초록 ▼

연구목표
□ 차세대 염기서열 분석기기(Next Generation Sequencer, NGS)를 이용한 유전체 분석기술 개량 및 다양한 질병모델 유전체 분석
□ Gene Set Analysis(GSA) 통한 심장 microRNA (miRNA) 기능 예측 및 심근비대 조절 miRNA의 네트워크 특성 규명
□ 심장 온톨로지 개발을 위한 text mining, machine learning 알고리즘 개발 및 웹 어플리케이션 개발
연구내용 및 결과
□ 유전체 분석을 위한 분석 시스템 구축
- 2단

연구목표
□ 차세대 염기서열 분석기기(Next Generation Sequencer, NGS)를 이용한 유전체 분석기술 개량 및 다양한 질병모델 유전체 분석
□ Gene Set Analysis(GSA) 통한 심장 microRNA (miRNA) 기능 예측 및 심근비대 조절 miRNA의 네트워크 특성 규명
□ 심장 온톨로지 개발을 위한 text mining, machine learning 알고리즘 개발 및 웹 어플리케이션 개발
연구내용 및 결과
□ 유전체 분석을 위한 분석 시스템 구축
- 2단계 1차년도에 확보한 NGS 분석 기법 개선하여, 단 한 번의 실험으로 다양한 시료의 분석을 수행 할 수 있는 multi-adapter 기법을 도입.
- 심근비대 모델과 심근비대 Regression 모델을 학보하고 NGS를 이용하여 유전체 분석을 수행.
- 심근비대 Regression 모델에서 나타나는 유전자의 발현 변화 및 isoform 변화를 분석함.
- KEGG pathway database의 정보를 이용하여 심근 비대 Regression 모델에 나타나는 주요 pathway를 통합적으로 분석함.
□ 심근비대 조절 miRNA 네트워크 특성 규명
- in silico에서 GSEA 분석을 통하여 심근비대 신호전달경로에 타겟이 유의하게 Enrich되어 있는 23종의 miRNAs를 예측하였고, 이중에서 지금까지 그 기능이 알려지지 않은 miRNA-185가 심근비대 억제기능이 있음을 실험적으로 규명함.
- Real-Time PCR과 Western blot 실험을 통하여 miR-185가 PKC signaling pathway를 조절하고 심근비대시 발생하는 Endoplasmic Reticulum (ER) Stress를 억제한다는 사실을 규명함.
□ 심장 온톨로지 개발을 위한 machine learning 알고리즘 개발 및 웹어플리케이션 개발
- HT 오믹스 데이터 분석을 위한 심장 코어 온톨로지 개발
- Text-mining, machine learning 알고리즘 개발
- 온톨로지 분석을 위한 웹 어플리케이션 개발

목차 Contents

• 2012년도 시스템생물학인프라구축사업 연구결과 보고서 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 다층적 분석을 위한 시스템생물학 방법론 연구 ... 3
• 1. 요약서 ... 4
• 2. 연구개발실적 ... 5
• 3. 연구목표 달성도 ... 6
• 4. 종합의견 ... 10
• 생체조직 특이유전자 시스템 연구 ... 11
• 1. 요약서 ... 12
• 2. 연구개발실적 ... 13
• 3. 연구목표 달성도 ... 14
• 4. 종합의견 ... 19
• 유비퀴틴 항상성 조절기작에 대한 연구 ... 20
• 1. 요약서 ... 21
• 2. 연구개발실적 ... 22
• 3. 연구목표 달성도 ... 23
• 4. 종합의견 ... 28
• 면역 시스템의 유전자 발현조절 네트워크 분석 ... 29
• 1. 요약서 ... 30
• 2. 연구개발실적 ... 31
• 3. 연구목표 달성도 ... 31
• 4. 종합의견 ... 32
• 심부전 관련 유전자 네트워크 연구 ... 33
• 1. 요약서 ... 34
• 2. 연구개발실적 ... 36
• 3. 연구목표 달성도 ... 37
• 4. 종합의견 ... 38
• 암 및 유전성 질병 관련 유전자의 pre-mRNA splicing 조절 네트워크 시스템 구축 ... 39
• 1. 요약서 ... 40
• 2. 연구개발실적 ... 41
• 3.연구목표달성도 ... 42
• 4. 종합의견 ... 61
• 칼슘 유리 채널 단백질 복합체의 구조정보 통합이미지 개발 ... 62
• 1. 요약서 ... 63
• 2. 연구개발실적 ... 64
• 3. 연구목표 달성도 ... 65
• 4. 종합의견 ... 66
• 심근허혈 및 다른 심장신호 진단 알고리즘에 대한 연구 ... 67
• 1. 요약서 ... 68
• 2. 연구개발실적 ... 69
• 3. 연구목표 달성도 ... 70
• 4. 종합의견 ... 71
• 시스템생물학 연구를 위한 실험 데이터기반 모델링 및 시뮬레이션 플랫폼 기술 개발 ... 72
• 1. 요약서 ... 73
• 2. 연구개발실적 ... 74
• 3. 연구목표 달성도 ... 75
• 4. 종합의견 ... 76
• 토모그래피를 이용한 막단백질 복합체의 구조 · 기능연구 ... 77
• 1. 요약서 ... 78
• 2. 연구개발실적 ... 79
• 3. 연구목표 달성도 ... 79
• 4. 종합의견 ... 84
• 파장 가변 레이저를 이용한 HT 오믹스 정보 추출기술 개발 ... 85
• 1. 요약서 ... 86
• 2. 연구개발실적 ... 87
• 3. 연구목표 달성도 ... 87
• 4. 종합의견 ... 88
• 통합 지식 DB 기반의 암 관련 시스템생물학 연구 ... 89
• 1. 요약서 ... 90
• 2. 연구개발실적 ... 91
• 3. 연구목표 달성도 ... 91
• 4. 종합의견 ... 92
• 비소세포 폐암 관련 multiomic 데이터의 생산, 분석 및 임상적 유의성 파악 ... 93
• 1. 요약서 ... 94
• 2. 연구개발실적 ... 95
• 3. 연구목표 달성도 ... 95
• 4. 종합의견 ... 96
• 프로테오믹스와 생물정보학을 융합한 microRNA의 타겟 유전자 발굴 및 검증 체계 구축 ... 97
• 1. 요약서 ... 98
• 2. 연구개발실적 ... 99
• 3. 연구목표 달성도 ... 99
• 4. 종합의견 ... 100
• Habenula Amine Network 시스템의 오믹스 분석 및 평가 ... 101
• 1. 요약서 ... 102
• 2. 연구개발실적 ... 103
• 3. 연구목표 달성도 ... 104
• 4. 종합의견 ... 105