 샘머리아파트 ***동 ****호
- 박선희
/ 대전광역시 서구 만년동 강변아파트 ***동 ***호
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출원인 / 주소 |
- 한국전자통신연구원 / 대전 유성구 가정동 ***번지
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대리인 / 주소 |
-
유미특허법인
(YOU ME Patent & Law Firm)
-
서울특별시 강남구 역삼동 ***-** 서림빌딩**층(유미특허법인)
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심사청구여부 |
있음 (2004-12-06) |
심사진행상태 |
등록결정(일반) |
법적상태 |
소멸 |
초록
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본 발명의 단백질 구조 검색 시스템은 각 단백질에 대하여 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 포함하는 단백질 구조 특징을 저장하는 단백질 데이터 베이스; 검색하고자 하는 검색 단백질 정보를 이용하여, 상기 단백질 데이터 베이스로부터 상기 검색 단백질에 대한 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 수신 받는 데이터 처리부; 상기 검색 단백질의 전영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 전영역 검색부; 및 상기 검색 단백질의 부영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한
본 발명의 단백질 구조 검색 시스템은 각 단백질에 대하여 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 포함하는 단백질 구조 특징을 저장하는 단백질 데이터 베이스; 검색하고자 하는 검색 단백질 정보를 이용하여, 상기 단백질 데이터 베이스로부터 상기 검색 단백질에 대한 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 수신 받는 데이터 처리부; 상기 검색 단백질의 전영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 전영역 검색부; 및 상기 검색 단백질의 부영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 부영역 검색부를 포함한다.
대표청구항
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단백질 구조 검색 시스템에 있어서, 각 단백질에 대하여 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 포함하는 단백질 구조 특징을 저장하는 단백질 데이터 베이스|검색하고자 하는 검색 단백질 정보를 이용하여, 상기 단백질 데이터 베이스로부터 상기 검색 단백질에 대한 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 수신 받는 데이터 처리부|상기 검색 단백질의 전영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 전영역 검색부| 및 상기 검색 단백질의 부영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의
단백질 구조 검색 시스템에 있어서, 각 단백질에 대하여 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 포함하는 단백질 구조 특징을 저장하는 단백질 데이터 베이스|검색하고자 하는 검색 단백질 정보를 이용하여, 상기 단백질 데이터 베이스로부터 상기 검색 단백질에 대한 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 수신 받는 데이터 처리부|상기 검색 단백질의 전영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 전영역 검색부| 및 상기 검색 단백질의 부영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 부영역 검색부를 포함하는 단백질 구조 검색 시스템.제 1 항 에 있어서, 상기 전영역 구조 특징이 상기 검색 단백질을 구성하는 각 아미노산들의 알파 탄소 원자(이하, ``Ca``라 함) 위치를 하기 수학식으로 근사화한 근사 곡면인 단백질 구조 검색 시스템. (여기서, 변수 x,y,z 는 각각 검색 단백질의 Ca의 위치 좌표의 x 좌표, y 좌표, z 좌표 값)제 1 항 에 있어서, 상기 부영역 구조 특징이 상기 검색 단백질을 구성하는 각 아미노산들의 Ca 위치를 소정의 부영역으로 분리하였을 때, 각 부영역에서 Ca 위치를 하기 수학식으로 근사화한 근사 평면인 단백질 구조 검색 시스템. (여기서, 변수 x,y,z 는 각각 검색 단백질의 Ca의 위치 좌표의 x 좌표, y 좌표, z 좌표 값)제 2 항에 있어서상기 전영역 구조 특징이 상기 수학식의 각 항으로부터 유도된 행렬 A1*16 = [a0, a1, a2 , a3, a4, a5, a6, a7, a8, a9, a10, a11, a12, a13, a14, a15] 인 단백질 구조 검색 시스템.