초록 ▼

전산학 분야의 여러 가지 S/W 개발 방법론 중에서 생물정보 분야에 적절한 방법을 탐색하였으며, 그 결과 8년 정도 전부터 주목을 받기 시작한 Agile development method를 선택하였고 이에 대한 연구를 하였다. 생물정보학과 같이 연구 위주의 개발에 적합한 방법으로 이를 국내 연구자에게 도입, 보급하기 위하여 연구 및 Workshop을 통한 교육을 하였음.
GUI를 통한 통합 환경에 대하여 연구하였으며, 이를 이용하여 Gene Ontology, network 분석, cluster 환경에서의 대량 계산용 pilot

전산학 분야의 여러 가지 S/W 개발 방법론 중에서 생물정보 분야에 적절한 방법을 탐색하였으며, 그 결과 8년 정도 전부터 주목을 받기 시작한 Agile development method를 선택하였고 이에 대한 연구를 하였다. 생물정보학과 같이 연구 위주의 개발에 적합한 방법으로 이를 국내 연구자에게 도입, 보급하기 위하여 연구 및 Workshop을 통한 교육을 하였음.
GUI를 통한 통합 환경에 대하여 연구하였으며, 이를 이용하여 Gene Ontology, network 분석, cluster 환경에서의 대량 계산용 pilot program 등을 개발을 하였음.
S/W 개발 방법론 수립 및 보급: 생물정보 S/W 개발에 적합한 방법론 수립 및 Workshop 5회 실시 100명 참가
통합 활용 방안 연구 및 보급: Rich client platform을 이용한 개발 연구
대량 계산을 위한 Web services를 통한 cluster 이용 방법 연구
GUI 기반의 통합 사용자 활용 환경 연구: Netbeans, Cytoscape 등을 이용한 pilot plugin application 개발
S/W test 및 보급용 환경 개발 및 운영: server의 도입 및 database, web server, 등의 기본 필요 S/W 설치, wiki 등을 이용한 정보의 공유 및 보급

Abstract ▼

Bioinformatics soft development is exploratory and iterative in nature. Software development in bioinformatics related field usually consists of fairly small people who usually have biological background. They usually do not have enough training for effective software development methodology. The so

Bioinformatics soft development is exploratory and iterative in nature. Software development in bioinformatics related field usually consists of fairly small people who usually have biological background. They usually do not have enough training for effective software development methodology. The software developed by them usually has many problems, such as bugs, lack of maintainability, unable to opt new operating environment, hard to incorporate new requirements. To improve this situation, we studied software development methodology suitable for bioinformatics field.
We find "Agile development method" were a match for the needs of bioinformatics projects. Agile is an iterative approach to software development that relies on strong collaboration and automation to keep pace with dynamic environments. A set of core practices for agile development method, such as test driven development, automated testing, refactoring and continuous integration will results in greater development discipline and quality than is typical for bioinformatics field.
Current large scale biology research covers various fields such as genomics, proteomics, expression, literature, structure. To derive useful biological knowledge, various kinds of analysis tools and databases should be used. Bioinformatics softwares developed by each individual research group are not interoperable.
The Rich client platform(RCP), which gains popularity in IT field, provides one way of integrating various kinds of biological analysis tools. The RCP provides various kind of infra structure which is useful for application development. The use of RCP demands separations of business logic and user interface and user interactions which result in better application software. We developed pilot applications using the Netbeans RCP. The skill required to utilize the RCP is manageable. The resulting code automatically has various kind of professional look usability.
We concluded that the use of the RCP will result in more effective software development in incorporating various kind of bioinformatics related analysis tools.

목차 Contents

• 표지 ...1
• 제출문 ...2
• 보고서 초록 ...3
• 요약문 ...4
• SUMMARY ...7
• CONTENTS ...8
• 목차 ...9
• 제 1 장 연구개발과제의 개요...10
• 1 절. 연구개발의 목적...10
• 2 절. 연구개발의 필요성...10
• 3 절. 연구 개발의 범위...11
• 제 2 장 국내외 기술개발 현황...14
• 제 3 장 연구개발수행 내용 및 결과...15
• 1 절. 개발 방법론 수립...15
• 2 절. 개발 방법론 보급...24
• 3 절. 개발자용 정보 보급...27
• 4 절. 개발 S/W의 test 및 보급을 위한 server 운영...31
• 5 절. 요구사항 관리 방안 수립 및 보급...32
• 6 절. S/W 개발 표준 환경 선정 및 보급...32
• 7 절. GUI 응용 program 통합 platform...34
• 8 절. GSnet : Gene set network viewer...38
• 9 절. GoBean : Netbeans RCP 기반의 Gene Ontology navigation tool...44
• 10 절. Web Services를 이용한 BLAST NetBeans Rich-Client Application...52
• 제 4 장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도...67
• (1) 연구개발의 최종목표 ...67
• (2) 연차별 연구개발 목표 및 내용 ...67
• (3) 계획대비 달성도 ...67
• (4) 위 연구목표(총연구기간)에서 중요도 순으로 5-6개 목표 추출 및 가중치 부여 ...68
• 제 5 장 연구개발결과의 활용계획...70
• 제 6 장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보...71
• 제 7 장 참고문헌...72