서울 종로구 내자동 세양빌딩 (김.장법률사무소);
서울 종로구 신문로*가 ***번지 흥국생명빌딩*층(김.장법률사무소)
심사청구여부
있음 (2007-01-18)
심사진행상태
등록결정(일반)
법적상태
소멸
초록▼
본 발명은 턴을 재현함으로써 단백질의 입체 구조를 예측하는 것이다. 아미노산 서열 판독부 (110)은 1차 서열인 아미노산 서열을 판독하고, 2차 구조 예측부 (130)은 그의 2차 구조를 예측한다. 입체 구조 예측부 (200)에서, 턴 형성부 산출 수단 (210)은 예측된 2차 구조 정보를 기초로 하여 턴을 형성하는 아미노산 수를 산출한다. 턴 정보 DB (230)에는, 2차 구조 및 아미노산 수에 상응하게 얻어진 존재 확률이 높은 턴의 구조에 관한 정보가 등록되어 있다. 턴 예측 수단 (220)으로서는 2차 구조 및 산출
본 발명은 턴을 재현함으로써 단백질의 입체 구조를 예측하는 것이다. 아미노산 서열 판독부 (110)은 1차 서열인 아미노산 서열을 판독하고, 2차 구조 예측부 (130)은 그의 2차 구조를 예측한다. 입체 구조 예측부 (200)에서, 턴 형성부 산출 수단 (210)은 예측된 2차 구조 정보를 기초로 하여 턴을 형성하는 아미노산 수를 산출한다. 턴 정보 DB (230)에는, 2차 구조 및 아미노산 수에 상응하게 얻어진 존재 확률이 높은 턴의 구조에 관한 정보가 등록되어 있다. 턴 예측 수단 (220)으로서는 2차 구조 및 산출된 아미노산 수에 대해서 존재 확률이 높은 턴의 구조에 관한 정보를 검색하고, 이 정보를 기초로 하여 턴을 재현한다. 입체 구조 재현 수단 (240)은 재현된 턴을 사용하여 단백질의 입체 구조를 재현한다.
대표청구항▼
단백질을 구성하는 아미노산 서열을 기초로 하여 상기 단백질의 입체 구조를 예측하는 단백질 입체 구조 예측 장치에 있어서, 판독된 단백질 1차 서열인 아미노산 서열 및 상기 아미노산 서열로부터 얻어진 국소적인 2차 구조 정보를 기초로 하여 턴 (turn)을 형성하는 상기 아미노산 수를 산출하는 턴 형성부 산출 수단, 입체 구조가 이미 알려져 있는 단백질에 대한 입체 구조 정보로부터 상기 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 상기 아미노산 수에 따를 때 존재할 확률이 높은 턴에 관한 턴 구조 정보를 추출하여 취득하고, 상기 턴 구조 정
단백질을 구성하는 아미노산 서열을 기초로 하여 상기 단백질의 입체 구조를 예측하는 단백질 입체 구조 예측 장치에 있어서, 판독된 단백질 1차 서열인 아미노산 서열 및 상기 아미노산 서열로부터 얻어진 국소적인 2차 구조 정보를 기초로 하여 턴 (turn)을 형성하는 상기 아미노산 수를 산출하는 턴 형성부 산출 수단, 입체 구조가 이미 알려져 있는 단백질에 대한 입체 구조 정보로부터 상기 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 상기 아미노산 수에 따를 때 존재할 확률이 높은 턴에 관한 턴 구조 정보를 추출하여 취득하고, 상기 턴 구조 정보를 기초로 하여 턴 부분을 재현하는 턴 예측 수단 및재현된 턴 부분을 이용함으로써 상기 단백질의 입체 구조를 재현한 재현 정보를 생성하는 입체 구조 재현 수단 을 포함하는 것을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치.제1항에 있어서, 상기 턴 예측 수단이 상기 입체 구조 정보로부터 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 아미노산 수에 따라 미리 추출해 둔 턴 구조 정보를 상기 2차 구조 및 상기 턴을 형성하는 아미노산 수와 관련하여 기억하는 턴 정보 기억 수단 및 취득된 2차 구조 및 턴을 형성하는 아미노산 수에 대해서 상기 턴 정보 기억 수단을 검색함으로써 그에 상응하는 턴 구조 정보를 취득하는 검색 수단 을 포함하는 것을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치. 제2항에 있어서, 상기 턴 정보 기억 수단에는 턴에 존재하는 2차 구조 및 턴을 형성하는 아미노산 수에 상응하여 존재 확률이 높은, 펩티드 면이 이루는 2 면각이 상기 입체 구조 정보로부터 미리 추출되어 기억되어 있고; 상기 검색 수단은 취득된 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 아미노산 수에 상응하는 2 면각에 대해서 상기 턴 정보 기억 수단을 검색하고 해당하는 2 면각을 할당하는 2 면각 할당 수단을 포함하는 것을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치.제3항에 있어서, 상기 턴 정보 기억 수단에는 β-스트랜드와 β-스트랜드 사이에 존재하는 턴에서 상기 턴을 형성하는 각 아미노산 사이에 소정의 각도의 턴이 형성됨으로써 β-스트랜드의 180° 턴이 형성되는 경우에서 상기 턴에 존재할 확률이 높은 2 면각이 턴을 형성하는 아미노산 수에 상응하게 기억되어 있음을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치.