초록 ▼

신뢰성 있는 위암 마커유전자 발굴을 위해 약 6백만개의 EST와 2만 3천여개의 유전자를 사용하였으며 normalization을 통해 redundancy를 제거하였음. 차별성 있는 레트로엘리먼트 fusion alternative splicing transcript를 분석할 수 있는 암 특이유전자 분석 DB를 제작함. 그리고 DB를 분석함으로써 위암 특이적인 발현을 보이는 유전자의 전사체 28개를 최종 선정하였음, 또한 alternative splicing뿐만 아니라 carcinogenesis과정에서 흔히 발생하는 translocat

신뢰성 있는 위암 마커유전자 발굴을 위해 약 6백만개의 EST와 2만 3천여개의 유전자를 사용하였으며 normalization을 통해 redundancy를 제거하였음. 차별성 있는 레트로엘리먼트 fusion alternative splicing transcript를 분석할 수 있는 암 특이유전자 분석 DB를 제작함. 그리고 DB를 분석함으로써 위암 특이적인 발현을 보이는 유전자의 전사체 28개를 최종 선정하였음, 또한 alternative splicing뿐만 아니라 carcinogenesis과정에서 흔히 발생하는 translocation되어서 hybrid를 형성하여 위암 특이적으로 발현되는 유전자를 분석하여 28개의 유전자 셋트를 동정했음. 위암 특이적인 유전자인 GSDML의 alternative promoter를 분석하기 위해서 deletion mutant를 제작하여 negative element가 binding 하는 영역과 positive element가 binding하는 영역을 동정하였음. 또한 이 프로모터의 evolutionary mechanism을 동정하였음. HERV 마커를 이용해 정량적 RT PCR분석을 통해 위암환자의 샘플에서 비교분석하였음

Abstract ▼

1. Research purpose and necessity
: By the development of molecular biology and world-wide network, numerous transcript data set have been deposited in Genbank database. So, we are going to develop new database for the analysis of stomach cancer (one of the 5 high causing rate of cancers in Korea

1. Research purpose and necessity
: By the development of molecular biology and world-wide network, numerous transcript data set have been deposited in Genbank database. So, we are going to develop new database for the analysis of stomach cancer (one of the 5 high causing rate of cancers in Korea) specific transcripts. And, we want to confirm the in silico analysis by molecular biology technique. According to the westernization of diet habit in Korea. the causing rate of stomach cancer is growing rapidly. As a result, we need to investigate the stomach cancer related genes.
2. Research contents and range
a. Stomach cancer specific expression gene identification and expression mechanism analysis with HESAS system
- identification of stomach cancer specific transcript with HESAS system
- expression pattern and molecular mechanism of transcript regulation analysis using stomach cancer specific genes
- The quantitative Real-time RT-PCR analysis using korean stomach cancer patients' normal tissue and cancerous tissue.
b. carcinogenesis mechanism analysis of Human Endogenous Retrovirus in stomach cancer patients' tissue sample.
- expression and transcriptional regulation mechanisms analysis of cancer specific HERV.
- The quantitative Real-time RT-PCR analysis using korean stomach cancer patients' normal tissue and cancerous tissue.
- functional and etiological analysis of HERV element in cancer cell line and primary cultured cell from cancer tissue.
c. Advanced system development of HESAS
- alternative splicing causing transcript analysis tool development
- hybrid transcript analysis tool development.
3. Results
a. Identification of stomach cancer specific gene and expression mechanism analysis with HESAS system
b. Cancer specific transcript analysis tool development and specific transcript identification
c. hybrid transcript analysis tool Development and specific transcript identification
d. Line fusion transcript analysis tool development (development of LINE FUSION GENES)
e. EST data set based cancer specific transcript analysis tool development
f. Quantitative realtime RT-PCR analysis with HERV marker
g. Identification of alternative promoter of stomach cancer specific gene (GSDML gene)
h. Identification of molecular mechanism of LTR12 promoter of GSDML gene
i. Identification and expression analysis of various alternative transcript of GSDML gene
j. Promoter assay of alternative promoter of GSDML gene
k. Identification of negative and positive factor through the production of deletion mutants
4. Extending results
a. Retroelement marker based cancer diagnostic system construction
b. Retroelement fusion alternative transcript identification
c. New hybrid transcript identification
d. Understanding of new mechanism of stomach cancer development by analysis of the relationship between stomach cancer and retroelements expression
e. Identification of diverse cancer specific transcript through the development of LINE FUSION GENES and discovery of new target gene of Korean specific cancers.
f. New disease mechanism analysis system development using bioinformatic tools

목차 Contents

• 표지...1
• 2. 제출문...2
• 3. 보고서 요약서...3
• 4. 요약문(한글)...4
• 5. 요약문(영문)...6
• 6. 연구 성과 실적 및 향후 계획 ...8
• 7. 참여연구원 현황표...28
• II. 총괄연구과제 연구결과...29
• 1. 연구개발과제의 배경 및 필요성...30
• (1) 위암 관련 국내외 연구 현황...30
• (2) 기존의 위암/간암 연구와의 차별성...30
• (3) 국내연구의 필요성 및 중요성...31
• (4) 연구목표의 타당성...32
• (5) 선행 연구 업적 (2004년)...32
• 2. 국내외 기술개발 현황...32
• 3. 연구개발과제의 추진체계...33
• 4. 연구 개발 수행 내용 및 결과...34
• 1. 생물정보학적 분석...34
• 2. 위암 특이적인 유전자의 RT-PCR (다양한 휴먼 조직샘플과 암 세포주를 이용한 발현 패턴 분석)...37
• 3. GSOML 유전자...40
• 4. HERV element와 위암 특이적인 유전자를 이용한 realtime-RT PCR분석법 (정량적)...43
• 5. 목표달성도 및 관련분야 기여도...46
• 5.1. 총괄연구개발과제의 목표달성도...46
• 5.2. 관련분야 기여도...47
• 6. 향후 연구성과 추진 계획...47
• 7. 연구개발결과의 파급효과...47
• 7.1. 기술적 파급효과...47
• 7.2. 경제.산업적 파급효과...48
• 7.3. 사회적 파급효과...48
• 8. 연구개발결과의 활용계획...48
• 8.1. 연구개발결과의 활용계획 및 추가연구의 필요성...48
• 8.2. 사업화(기업화) 목표 달성도 및 계획...49
• 8.3. 사업화 수준(계획 및 완료 포함)...49
• 9. 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보...49
• 10. 참고문헌...49
• IV. 첨부서류...50
• 1. 자체평가의견서...51
• 2. 연구성과 실적 증빙서류...55
• 3. 기타 요청서류...55