초록 ▼

본 발명은 무세포 DNA에서 순환 종양 DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)를 검출하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 의한 순환 종양 DNA 검출 방법은 차세대 염기서열 분석기법(Next Generation Sequencing, NGS)을 이용하여 순환 종양 DNA 검출의 정확도를 높일 뿐만 아니라 검출하기 어려웠던 매우 낮은 농도의 순환 종양 DNA에 대한 검출 정확도를 높여서 상업적 활용도를 높일 수 있다. 따라서 본 발명의 방법은 순환 종양 DNA의 존재 여부를 조기에 판단할 수 있어, 암의 발병 여부

본 발명은 무세포 DNA에서 순환 종양 DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)를 검출하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 의한 순환 종양 DNA 검출 방법은 차세대 염기서열 분석기법(Next Generation Sequencing, NGS)을 이용하여 순환 종양 DNA 검출의 정확도를 높일 뿐만 아니라 검출하기 어려웠던 매우 낮은 농도의 순환 종양 DNA에 대한 검출 정확도를 높여서 상업적 활용도를 높일 수 있다. 따라서 본 발명의 방법은 순환 종양 DNA의 존재 여부를 조기에 판단할 수 있어, 암의 발병 여부, 발병 위험성 또는 예후 판단에 유용하다.

대표청구항 ▼

다음의 단계를 포함하는 생체시료 내 순환 종양 DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)의 검출 방법:a) 생체시료에서 분리된 무세포 DNA 의 서열정보를 획득하는 단계; b) 상기 서열정보(reads)를 참조집단의 표준 염색체 서열 데이터베이스(reference genome database)에 정렬(alignment)하는 단계; c) 상기 정렬된 서열정보(reads)에 대하여 퀄리티를 확인하여, 기준값(cut-off value) 이상인 서열정보만 선별하는 단계;d) 상기 표준 염색체를 일정 구간(bin)으로 나누

다음의 단계를 포함하는 생체시료 내 순환 종양 DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)의 검출 방법:a) 생체시료에서 분리된 무세포 DNA 의 서열정보를 획득하는 단계; b) 상기 서열정보(reads)를 참조집단의 표준 염색체 서열 데이터베이스(reference genome database)에 정렬(alignment)하는 단계; c) 상기 정렬된 서열정보(reads)에 대하여 퀄리티를 확인하여, 기준값(cut-off value) 이상인 서열정보만 선별하는 단계;d) 상기 표준 염색체를 일정 구간(bin)으로 나누고, 상기 선별된 서열정보(reads)에 대하여, 각 구간의 양을 확인하고 정규화하는 단계;e) 참조집단의 정규화된 각 구간(bin)에 매치되는 리드의 평균과 표준편차를 구한 다음, 상기 d) 단계에서 정규화한 값 사이의 Z 점수를 계산하는 단계; f) 상기 Z 점수(Z score)를 이용하여 염색체를 구분하여, I 점수를 계산하는 단계; 및g) 상기 I 점수(I score)가 기준값(cut-off value) 이상일 경우, 상기 생체시료 내에 순환 종양 DNA가 존재하는 것으로 판정하는 단계.여기서, 상기 f) 단계는 하기의 방법으로 수행하는 것을 특징으로 함:(f-i) 각 구간별 Z 점수를 기반으로 CBS(Circular Binary Segmentation) 방법으로 염색체 영역을 구분하는 단계;(f-ii) 상기 구분된 구역의 Z 점수의 평균 절대값이 기준값 이상인 지역의 염색체길이(size)를 구하는 단계; 및(f-iii) 하기 수식 2로 I 점수를 계산하는 단계수식 2: .