보고서 정보
주관연구기관 |
(주)에스엔피제네틱스 |
연구책임자 |
신형두
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보고서유형 | 최종보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 |
한국어
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발행년월 | 2010-11 |
과제시작연도 |
2010 |
주관부처 |
식품의약품안전청 |
과제관리전문기관 |
식품의약품안전평가원 National Institute of Food and Drug Safety Evaluation |
등록번호 |
TRKO201100007792 |
과제고유번호 |
1475005750 |
DB 구축일자 |
2013-04-18
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키워드 |
약물유전체,유전자다형성,변이일배체형,한국인Pharmacogenetics,Polymorphism,Haplotype,Korean
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초록
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한국인 약물유전형 분포도 작성을 위해 약물유전체 유전자 20종 (ABCG2, CYP1A1, CYP2A6, CYP2B6, CYP3A4, DPYD, GSTP1, GSTT1, NAT1, SLC15A2, SLC22A1, SLC22A2, SLC22A6, SLCO1B1, SLCO1B3, SLCO2B1, SULT1A1, TPMT, UGT2B17, UGT2B7)의 약물유전형 분석을 수행하였다. 약물대사와 관련된 것으로 보고된 94개의 유전자 다형성 (core variants)과 International HapMap Database에 등록된 255
한국인 약물유전형 분포도 작성을 위해 약물유전체 유전자 20종 (ABCG2, CYP1A1, CYP2A6, CYP2B6, CYP3A4, DPYD, GSTP1, GSTT1, NAT1, SLC15A2, SLC22A1, SLC22A2, SLC22A6, SLCO1B1, SLCO1B3, SLCO2B1, SULT1A1, TPMT, UGT2B17, UGT2B7)의 약물유전형 분석을 수행하였다. 약물대사와 관련된 것으로 보고된 94개의 유전자 다형성 (core variants)과 International HapMap Database에 등록된 255개의 단염기다형성 등 총 349개의 유전자 다형성을 한국인 250명, 중국인 50명, 일본인 50명, 아프리카인 50명, 백인 50명 등 총 450명에서 Illumina Golden Gate Assay 방법으로 genotyping을 실시하였다. Genotype 결과를 기초로 각 인종별로 minor allele frequency (MAF), haplotype, linkage disequilibrium (LD), principal component analysis (PCA) 등의 분석을 수행하고 유전자 map을 작성하였다. 총 349개의 variants 중 48개는 450명 전체에서 minor allele이 관찰되지 않았으며, MAF 0.05 이상의 빈도를 가진 variants는 260개 (74.5%)가 관찰되었다. 약물대사와 관련된 core variants 94개 중에는 33개가 monomorphic이었으며, MAF 0.05 이상의 빈도를 가진 core variants는 31개 (33.0%)가 관찰되었다. 한국인 250명에서는 core variants 94개 중 51개가 monomorphic이었으며 MAF 0.05 이상은 26개 (27.7%) 였다. LD, haplotype 및 PCA 분석결과 한국인은 중국인, 일본인과 매우 유사하였으며, 백인, 아프리카인종과는 큰 차이를 보여 인종 간에 약물유전형 분포가 서로 다름을 알 수 있었다. UGT2B17과 GSTT1은 gene copy number variation이 존재함을 확인하였다. UGT2B17은 한국인, 중국인, 일본인의 68.3%에서 homozygous deletion, 28.0%에서 1 copy deletion, 3.7%에서 2 copy가 관찰되었으나 아프리카인과 백인에서는 2 copy가 각각 48.0%와 34.0%가 관찰되었다. GSTT1 유전자에서도 동양인은 50.9%에서 homozygous deletion이 발견되었으나 아프리카인과 백인에서는 각각 18.0%에서만 homozygous deletion이 관찰되어 UGT2B17과 GSTT1유전자는 동양인에서 유전자 소실이 많은 것을 확인할 수 있었다. 본 연구과제에서 밝혀진 한국인 특이의 약물유전체 분포는 향후 가교시험 평가지원에 활용될 것이며 맞춤약물 치료기술의 기반기술로 이용될 것이다.
Abstract
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In this study, we performed the analysis of Korean pharmacogenetic distribution in twenty pharmacogenes (ABCG2, CYP1A1, CYP2A6, CYP2B6, CYP3A4, DPYD, GSTP1, GSTT1, NAT1, SLC15A2, SLC22A1, SLC22A2, SLC22A6, SLCO1B1, SLCO1B3, SLCO2B1, SULT1A1, TPMT, UGT2B17, UGT2B7). We genotyped 349 sequence variants
In this study, we performed the analysis of Korean pharmacogenetic distribution in twenty pharmacogenes (ABCG2, CYP1A1, CYP2A6, CYP2B6, CYP3A4, DPYD, GSTP1, GSTT1, NAT1, SLC15A2, SLC22A1, SLC22A2, SLC22A6, SLCO1B1, SLCO1B3, SLCO2B1, SULT1A1, TPMT, UGT2B17, UGT2B7). We genotyped 349 sequence variants (94 pharmacogenetic core variants and 255 HapMap SNPs) among five ethnic groups (450 individuals: 250 Korean, 50 Chinese, 50 Japanese, 50 African and 50 caucasian individuals) using Illumina Golden Gate Assay. Based on the genotype data, we calcualted minor allele frequency (MAF), haplotype, linkage disequilibrium (LD), principal component analysis (PCA) and made genetic maps for each gene. Among 349 sequence variants, 48 variants was monomorphic, and 260 variants (74.5%) showed MAF over 0.05 in all populations. Among the 94 core variants which have been reported to be associated with drug metabolism, 33 variants were monomorphic, and 31 (33.0%) variants showed MAF over 0.05 in all populations. In Korean, 51 core variants were monomorphic, and 26 (27.7%) variants were highly polymorphic (MAF> 0.05). In further LD, haplotype and PCA analyses, we found that the pharmacogenetic distribution of Korean was very similar to Chinese and Japanese, and was distinctly different from African and Caucasian. In addition, we discovered the gene copy number variations in UGT2B17 and GSTT1 genes. In Asian, UGT2B17 copy numbers were 2 copies in 3.7% individuals, 1 copy in 28.0%, and homozygous deletion in 68.3%. In contrast, 2 copies of UGT2B17 were observed in 48.0% and 34.0% of African and Caucasian, respectively. GSTT1 also showed homozygous deletion in 50.9% of Asian which was more frequent than African and Caucasian (18.0%). In conclusion, we defined the differences of pharmacogenetic distribution among ethnic groups. The data of Korean pharmacogenetic distribution will be used for the bridging study and personalized medicine.
목차 Contents
- 표지...1
- 용역연구개발과제 최종보고서...2
- 연구과제제안서(RFP)...3
- 제출문...5
- 목차...6
- I. 총괄연구개발과제 요약문...7
- 국문요약문...7
- 영문요약문...9
- II. 총괄연구개발과제 연구결과...11
- 제1장 총괄연구개발과제의 목적 및 필요성...11
- 제2장 총괄연구개발과제의 내용 및 방법...19
- 제3장 총괄연구개발과제의 최종결과 및 고찰...29
- 제4장 총괄연구개발과제의 연구성과...102
- 제5장 총괄주요연구 변경사항...104
- 제6장 총괄참고문헌...104
- 제7장 총괄첨부서류...104
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