초록 ▼

◆ 연구목표
<최종목표>
위암 환자의 sample에서 NGS를 이용하여 얻어진 data로부터, 새로운 유전자 변형 등을 발굴하여 위암의 진단 및 치료에 획기적인 기여를 할 수 있는 원천 지식을 제공하고 본격적인 암유전체 연구를 위한 정보 분석 기반 확보
<당해연도목표>
- 위암 환자의 NGS 데이터로부터 특이적 유전자 변형 및 유전체의 특성 규명
- Small subset group에 대한 암 유전체 발현 및 후성유전체 분석, NGS와의 연관성 규명
- 분석 결과에 대한 논문 등 정보 공개
◆

◆ 연구목표
<최종목표>
위암 환자의 sample에서 NGS를 이용하여 얻어진 data로부터, 새로운 유전자 변형 등을 발굴하여 위암의 진단 및 치료에 획기적인 기여를 할 수 있는 원천 지식을 제공하고 본격적인 암유전체 연구를 위한 정보 분석 기반 확보
<당해연도목표>
- 위암 환자의 NGS 데이터로부터 특이적 유전자 변형 및 유전체의 특성 규명
- Small subset group에 대한 암 유전체 발현 및 후성유전체 분석, NGS와의 연관성 규명
- 분석 결과에 대한 논문 등 정보 공개
◆ 연구내용 및 방법
- Base calling, Data QC 후 SNP를 포함한 coding region에서의 sequence variant analysis(Mutation, CNV 등)
- Cancer 및 normal tissue에서의 결과를 생명정보학 기술을 통하여 비교 분석하여 위암 특이적 유전자 변형 및 유전체의 특성 규명
- Small subset group에서 microarray를 이용한 transcriptom 및 methylom 분석
1) mutation과 유전자 발현과의 상관관계 분석을 통한 functional mutation 확보
2) mutation과 DNA methylation 및 유전자 발현과의 상관관계 분석을 통한 tumor associate gene의 candidate 확보
◆ 연구성과
-정량적 성과
* submitted (IF 30점 이상의 journal에 논문을 제출한 상태임)
-정성적 성과
- NGS를 활용한 암 유전체 분석 체계 구축
- 위암 특이적 변이체 데이터 제공
- 위암 관련 유전자 후보군 도출

Abstract ▼

We report genome-wide mutation profiles and comparison of 14 matched diffuse type and 4 matched intestinal type tumor-blood samples for variation comparison of two cancer types in young female patients (median age 38) using ~32 fold whole genome and an additional ~100 fold exome sequences for
thr

We report genome-wide mutation profiles and comparison of 14 matched diffuse type and 4 matched intestinal type tumor-blood samples for variation comparison of two cancer types in young female patients (median age 38) using ~32 fold whole genome and an additional ~100 fold exome sequences for
three samples. We found 376 and 196 mutated genes in the diffuse and intestinal cancer genome pools, respectively, and just 13 (2.3%) were shared by both types.
PIK3CA, a multi functional oncogene, had mutations only in three diffuse type tumors and MDM2 showed two and three fold gene amplification only in the diffuse type. qRT-PCR confirmed increased expression of MDM2 concordantly.
On the other hand, TP53 and CDH1 tumor suppressors showed aminoacid-changing mutations in both types. Large genomic region amplification was found which contained oncogenes, such as MYC and MET, in both types. We also observed noticeable genomic region deletion that contained tumor suppressors, such as CDH1 and TP53, in both types, but the chromosome 1p-arm region containing RUNX3 and PLA2G2A tumor suppressor genes was extensively deleted only in the diffuse type. Pathway component analysis of the mutated genes revealed type specific features. In KEGG cancer pathways, the diffuse type tumors contained aberrant genes associated with cell proliferation involving PI3 kinase. In terms of characteristics, diffuse type gastric cancer resembled small cell lung cancer. Taken together, our study found gene and mutation candidates and onco-pathway characteristics specifically prevalent in diffuse type gastric cancer, suggesting that two gastric cancer types are distinct and can be described as such by genome sequencing methods.

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 3
• 목차 ... 4
• 요약문 ... 5
• SUMMARY ... 8
• 1. 연구의 최종목표 ... 9
• (1) 최종목표 ... 9
• (2) 당해년도 목표 및 내용 ... 9
• 2. 연구의 내용 및 결과 ... 9
• 1. Data QC and basic curation ... 9
• 3. 연구결과 고찰 및 결론 ... 18
• 1. NGS 연구를 위한 DNA 분리 정제 기술 확보 및 QC 기준 확립 ... 18
• 2. NGS 기술을 이용한 whole genome 분석의 프로세스 확립 (그림 7) ... 19
• 3. 위암, 특히 diffuse type 특이적 유전체 변형 발견 및 신규 유전자 변이 탐색 ... 20
• 4. 연구성과 및 목표달성도 ... 20
• (1) 연구성과 ... 21
• (2) 목표달성도 ... 22
• 5. 연구결과의 활용계획 ... 23
• (1) 연구종료 2년후 예상 연구성과 ... 23
• (2) 연구성과의 활용계획 ... 23
• 6. 참고문헌 ... 23
• 7. 첨부서류 ... 23