제3항에 있어서, 상기 턴 정보 기억 수단에는 β-스트랜드와 β-스트랜드 사이에 존재하는 턴에서 상기 턴을 구성하는 첫번째 아미노산과 마지막 아미노산에 의해서 β-스트랜드의 180° 턴이 형성되며 상기 첫번째 아미노산과 마지막 아미노산을 제외한 나머지 아미노산들은 직쇄형으로 연결된 구조를 갖는 경우에서 상기 턴에 존재할 확률이 높은 2 면각이 턴을 형성하는 아미노산 수에 상응하게 기억되어 있음을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치.제1항에 있어서, 상기 턴 예측 수단이 2차 구조 및 필요에 따라서는 턴을 형성하는 아미노산 수에 따라 턴의 방향을 규정하는 턴 방향 산출 수단을 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치. 제6항에 있어서, 상기 턴 방향 산출 수단이 β-스트랜드와 β-스트랜드 사이에 존재하는 턴에서 상기 턴에 이르기까지의 턴 앞쪽 β-스트랜드가 홀수 또는 짝수인지에 따라 턴의 방향을 규정하는 것임을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치.제6항에 있어서, 상기 턴 방향 산출 수단이 α-나선과 α-나선 사이에 존재하는 턴의 경우에서 상기 턴을 형성하는 아미노산 수가 홀수 또는 짝수인지에 따라 턴의 방향을 규정하는 것임을 특징으로 하는, 단백질 입체 구조 예측 장치. 단백질을 구성하는 아미노산 서열을 기초로 하여 상기 단백질의 입체 구조를 예측하는 단백질의 입체 구조 예측 방법에 있어서, 입체 구조가 이미 알려져 있는 단백질에 대한 입체 구조 정보로부터 2차 구조 정보 및 상기 턴을 형성하는 상기 아미노산 수에 상응하여 존재 확률이 높은 턴에 관한 턴 구조 정보를 추출함으로써 이에 관한 정보를 미리 취득하여 소정의 기억 수단에 저장해 두는 단계,입체 구조를 예측할 단백질의 1차 서열인 아미노산 서열 및 상기 아미노산 서열로부터 얻어진 국소적인 2차 구조 정보를 취득하는 단계, 취득된 2차 구조 정보를 기초로 하여 턴을 형성하는 아미노산 수를 산출하는 단계, 취득된 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 아미노산 수에 대해서 상기 소정의 기억 수단의 턴 구조 정보를 검색함으로써 그에 상응하는 턴 구조 정보를 추출하는 단계 및추출된 턴 구조 정보를 기초로 하여 재현된 턴 부분을 이용함으로써 상기 단백질의 입체 구조를 재현한 재현 정보를 생성하는 단계 를 포함하는 것을 특징으로 하는, 단백질의 입체 구조 예측 방법. 제9항에 있어서, 상기 턴 구조 정보를 추출하는 단계가 구조 예측을 수행할 단백질의 턴 부분을 상기 취득된 2차 구조 정보를 기초로 검색하여, 해당 턴이 검출된 경우에는 그에 상응하는 턴 구조 정보를 추출하는 것임을 특징으로 하는, 단백질의 입체 구조 예측 방법.제9항에 있어서, 상기 턴 구조 정보를 추출하는 단계가 구조 예측을 수행할 단백질을 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 아미노산 수에 따라 추출해 둔 턴 구조 정보가 적용되는 턴 부분에 대해서 상기 취득된 2차 구조 정보를 기초로 하여 검색하는 것임을 특징으로 하는, 단백질의 입체 구조 예측 방법. 단백질을 구성하는 아미노산 서열을 기초로 하여 상기 단백질의 입체 구조를 예측하기 위한 컴퓨터용 프로그램으로서, 컴퓨터가 판독된 단백질 1차 서열인 아미노산 서열 및 상기 아미노산 서열로부터 얻어진 국소적인 2차 구조 정보를 기초로 하여 턴을 형성하는 아미노산 수를 산출하는 턴 형성부 산출 수단의 기능,입체 구조가 이미 알려져 있는 단백질에 대한 입체 구조 정보로부터 상기 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 상기 아미노산 수에 따를 때 존재할 확률이 높은 턴에 관한 턴 구조 정보를 추출하여 취득하고, 상기 턴 구조 정보를 기초로 하여 턴 부분을 재현하는 턴 예측 수단의 기능 및재현된 턴 부분을 이용함으로써 상기 단백질의 입체 구조를 재현한 재현 정보를 생성하는 입체 구조 재현 수단의 기능 을 갖도록 하는 것을 특징으로 하는 프로그램. 단백질을 구성하는 아미노산 서열을 기초로 하여 상기 단백질의 입체 구조를 예측하기 위한 컴퓨터용 프로그램을 기록한 컴퓨터-판독가능한 기록 매체로서, 상기 프로그램이 컴퓨터가 판독된 단백질 1차 서열인 아미노산 서열 및 상기 아미노산 서열로부터 얻어진 국소적인 2차 구조 정보를 기초로 하여 턴을 형성하는 아미노산 수를 산출하는 턴 형성부 산출 수단의 기능, 입체 구조가 이미 알려져 있는 단백질에 대한 입체 구조 정보로부터 상기 2차 구조 정보 및 턴을 형성하는 상기 아미노산 수에 따를 때 존재할 확률이 높은 턴에 관한 턴 구조 정보를 추출하여 취득하고, 상기 턴 구조 정보를 기초로 하여 턴 부분을 재현하는 턴 예측 수단의 기능 및재현된 턴 부분을 이용함으로써 상기 단백질의 입체 구조를 재현한 재현 정보를 생성하는 입체 구조 재현 수단의 기능 을 갖도록 하는 것을 특징으로 하는, 컴퓨터-판독가능한 기록 매체. <
연구과제 타임라인
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이 특허를 인용한 특허 (1)
[한국]
적응적인 가중치 보팅 알고리즘을 적용한 단백질 이차구조 예측 방법 |
김재훈,
이수진,
이원태,
김민준,
박상민,
이성준,
이민지
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