초록 ▼

수술후 예후가 좋은 대장암 환자와 나쁜 환자 그룹으로부터 얻은 암조직을 ICAT, DIGE로 분석하여 예후 인자 발굴하고 후보 9종에 대해 IHC 수행하여 verification하였다. mTRAQ를 이용한 신규 상대정량법을 개발하는데 성공하였다. standard protein을 이용하여 mTRAQ가 정량하는데 유용성함을 입증하였고, 질량분석 데이터를 분석하기 위한 알고리즘도 개발하였다. 대장암의 진단마커를 발굴하기 위해 대장암 MSS type 조직시료를 mTRAQ과 ICAT로 분석하여 총3500여개의 단백질을 정량하였다. 두 방법

수술후 예후가 좋은 대장암 환자와 나쁜 환자 그룹으로부터 얻은 암조직을 ICAT, DIGE로 분석하여 예후 인자 발굴하고 후보 9종에 대해 IHC 수행하여 verification하였다. mTRAQ를 이용한 신규 상대정량법을 개발하는데 성공하였다. standard protein을 이용하여 mTRAQ가 정량하는데 유용성함을 입증하였고, 질량분석 데이터를 분석하기 위한 알고리즘도 개발하였다. 대장암의 진단마커를 발굴하기 위해 대장암 MSS type 조직시료를 mTRAQ과 ICAT로 분석하여 총3500여개의 단백질을 정량하였다. 두 방법 모두에서 분석되고 암조직에서 3배이상 증가하는 단백질 중에서 대장암 세포주의 secretome에서도 발견되는 것 30종을 선택하여 western blot으로 혈액에서 테스트한 결과 11 개가 유의미한 변화를 보였으며 120여개의 혈액시료에서 verification 한 결과 피불린4, 멜라노트랜스패린 이 민감도와 특이도에서 높게 나타났다. 유방암 혈액시료를 cICAT로 바로 분석하여 biotinadase라는 단백질을 찾았으며, 42개의 혈액시료에서 western blot으로 biotinidase가 유방암에서 유의미하게 감소함을 확인하였다. 신규 mTRAQ기반 정량법으로 유방암 혈액시료를 분석하고 면역학적 방법으로 혈액에서 확인한 결과 thrombospondin 1이 유방암환자의 혈액에서 유의미하게 증가함을 발견하였다.

Abstract ▼

Our aim in this project is to develop cancer biomarkers that can be used for diagnosis and monitoring of breast cancer and colon cancer and then to put the discovered biomarker candidates into large scale validation for clinical trials. In the meanwhile, new technology of quantitative proteomics wil

Our aim in this project is to develop cancer biomarkers that can be used for diagnosis and monitoring of breast cancer and colon cancer and then to put the discovered biomarker candidates into large scale validation for clinical trials. In the meanwhile, new technology of quantitative proteomics will be developed for efficient and deep-down discovery of biomarkers and exploited in the discovery of cancer biomarkers.
● De novo discovery of novel biomarker candidates for screening such cancers as breast and colorectal cancers or classifying drug responses of patients to a certain chemotherapy.
● Autoantibodies are good candidates of cancer biomarkers. A method to identify a cognate antigen for an autoantibody has been newly developed.
● Tissue microarray and comparative proteome profiling were used to detect differently expressed proteins. In addition to the tissue samples, biomarker candidates were tested for their existence in sera, if required.
● mTRAQ-based quantitation of proteome has been introduced to mass spectrometry. The quantitation is performed at the MS1-level
● MRM (Multiple Reaction Monitoring) for quantitation of target proteins is an alternative to immunological methods and is currently applied to measurement of biomarker candidates.

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 요 약 문 ... 4
• SUMMARY ... 6
• CONTENTS ... 9
• 목차 ... 11
• 제 1장 연구개발 과제의 개요 ... 13
• 제 1절 연구개발의 목적 및 개념 ... 13
• 제 2절 연구개발의 과학기술적 중요성 ... 13
• 제 3절 연구개발의 사회경제적 필요성 ... 14
• 제 2장 국내외 기술개발 현황 ... 17
• 제 1절 국내외 산업 현황 ... 17
• 제 2절 학계 및 산업계의 종양 바이오마커 발굴 현황 ... 18
• 제 3장 연구개발 수행 내용 및 결과 ... 21
• 제 1절 1단계 연구결과 ... 21
• 1. 제목 및 연구목적 ... 21
• 2. 연구결과 ... 21
• 제 2절 2단계 연구결과 ... 22
• 1. 제목 및 연구목적 ... 22
• 2. 연구결과 ... 22
• 제 3절 신규 정량법 개발 (mTRAQ) ... 23
• 1. mTRAQ을 이용한 Proteome 정량법 개발 ... 23
• 2. 3-plex mTRAQ 정량법 개발 ... 33
• 제 4절 대장암 진단마커 발굴 ... 36
• 제 5절 대장암 예후마커 발굴 ... 42
• 제 6절 대장암 전이인자 발굴 ... 48
• 제 7절 유방암 진단마커 발굴 ... 50
• 1. 유방암 바이오마커 Biotinidase ... 50
• 2. 신규 mTRAQ 정량법을 이용한 유방암 혈액 분석 ... 54
• 3. 유방암 자가항체 마커 ... 60
• 제 8절 유방암 항암제 내성마커 발굴 ... 63
• 제 9절 유방암 세포주에서 인산화 단백체 분석 ... 68
• 제 4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 82
• 제 1절 결과 요약 ... 82
• 제 2절 연구목표 달성도 ... 83
• 제 5장 연구개발결과의 활용계획 ... 85
• 제 1절 연구개발결과의 활용방안 ... 85
• 제 2절 기대효과 ... 85
• 제 6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 86
• 제 1절 프로테오믹스 분석 기술 발달 ... 86
• 제 2절 MRM을 이용한 다중 단백체 정량 분석 흐름 ... 86
• 제 3절 프로테오지노믹스를 통한 바이오마커 개발 전략 ... 86
• 제 7장 연구시설 • 장비 현황 ... 88
• 제 8장 참고문헌 ... 89