초록 ▼

○ 대사경로 (Pathway Networks)를 컴퓨터 이론의 그래프 형태로 모델링하는 연구
○ 그래프 정보를 객체 데이터베이스에 효율적으로 저장하고 관리하는 방안 연구
○ 데이터베이스 구축 과정에서의 대사경로 및 대사물의 적합성과 타당성을 확인하는 체제 연구
○ 특정 기능 및 분야별로 나뉘어 구축되고 있는 Pathway Databases의 분석과 통합
○ Gene Ontology 및 Agent 기술을 도입하여 지능형 검색 시스템 개발
○ Pathway Data를 그래프로 모델링하고, 그래프 정보를 객체

○ 대사경로 (Pathway Networks)를 컴퓨터 이론의 그래프 형태로 모델링하는 연구
○ 그래프 정보를 객체 데이터베이스에 효율적으로 저장하고 관리하는 방안 연구
○ 데이터베이스 구축 과정에서의 대사경로 및 대사물의 적합성과 타당성을 확인하는 체제 연구
○ 특정 기능 및 분야별로 나뉘어 구축되고 있는 Pathway Databases의 분석과 통합
○ Gene Ontology 및 Agent 기술을 도입하여 지능형 검색 시스템 개발
○ Pathway Data를 그래프로 모델링하고, 그래프 정보를 객체 데이터베이스에 효율적으로 저장하고 관리하는 기법 개발
○ 그래프 이론을 대사경로 분석에 적용하여 관련된 문제를 해결하는 기법 개발
○ 주어진 서열정보로부터 Pathway Databases와 Assembly를 활용하여 대응하는 Pathway Diagram을 예측하고 시각화 시스템 개발
○ 확립된 대사경로 및 대사물 네트워크의 생물？？화학적 타당성의 검사 기법 개발
○ 대사 경로의 타당성 검토에 따른 대사물의 예측 및 대사경로 확인, 화학적 타당성에 근거한 경로 및 대사물의 예측 시스템 개발
○ 대사경로 (Pathway Networks)를 컴퓨터 이론의 그래프 형태로 모델링 기법 개발
○ SBML 문서를 효율적으로 저장/통합/검색할 수 있는 시스템 개발
○ 사용자로 하여금 개발된 시스템의 효율적 사용을 위한 그래픽 인터페이스 개발
○ 데이터베이스 구축 과정에서의 대사경로 및 대사물의 적합성과 타당성을 확인하는 체제 개발
3년간의 연구를 통하여 대사경로 데이터베이스를 효율적으로 구축할 수 있는 Web Robot, SMS, Mediator 등을 개발하였으며, 구축된 데이터베이스를 이용한 대사경로를 예측할 수 있는 재구축 시스템과 사용자의 사용 편의성을 높이기 위한 그래픽 사용자 인터페이스를 개발하였다. 또한, Text Mining 기술 및 그리드 컴퓨티 기법을 이용하여 시스템의 성능과 정확도를 높였다.
개발된 대사 경로 예측 시스템을 웹 기반의 환경을 통하여 사용자가 손쉽게 접근하여 이용할 수 있도록 개발 운영되고 있다. 본 연구를 통해 3년간 7명의 석사를 배출하였으며 7편의 국내외 저널과 27편의 국내외 학술논문 발표 실적을 달성하였다. 또한 특허 1건, 프로그램 6건, 사업화 추진 1건 등 연구결과의 실용화도 함께 추진하여 좋은 성과를 거두었다.
본 연구의 결과는 앞으로도 논문이나 특허 등으로 준비하여 발표할 예정이다.

Abstract ▼

○ Modeling of the graph for the metabolic pathways and development of a system which stores the graph information in a database
○ Development of a graph analysis algorithm for the pathway information
○ Validation of the metabolic pathway database in the bio-chemical aspect
○ Modeling the gr

○ Modeling of the graph for the metabolic pathways and development of a system which stores the graph information in a database
○ Development of a graph analysis algorithm for the pathway information
○ Validation of the metabolic pathway database in the bio-chemical aspect
○ Modeling the graph for the metabolic pathways and development of a system which stores the graph information to databases
○ Development of a graph analysis algorithm for the pathway information
○ Validation of the metabolic pathway database in the bio-chemical aspect
○ Integrated information retrieval technique and its application tools for various public pathway databases
○ Application of gene ontology and agent technologies for developing intelligent pathway database retrieval systems
○ Modeling of pathway data into graphs and construction of object database schema for the pathway graph data
○ Application of graph theory and computer algorithms into the analysis of metabolic pathways (shortest path, connected subgraph, graph search, graph comparison)
○ Estimation of pathway diagrams from given genome sequences and assembly and the dynamic visualization of the pathway diagrams
○ Application of the pathway reconstruction system to Spingomonas chungbukensis DJ77 for understanding and controling its pathways
○ Evaluation of the estimated pathway networks
We developed several applications to construct an integrated metabolic pathway databases efficiently (Web Robot, SMS, Mediator, etc) and developed a metabolic pathway reconstruction system using the constructed databases. We also provide the graphical user interface to the users. The metabolic pathway reconstruction system will support metabolic pathway estimation for newly generated genome sequence even in FASTA format sequence.
We improved the system performance and accuracy using grid computing and text mining technique, respectively. All of the developed systems are used on the web environment. Through the project, 7 masters are graduated, 7 journal papers and 27 conference papers have been published with one patent and registered 7 computer programs.

목차 Contents

• Ⅰ. 연구계획 요약문...3
• 1. 국문요약문...3
• Ⅱ. 연구결과 요약문...4
• 1. 국문요약문...4
• 2. 영문요약문...5
• Ⅲ. 연구내용...6
• 1. 서론...6
• 2. 연구방법 및 이론...10
• 3. 결과 및 고찰...27
• 4. 결론...78
• 5. 인용문헌...80
• 6. 연구성과...86