초록 ▼

KOTIS (Korea Toxicogenomics Integrated System) 통합 독성 유전체 데이터베이스를 1차년도 구축 완료 후 2차년도에는 통합 데이터베이스에 업로드 된 마이크로어레이 데이터를 이용하여 통계적/수학적인 분석을 수행할 수 있는 통합 자료 분석 소프트웨어를 개발하였음.
* 1차년도: 독성유전체 전문 데이터베이스 및 마이크로어레이 데이터 업로드 시스템 구축
$\cdot$ MIAME/TOX를 기반으로 하여 다양한 형태의 독성관련 Microarray들의 데이터를 입력, 저장, 관리할

KOTIS (Korea Toxicogenomics Integrated System) 통합 독성 유전체 데이터베이스를 1차년도 구축 완료 후 2차년도에는 통합 데이터베이스에 업로드 된 마이크로어레이 데이터를 이용하여 통계적/수학적인 분석을 수행할 수 있는 통합 자료 분석 소프트웨어를 개발하였음.
* 1차년도: 독성유전체 전문 데이터베이스 및 마이크로어레이 데이터 업로드 시스템 구축
$\cdot$ MIAME/TOX를 기반으로 하여 다양한 형태의 독성관련 Microarray들의 데이터를 입력, 저장, 관리할 수 있는 표준화된 통합 데이터베이스 개발
$\cdot$ 공개용 외부 데이터베이스를 이용한 주석정보의 통합관리 및 독성/생물학 정보의 자동 추출 모듈 개발
$\cdot$ 다양한 형태의 마이크로어레이 데이터 업로드를 위한 전처리/정규화/유의 유전자 분석 모듈 개발
$\cdot$ Metabolomics, Proteomics 데이터 업로드 모듈 개발
$\cdot$ 데이터베이스에 업로드 후 관리하고 있는 데이터 검색 및 다운로드 모듈 개발
$\cdot$ 데이터 전처리 후 마이크로어레이 데이터의 정확도 측정을 위한 품질관리 및 가시화 모듈 개발
$\cdot$ 데이터 보안을 위한 사용자 관리 체계 구축
$\cdot$ 데이터베이스 사용 시스템 매뉴얼 제공
* 2차년도: 구축된 통합 독성 유전체 데이터베이스 데이터를 이용한 전문 통계분석 시스템개발
$\cdot$ 분석 시스템을 포함한 통합형 데이터베이스 구축
$\cdot$ 공개용 실험 결과 데이터의 일반 사용자 제공을 위한 웹기반의 검색 및 다운로드 기능을 가진 DB의 개발
$\cdot$ 기관별/연구실별 데이터의 보안 기능 개발
$\cdot$ 통합데이터베이스 및 통계분석시스템 매뉴얼 제공
$\cdot$ KOTIS 데이터베이스에서 다운로드 받은 마이크로어레이 데이터를 분석한 결과 추출된 유의유전자의 주석정보를 실시간으로 제공해주는 주석정보 데이터베이스 (Annotation Database) 개발 및 설치
$\cdot$ 마이크로어레이 데이터베이스에서 다운받은 데이터를 128 비트 암호화 처리하는 인코딩 및 분석 소프트에 입력시 디코딩 하는 모듈 개발
$\cdot$ 분석 모듈로는 크게 데이터 전처리(Preprocessing), 유의유전자 분석(DEG Finding), 군집 분석 (Clustering), 판별분석(Classification)의 4가지 모듈을 개발하였으며 각 모듈에는 최소 3가지 이상의 분석 알고리듬을 탑재
$\cdot$ 특히 3 class 이상의 데이터의 경우 pairwise class 간의 multiple comparison 을 수행할 수 있는 분석 모듈 5가지와 2-way ANOVA를 수행할 수 있는 분석 모듈을 추가로 개발
$\cdot$ 또한, 연구자들이 가장 많이 이용하는 분석 프로세스 (데이터 입력, 전처리 및 유의유전자 분석)를 연속적인 인터페이스에서 쉽게 수행할 수 있는 실행 마법사를 개발
$\cdot$ 통합 독성 유전체 데이터베이스의 특성상 서로 상이한 플랫폼 형식으로 생성된 마이크로어레이 데이터를 함께 분석할 수 있는 메타 분석(Meta Analysis) 모듈을 추가로 개발

Abstract ▼

We have developed an Korea Toxicogenomics Integrated System (KOTIS) database and an advanced microarray analysis software program (ArrayCue) for DNA chip data.
* 1st year: Development of an toxicogenomics integrated database and data uploading system (KOTIS database)
$\cdot$ An inte

We have developed an Korea Toxicogenomics Integrated System (KOTIS) database and an advanced microarray analysis software program (ArrayCue) for DNA chip data.
* 1st year: Development of an toxicogenomics integrated database and data uploading system (KOTIS database)
$\cdot$ An integrated database that can upload, save and manage many kinds of toxicogenimc-related microarray data based on MIAME/TOX.
$\cdot$ Integrated management system about annotation information and automatic extraction module for toxicogenomic/biological information using public databases
$\cdot$ Pre-analysis module for data preprocessing/normalization/DEG finding for uploading various types of microarray data
$\cdot$ Uploading module for metabolomics and proteomics data
$\cdot$ Data search and downloading module
$\cdot$ Visualization and quality inspection module for microarray data
$\cdot$ User management system for data security and system manual
* 2nd year: Development of an advance microarray analysis software program (ArrayCue)
$\cdot$ Database that provides functions of searching and downloading of microarray data for public usage including advance microarray analysis software
$\cdot$ More advanced data security system according to institutions/laboratories
$\cdot$ Provided user manuals for database usage and software usage
$\cdot$ Realtime annotation database integrated to the KOTIS database for the DEGs analyzed using ArrayCue software.
$\cdot$ Encoding and decoding modules to encode and decode the data downloaded from the KOTIS database
$\cdot$ Four major analysis modules like preprocessing, dog finding, clustering and classification
$\cdot$ Five multiple comparison test modules for multi-class data and two-way ANOVA module for the data having two different factors.
$\cdot$ Run wizard for easy and convenient usage of the analysis process.
$\cdot$ Meta analysis module that can analyze data having different microarray platforms.

목차 Contents

• I. 연구개발결과 요약문 ...5
• 최종보고서 요약문 ...5
• Summary ...7
• II. 총괄연구개발과제 연구결과 ...9
• 제 1 장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 목표 ...10
• 제 2 장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 내용 및 방법 ...17
• 제 3 장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 결과 ...39
• 제 4 장 총괄연구개발과제의 연구결과 고찰 및 결론 ...41
• 제 5 장 총괄연구개발과제의 연구성과 ...43
• 제 6 장 기타 주요변경사항 ...45
• 제 7 장 참고문헌 ...45
• 제 8 장 첨부서류 ...45