초록 ▼

두 bent DNA site를 함유한 한 DNA fragment의 전체적인bending 정도가 두 bend center간의 helical phasing에 의존하는 사실을 이용하여 삼중가닥DNA의 나선주기성을 측정하였다. 한 DNA 조각에 있는 두개의 bend center가 나선주기성의 정수배에 해당하는 nucleotide 수 만큼 떨어져 있다면, 두 bend center가 반정수배 만큼 떨어져 있으면 bend가 서로 상쇄되어 DNA 조각은 정상에 가깝게 이동한다.삼중가닥 DNA의 나선주기성을 측정하기 위하여, 삼중

두 bent DNA site를 함유한 한 DNA fragment의 전체적인bending 정도가 두 bend center간의 helical phasing에 의존하는 사실을 이용하여 삼중가닥DNA의 나선주기성을 측정하였다. 한 DNA 조각에 있는 두개의 bend center가 나선주기성의 정수배에 해당하는 nucleotide 수 만큼 떨어져 있다면, 두 bend center가 반정수배 만큼 떨어져 있으면 bend가 서로 상쇄되어 DNA 조각은 정상에 가깝게 이동한다.삼중가닥 DNA의 나선주기성을 측정하기 위하여, 삼중가닥 DNA를 형성할 수 있는18bp의 (또는 28 bp의) GA-alternating sequence를 가진 homopurine·homopyrimidinetract를 6개의 (dA)6·(dT)6가 반복되어 있는 두 bent DNA segment 사이에 삽입하였다.그리고, 두 bent DNA segment 사이의 길이를 1 bp씩 변화시켜서 전체적으로 한 나선주기만큼 변화하도록 하였다. 이 두 series의 bent DNA fragment들의 겔상에서의 이동도를비교한 결과, GA-alternating sequence를 가지는 이중가닥 DNA의 나선주기는 10.4 bp/turn이었다.이 두 series의 bent DNA fragment들이 함유한 homopurine. homopyrimidine tract에삼중가닥 DNA를 형성시킨 후, polyacrlamide겔에서 전기영동시켜 이동도를 측정하였다.세번째 가닥을 homopyrimidine DNA로 사용한 GA-alternating sequence의 삼중가닥 DNA를 형성시킨 후, polyacrlamide 겔에서 전기영동시켜 이동도를 측정하였다. 세번째 가닥을homopyrimidine DNA로 사용한 GA-alternating sequence의 삼중가닥 DNA의 나선주기는11.2 bp/turn이었으며, 세번째 가닥이 homopurine DNA인 삼중가닥 DNA도 동일한 나선주기성을 가졌다. 또한, 세번째 가닥을 RNA로 사용한 삼중가닥 DNA의 나선주기는 11.1bp/turn으로서, 모든가닥이 DNA인 경우에 비해서 좀 더 감겨져 있었다.본 연구에서 결정한 삼중가닥 DNA의 나선주기성은 삼중가닥형성의 응용에 중요한 정보가 될 것이며, 특히 promoter의 기능조절에 필요할 것이다. 전사개시에는 여러 전사인자가 근접한 DNA 염기서열에 결합하는데, 이 염기서열간의 helical phasing은 전사인자간의상호작용에 지대한 영향을 주게 된다.

Abstract ▼

Based on the fact that the overall extent of bending of a DNAfragment containing two bent sites is dependent on the helical phasing between the twobent sites, the helical periodicity of triplex DNA was determined. The overall extent ofDNA bending varies from a minimum value when the two bends are

Based on the fact that the overall extent of bending of a DNAfragment containing two bent sites is dependent on the helical phasing between the twobent sites, the helical periodicity of triplex DNA was determined. The overall extent ofDNA bending varies from a minimum value when the two bends are perfectly in phaseto a maximum when the bends are 180° out of phase.Homopurine·homopyrimidine tracts(18 or 28 bp) containing predominantlyGA-alternating sequences were inserted between two bent DNA loci composed of six(dA)6·(dT)6 repeats. For each homopurine tract, the DNA length between the bentDNA loci was varied by 1 base pair over a full helical turn. The two series of bentDNA fragments were electrophoresed in 5％ polyacrylamide gel to measure the gelmobilities, which reflected the overall extent of DNA bending of each DNA fragment.By comparing the gel mobilities between the two series of bent DNA fragments, thehelical periodicity of the GA-alternating duplex was determined to be 10.4 bp/turn.The two weries of bent DNA fragments were also electrophoresed upon formationof the intermolecular triplex at the homopurine·homopyrimidine tracts. Comparision ofthe gel mobilities between the two series of DNA fragments showed that the helicalperiodicity of triplexed DNA of GA-alternating sequence was 11.2 bp/turn. TriplexedDNA with homopurine and homopyrimidine oligodeoxyribonucleotides had the samehelical periodicity, while hybrid triplex DNA associated with homopyrimidineoligoribonucleotide had a slightly more wound structure with 11.1 bp/turn.The helical periodicity determined here for triple helices will be valuable in theapplication of triplex formation, especially in promoter modulation. Since there areseveral DNA sequences acting in transcription, the helical phasing between thesesequences with bound proteins are important in the control of transcription initiation.

목차 Contents

• 1. 본문 (논문 별쇄본)...7
• 2. 연구수행관련 논문발표 목록서...12
• 3. 자체평가서...14