초록 ▼

가. 게놈 프로젝트 전용 Web 서버의 운영 해외 게놈 프로젝트 서버와 bioinformatics 서버에 대한 정보와 연결 자료, 개발 중인 게놈정보 종합처리 시스템의 현황에 대한 자료, 국내 게놈 프로젝트 소식 등을 게놈 연구자에게 제공하기 위해, 전년도 과제에서 구축한 GINet Web 서버를 운영하면서 그 기능과 정보를 확장하였다. 현재 Web 서버로 생명공학연구소의 워크스테이션 'grcsys1'과 주전산기인 'geri4680'을 병행하여 운영하고 있다. 나. 한국 게놈 프로젝트 데이터베이스 기본 구성 한국 게놈 프로젝트의

가. 게놈 프로젝트 전용 Web 서버의 운영 해외 게놈 프로젝트 서버와 bioinformatics 서버에 대한 정보와 연결 자료, 개발 중인 게놈정보 종합처리 시스템의 현황에 대한 자료, 국내 게놈 프로젝트 소식 등을 게놈 연구자에게 제공하기 위해, 전년도 과제에서 구축한 GINet Web 서버를 운영하면서 그 기능과 정보를 확장하였다. 현재 Web 서버로 생명공학연구소의 워크스테이션 'grcsys1'과 주전산기인 'geri4680'을 병행하여 운영하고 있다. 나. 한국 게놈 프로젝트 데이터베이스 기본 구성 한국 게놈 프로젝트의 결과를 집적하기 위한 DNA 데이터베이스로 KGDB(Korean Genome DataBase)를 구성하였다. 최종적인 형태는 GenBank와 동일한 데이터를 보유할 수 있도록 하였으며, 추후의 계속적인 개발 및 확장 과정을 고려하여 DBMS를 활용하도록 하였다.다. 분석 tool의 개발과 설치 게놈 분석을 위한 분석 시스템으로 활용할 서버의 요건인 많은 량의 계산을 수행할 수 있는 계산 용량과 방대한 데이터 저장할 수 있는 디스크를 갖춘 기종으로 생명공학연구소의 주전산기인 'geri4680'을 사용하여 기존에 설치된 데이터베이스와 분석 tool을 운영하면서, 새로운 분석 tool을 설치하고 있다. 또한 일부 tool은 자체 개발하였다.라. Contig Assembly 프로그램 분석과 개발 연구 게놈 프로젝트의 수행의 전 단계에서 사용되는 contig map 구성을 위한 알고리즘들을 분석하여 국내 게놈 프로젝트의 여건에 맞게 사용될 수 있도록 시스템을 설계하여 이를 구현하고 있다.마. ORF 예측 프로그램의 분석과 개발 연구 결정된 DNA 서열 중 단백질 발현 부위를 결정하기 위한, ORF(Open Reading Frame) 예측 프로그램을 개발하기 위해 기존의 여러 알고리즘들을 분석하였다. 이 중 인체 DNA에 대한 ORF 예측 효율이 높은 알고리즘들을 집중 분석하여 국내 여건에 맞는 프로그램을 개발하고 있다. 추후에 완성될 이 프로그램은 수차의 테스트 과정을 거쳐 국내 ORF 예측 전용 서버에서 운용될 예정이다. 또한 상동성 분석을 비롯한 여러 분석 프로그램 및 데이터베이스와도 연계하여 분석 효율을 향상시키기 위해 활용될 것이다.바. 다중 서열 정렬을 위한 알고리즘의 개발 DNA와 단백질 서열을 다중 정렬(multialignment)을 위한 알고리즘을 개발하고 이의 구현을 진행하고 있다. 개발된 알고리즘은 특히 국부적인 부분 상동성(regional homology)을 민감하게 찾아서 이를 중심으로 각 서열들의 연결 부분을 결정하기 때문에 비교되는 순서에 따라 전체적인 정렬 형태가 결정되는 기존의 정렬 알고리즘들과는 전혀 다른 접근 방식을 채택하고 있다.사. 게놈정보 분석 워크샵 2차년도까지 설치되어 운영되고 있는 GINet 상의 분석시스템과 정보 분석 방법 전반에 대한 사용법과 게놈 프로젝트 수행자들의 요구도 분석을 위해 7월말에 제 2차 유전정보처리 워크샵을 개최하였다. 이번 워크샵은 Web을 활용하여 전자회의(electronic conference)형식으로 진행되어, 이틀간 구분된 주제별로 참가자들이 GINet Web 서버에 질문을 보내고 각 주제별 담당자가 이를 답변하며, 이러한 과정이 전산망 상에 즉시 반영되어 질문자를 비롯한 참가자들이 on-line으로 참가하는 형식으로 진행되었다.

Abstract ▼

· Management of a genome project Web server · Construction of basic database system for Korean genome project · Installation and development of genome analysis programs and utilities · Analysis and development of contig assembly program · Analysis and development of ORF prediction program · Developm

· Management of a genome project Web server · Construction of basic database system for Korean genome project · Installation and development of genome analysis programs and utilities · Analysis and development of contig assembly program · Analysis and development of ORF prediction program · Development of a multialignment algorithm · Workshop for genome analysis

목차 Contents

• 제 1 장 서 론...13
• 제 1 절 게놈 데이타베이스...13
• 제 2 절 게놈분석 프로그램...14
• 제 3 절 사용자 인터페이스...15
• 제 4 절 게놈분석 종합시스템...16
• 제 2 장 게놈 데이타베이스...18
• 제 1 절 게놈 관련 데이타베이스...18
• 제 2 절 KGDB의 구축...20
• 제 3 장 게놈분석 알고리즘 연구...25
• 제 1 절 게놈 관련 분석 프로그램...25
• 제 2 절 Contig Assembly 알고리즘...28
• 제 3 절 ORF 예측 알고리즘...34
• 제 4 절 Multialignment 알고리즘...46
• 제 5 절 패턴 검색 알고리즘의 개선...48
• 제 6 절 sequence visualization...54
• 제 4 장 GINet Web 서버의 운영...57
• 제 1 절 게놈분석용 계산 Web 서버...58
• 제 2 절 GINet Web 서버...64
• 제 3 절 연구지 정보 교환...70
• 제 5 장 게놈분석 워크샵...81
• 제 6 장 결론...89
• 참고문헌...90