보고서 정보
주관연구기관 |
농림수산검역검사본부 |
연구책임자 |
송재영
|
참여연구자 |
최은진
,
이창희
,
김병한
,
한규하
|
보고서유형 | 최종보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 |
한국어
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발행년월 | 2006-12 |
과제시작연도 |
2006 |
주관부처 |
농림부 |
연구관리전문기관 |
국립수의과학검역원 National Veterinary Research and Quarantine Service |
등록번호 |
TRKO201300008664 |
과제고유번호 |
1380000229 |
사업명 |
수의과학검역원 |
DB 구축일자 |
2015-01-08
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키워드 |
돼지콜레라 바이러스.유전자.PMWS.PRRSV.PCV2.PPV.DNA chip.
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초록
▼
□ 국내 돼지콜레라 바이러스 유전자 분석
◦ 2004년 11월 이후 발생한 돼지콜레라 바이러스 7주의 5'NCR region 유전자 분석을 실시한 결과 유전자 2형에 분류됨을 확인함
◦ 2002년 돼지콜레라 분리주 HMS02 strain의 전체유전자 정보를 확보하여 기존의 돼지콜레라 strain의 전체유전자 정보와 비교한 결과 nucleotide와 amino acid 의 identity가 각각 83.9~99.6, 92.1~99.9%인 것으로 분석됨
□ 국내 PMWS 관련 병원체 분리 및 유전자 분석
◦ 소모성질
□ 국내 돼지콜레라 바이러스 유전자 분석
◦ 2004년 11월 이후 발생한 돼지콜레라 바이러스 7주의 5'NCR region 유전자 분석을 실시한 결과 유전자 2형에 분류됨을 확인함
◦ 2002년 돼지콜레라 분리주 HMS02 strain의 전체유전자 정보를 확보하여 기존의 돼지콜레라 strain의 전체유전자 정보와 비교한 결과 nucleotide와 amino acid 의 identity가 각각 83.9~99.6, 92.1~99.9%인 것으로 분석됨
□ 국내 PMWS 관련 병원체 분리 및 유전자 분석
◦ 소모성질환 의심가검물에서 PMWS 관련 바이러스성 원인체를 조사한 결과 다음과 같이 관련 바이러스를 검출함
- PCV2: 1,255건 검사 628건 검출(50%), PRRSV: 1,553건 검사 738건 검출 (46.8%), PPV : 785건 검사 32건 검출(4%)
◦ 일반가검물에서 PMWS관련 바이러스성 원인체를 조사한 결과 다음과 같이 관련 바이러스를 검출함
- PCV2: 2,320건 검사 491건 검출(21.2%), PRRSV: 3,124건 검사 437건 검출(14%), PPV: 1,907건 검사 17건 검출(0.9%)
◦ PMWS관련 바이러스 원인체 양성검출 시료에서 유전자 분석을 실시함
- PCV2(ORF2) 215건, PRRSV(ORF5) 105건, PRRSV(ORF6) 294건, PRRSV(ORF7) 147건, PPV(VP2) 9건, PCV1(ORF2) 6건
◦ PCV2(ORF2)의 유전자 분석에서 PCV1을 outgroup으로 선정한 결과 국내분리주가 2개의 큰 그룹으로 구분되고 2번째 그룹이 다시2a, 2b 소그룹으로 나누어짐을 확인함
◦ PRRSV(ORF5, 6, 7) 유전자 분석에서 Lelystad strain을 outgroup으로 선정한 결과 국내분리주가 4개의 그룹으로 나누어지는 neighbor-joining tree를 확인함
◦ PCV2 8주와 PRRSV 23주의 국내분리주를 분리․확보함
□ 국내 PMWS 및 돼지 콜레라 관련 바이러스 검출용 DNA chip 야외실증시험
◦ 제작한 CSFV 및 BVDV chip에 대하여 표준주, 분리주 및 야외시료 203점에 대하여 평가를 완료함
- 돼지콜레라 RT-PCR 양성 117점에 대한 반응과 돼지콜레라 유전자 1, 2, 3형을 모두 정확히 감별 반응함을 확인함 ◦ 제작한 PMWS chip에 대하여 표준주, 분리주 및 야외시료 131점에 대한 평가를 완료함
- PCV2: RT-PCR 양성 108점과 의양성 11점, 음성 12점에 대하여 양성 및 의양성 119점과 음성 9점을 합하여 총 128점이 칩 양성반응을 나타내었고 PCV1과도 감별됨을 확인함
- PRRSV: PCR 양성 95점과 의양성 9점, 음성 27점에 대하여 양성 및 의양성 104점과 음성 3점을 합하여 총 107점이 칩 양성반응을 나타내었고 유럽형과 미국형 바이러스를 감별 반응함을 확인함
- PPV: PCR 양성 1점과 의양성 2점에 대하여 모두 양성반응이 확인됨
Abstract
▼
Porcine circovirus (PCV) is a small non-enveloped, single-stranded DNA virus (1). Till now, two genotypes of PCV, PCV1 and PCV2, have been recognized. In contrast to non-pathogenic PCV1, PCV2 has been reported to be associated with various swine diseases, especially post-weaning multisystemic wastin