제 3 항에 있어서상기 부영역 구조 특징이 상기 수학식의 각항으로부터 유도된 행렬 A1*3= [a0, a1, a2 ] 인 단백질 구조 검색 시스템.제 2 항 또는 제 4 항에 있어서, 상기 전영역 검색부는 상기 근사 곡면에서 상기 단백질 데이터 베이스에 저장된 단백질의 Ca들의 위치와의 거리로부터 단백질 구조 특징의 유사도를 결정하는 단백질 구조 검색 시스템.제 3 항 또는 제 5 항에 있어서, 상기 부영역 검색부는 상기 근사 평면에서 상기 단백질 데이터 베이스에 저장된 단백질의 Ca들의 위치와의 거리로부터 단백질 구조 특징의 유사도를 결정하는 단백질 구조 검색 시스템.제 1 항에 있어서, 단백질에 대한 단백질 구조 특징을 추출하여 상기 단백질 데이터 베이스에 저장하는 단백질 정보 가공부를 추가 포함하는 단백질 구조 검색 시스템.제 8 항에 있어서상기 단백질 정보 가공부가단백질의 Ca 의 좌표값들을 파싱하여, Ca 좌표값들을 추출하는 Ca 좌표 추출부|상기 단백질의 Ca 좌표값들을 단백질 중심을 원점으로 하여 좌표 이동하는 Ca 좌표 변환부| Ca 좌표 영역을 소정의 개수의 부영역으로 분리하여 부영역을 결정하는 부영역 결정부| 상기 단백질의 전영역 행렬을 산출하는 전영역 행렬 연산부| 및상기 단백질의 각 부영역에서 부영역 행렬을 산출하는 부영역 행렬 연산부를 포함하는 단백질 구조 검색 시스템.단백질 검색 방법에 있어서, 단백질 데이터 베이스로부터, 검색하고자 하는 검색 단백질에 대하여 전영역 구조 특징 및 부영역 구조 특징을 포함하는 단백질 구조 특징을 불러오는 단계|상기 검색 단백질의 전영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 단계| 및상기 검색 단백질의 부영역 구조 특징과 구조 특징이 유사한 소정의 개수의 단백질들을 상기 단백질 데이터 베이스로부터 선발하는 단계를 포함하는 단백질 검색 방법.제 10 항에 있어서, 상기 전영역 구조 특징이 상기 검색 단백질을 구성하는 각 아미노산들의 Ca 위치를 하기 제 1 수학식으로 근사화한 근사 곡면이고, (여기서, 변수 x,y,z 는 각각 검색 단백질의 Ca의 위치 좌표의 x 좌표, y 좌표, z 좌표 값)상기 부영역 구조 특징이 상기 검색 단백질을 구성하는 각 아미노산들의 Ca 위치를 소정의 부영역으로 분리하였을 때, 각 부영역에서 Ca 위치를 하기 제 2 수학식으로 근사화한 근사 평면인 단백질 검색 방법. (여기서, 변수 x,y,z 는 각각 검색 단백질의 Ca의 위치 좌표의 x 좌표, y 좌표, z 좌표 값)제 11 항에 있어서, 상기 전영역 구조 특징이 상기 제 1 수학식으로부터 유도된 행렬 A1*16 = [a0, a1, a2 , a3, a4, a5, a6, a7, a8, a9, a10, a11, a12, a13, a14, a15] 이고, 상기 부영역 구조 특징이 상기 제 2 수학식으로부터 유도된 행렬 A1*3= [a0, a1, a2 ] 인 단백질 검색 방법.제 10 항 내지 제 12 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 전영역 구조 특징을 이용한 단백질 선발 방법은 상기 제 1 수학식으로 표현되는 근사 곡면에서 비교하고자 하는 다른 단백질들의 Ca의 좌표들의 거리를 산출하여 수행되는 단백질 검색 방법.제 10 항 내지 제 12 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 부영역 구조 특징을 이용한 단백질 선발 방법은 상기 제 2 수학식으로 표현되는 근사 평면에서 비교하고자 하는 다른 단백질들의 Ca의 좌표들의 거리를 산출하여 수행되는 단백질 검색 방법.제 10 항에 있어서, 단백질 데이터 베이스에 검색하고자 하는 단백질에 대한 단백질 구조 특징이 저장되어 있지 않은 경우, 검색하고자 하는 단백질에 대한 단백질 구조 특징을 추출하여 상기 단백질 데이터 베이스에 저장하는 단계를 추가 포함하는 단백질 검색 방법.제 15 항에 있어서, 상기 단백질 구조 특징 추출 단계가 대상 단백질의 Ca의 좌표 값을 파싱하여, Ca 좌표값들을 추출 하는 단계|상기 단백질의 Ca 좌표값들을 단백질 중심을 원점으로 하여 좌표 이동하는 단계|Ca 좌표 영역을 소정의 개수의 부영역으로 분리하여 부영역을 결정하는 단계|상기 단백질의 Ca 분포에 대하여, 전영역 행렬을 산출하는 단계| 및상기 소정의 개수의 부영역에 대하여, Ca 분포에 대하여, 부영역 행렬을 각각 산출하는 단계를 포함하는 단백질 검색 방법.단백질 기능 예측 방법에 있어서, 대상 단백질의 Ca의 좌표 값을 파싱하여, Ca 좌표값들을 추출 하는 단계|Ca 좌표 영역을 소정의 개수의 부영역으로 분리하여 부영역을 결정하는 단계|상기 단백질의 Ca 분포에 대하여, 전영역 행렬을 산출하는 단계| 및상기 소정의 개수의 부영역에 대하여, Ca 분포에 대하여, 부영역 행렬을 각각 산출하는 단계|상기 단백질의 전영역 구조 특징을 이용하여 단백질 데이터 베이스에 저장된 다른 단백질들의 구조 특징을 비교하고, 구조가 유사한 소정의 개수의 단백질들을 선발하는 단계|상기 단백질의 부영역 구조특징을 이용하여 전 단계에서 선발된 소정의 개수의 다른 단백질들의 구조 특징을 비교하고, 구조가 유사한 소정의 개수의 단백질들을 선발하는 단계| 및상기 선발된 단백질들의 기능들로부터 대상 단백질의 기능을 예측하는 단계를 포함하는 단백질 기능 예측 방법.
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