[한국특허]
끌개별 네트워크 축소에 기반한 생물학적 네트워크 제어 방법 및 이를 위한 장치 A method for controlling biological networks based on attractor-specific network reduction and a device for the same
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컴퓨팅장치가, 준비된 제1네트워크를 변환하여 제2네트워크를 생성하고, 상기 생성된 제2네트워크를 변환하여 제3네트워크를 생성하는 네트워크축소단계, 및 상기 컴퓨팅장치가, 상기 제1네트워크의 상태들 중 원하는 끌개에서 상기 제3네트워크의 FVS에 포함된 특정 노드에 대응하는 특정 생체분자의 활성도가 기준값보다 높아야 하는지 또는 낮아야 하는지에 대한 결정값을 결정하는 단계를 포함하며, 상기 제2네트워크는 상기 제1네트워크와 등가의 네트워크이고, 상기 제2네트워크의 상태를 나타내는 상태변수인 한 세트의 제2상태변수들의 값은 주어진 특정
컴퓨팅장치가, 준비된 제1네트워크를 변환하여 제2네트워크를 생성하고, 상기 생성된 제2네트워크를 변환하여 제3네트워크를 생성하는 네트워크축소단계, 및 상기 컴퓨팅장치가, 상기 제1네트워크의 상태들 중 원하는 끌개에서 상기 제3네트워크의 FVS에 포함된 특정 노드에 대응하는 특정 생체분자의 활성도가 기준값보다 높아야 하는지 또는 낮아야 하는지에 대한 결정값을 결정하는 단계를 포함하며, 상기 제2네트워크는 상기 제1네트워크와 등가의 네트워크이고, 상기 제2네트워크의 상태를 나타내는 상태변수인 한 세트의 제2상태변수들의 값은 주어진 특정 끌개에서 모두 1(일)로 표현되며, 그리고 상기 제2네트워크의 상태를 나타내는 제2상태방정식은 SOP 표준형으로 표현되며, 그리고 상기 제3네트워크의 임의의 상태변수식은, 상기 임의의 상태변수식에 대응하는 상기 제2네트워크의 상태변수식을 구성하는 항들로부터 부정연산자가 붙은 상태변수를 포함하는 항이 제거된 것을 특징으로 하는, 생체분자 제어정보 생성방법을 공개한다.
대표청구항▼
생체분자 제어정보를 생성하는 생체분자 제어정보 생성방법으로서,컴퓨팅장치가, 준비된 제1네트워크를 변환하여 제2네트워크를 생성하고, 상기 생성된 제2네트워크를 변환하여 제3네트워크를 생성하는 네트워크축소단계; 및상기 컴퓨팅장치가, 상기 제3네트워크의 FVS(feedback vertex set)를 찾는 단계; 및상기 컴퓨팅장치가, 상기 제1네트워크의 상태를 상기 제1네트워크의 원하는 끌개로 고정하기 위하여, 상기 제1네트워크의 노드들 중 제어해야 하는 노드인 제어노드를 선택하고, 그리고 상기 선택된 제어노드가 가져야 하는 상태값을 선택
생체분자 제어정보를 생성하는 생체분자 제어정보 생성방법으로서,컴퓨팅장치가, 준비된 제1네트워크를 변환하여 제2네트워크를 생성하고, 상기 생성된 제2네트워크를 변환하여 제3네트워크를 생성하는 네트워크축소단계; 및상기 컴퓨팅장치가, 상기 제3네트워크의 FVS(feedback vertex set)를 찾는 단계; 및상기 컴퓨팅장치가, 상기 제1네트워크의 상태를 상기 제1네트워크의 원하는 끌개로 고정하기 위하여, 상기 제1네트워크의 노드들 중 제어해야 하는 노드인 제어노드를 선택하고, 그리고 상기 선택된 제어노드가 가져야 하는 상태값을 선택하는 제어정보 생성단계;를 포함하며,상기 선택된 제어노드는 상기 FVS에 포함된 노드이고, 상기 선택된 제어노드가 가져야 하는 상태값은 상기 원하는 끌개에서 상기 제어노드가 갖는 값이며,상기 제2네트워크의 형태는 상기 제1네트워크의 형태와 동일하며,상기 제3네트워크의 상태를 나타내는 제3상태방정식에 속한 상태변수식들 중 임의의 상태변수식은, 상기 임의의 상태변수식에 대응하는 상기 제2네트워크의 상태변수식을 구성하는 항들로부터 부정연산자가 붙은 상태변수를 포함하는 항이 제거된 것이며,상기 제1네트워크의 상태를 나타내는 상태방정식인 제1상태방정식은 한 세트의 제1상태변수들을 이용하여 정의되고, 상기 제2네트워크의 상태를 나타내는 상태방정식인 제2상태방정식은 한 세트의 제2상태변수들을 이용하여 정의되며,상기 제2네트워크를 생성하는 과정은,상기 한 세트의 제1상태변수들 중 상기 원하는 끌개에서 '0'의 값을 갖는 제1세트의 제1상태변수들을 결정하는 단계,상기 제2상태방정식을 상기 제1상태방정식과 동일한 형식을 갖도록 정의하는 단계,상기 정의된 제2상태방정식에서 상기 한 세트의 제2상태변수들 중 상기 제1세트의 제1상태변수들에 대응하는 제1세트의 제2상태변수들을 부정연산형으로 변환함으로써, 상기 정의된 제2상태방정식으로부터 변환된 제2상태방정식을 생성하는 단계, 및상기 변환된 제2상태방정식에 포함된 상태변수식들 중 부정연산자가 붙은 상태변수를 포함하는 상태변수식에 대해서, 논리합 연산자 및 논리곱 연산자를 각각 논리곱 연산자 및 논리합 연산자로 변환하고, 각각의 상태변수에 다시 한 번 부정연산자를 붙임으로써 상기 제2상태방정식을 완성하여 상기 제2네트워크를 생성하는 단계,를 포함하며,상기 제1네트워크, 상기 제2네트워크, 및 상기 제3네트워크는 모두, 노드들 및 상기 노드들 간을 연결하는 링크들로 구성되는 불리언(Boolean) 네트워크이고, 상기 제1네트워크는 생체분자 신호전달 네트워크이며, 상기 제1네트워크의 상태는 상기 제1네트워크가 나타내는 생체분자의 상태를 나타내고, 그리고 상기 제1네트워크의 원하는 끌개는 상기 제1네트워크가 나타내는 생체분자의 원하는 표현형을 나타내며,상기 제1네트워크, 상기 제2네트워크, 및 상기 제3네트워크 중 임의의 네트워크의 상태는 상기 임의의 네트워크를 구성하는 노드들의 값들의 조합에 의해 구분되며,상기 생체분자 제어정보는 상기 선택된 제어노드가 가져야 하는 상태값을 포함하는,생체분자 제어정보 생성방법.
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