Porcine circovirus (PCV) is a small non-enveloped, single-stranded DNA virus (1). Till now, two genotypes of PCV, PCV1 and PCV2, have been recognized. In contrast to non-pathogenic PCV1, PCV2 has been reported to be associated with various swine diseases, especially post-weaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) which is a new emerging swine disease worldwide since its occurrence in Canada in 1991 (2). It has been known that PCV2 genome has three major open-reading frames (ORF1, ORF2 and ORF3). ORF1 encodes the replication-associated protein (Rep) and ORF2 encodes the major capsid protein (Cap). Within the PCV2 isolates, the extent of nucleotide variation for ORF2 region is greater than for ORF1 region. For this reason, ORF2 region has been frequently used in gene analysis of PCV2 (3). In this study, we tried to analyze the genetic diversity of PCV2 isolated in various regions of Korea during 2005-2006.
Between May 2005 and June 2006, a total of 1,712 specimens were collected from 9 different regions in Korea and tested for PCV2 presence. Among these, 1,017 samples were obtained from individuals suspected to be associated with wasting disease and 695 samples were blind-screened without any clinical information. The presence of PCV2 in each specimen was screened by PCR amplification of ORF2 region. Preparation of PCV2 genomic DNA was carried out using DNeasy minikit (QIAGEN, USA) with slight modification. Primers used in PCR amplification of PC2V ORF2 were as follows: Forward, 5'-catggttacacggatattg-3' Reverse, 5'- cgcaccttcggatatactg-3'. PCR amplification was achieved by 35cycles of for 30 sec, for 30 sec, and for 40 sec. The PCR product was 501bp in length and it represents a part of 702 nt, the full length of PCV2 ORF2 region. Amplified PCR products were directly sequenced using GenomeLabTM DTCS-Quick Start Kit (BECKMAN COULTER, USA) and the collected sequence data were analyzed phylogenetically with neighbor-joining method.
목차 Contents
- 수의과학기술개발연구사업 연구과제 최종보고서 ... 1
- I. 연구배경 및 목표 ... 3
- II. 연구방법 및 수행전략 ... 4
- 1. 세포 및 바이러스: ... 4
- 2. 가검물: ... 4
- 3. RNA 분리 및 RT-PCR: ... 4
- 4. DNA Sequencing: ... 4
- 5. Full-length DNA 분석: ... 5
- III. 연구결과 및 고찰 ... 5
- 1. 돼지콜레라 유전자형별 염기서열 분석 ... 5
- 2. PMWS 관련 바이러스성 원인체 조사 ... 7
- 3. PMWS관련 원인체 바이러스 분리 ... 16
- 4. DNA chip 유효성 평가 ... 16
- IV. 결론 ... 19
- IV. 참고문헌 ... 21
- VI. 연구결과 활용 ... 23
- 1. 특허출원 1건 : ... 23
- 2. 학술논문 투고 1건 : ... 23
- 3. GenBank 등록 105건 : ... 23
- 4. 학술발표 4건 : ... 23
- VII. 영문초록 ... 24
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