초록 ▼

◆ 연구결과
⦁ 내부 연구자용 관리 및 분석 시스템 구축
- KAHIS 시스템 구축에서 사용된 상용 생물정보 프레임워크를 활용·증설
- 전용 클라이언트 도입 및 연구·분석 환경 구축
- 동물 인플루엔자 조직, 프로젝트, 사용자별로 접근권한을 개별 지정이 가능하도록 클라이언트 소프트웨어 접근 권한 설정: 프레임워크의 접근제어목록 정의
- 분석자동화를 위한 스크립트의 통합: 프레임워크의 External Application 정의 방식을 활용하여 구현
⦁동물 인플루엔자 통합관리 데이터베이스 및 분석 프로그

◆ 연구결과
⦁ 내부 연구자용 관리 및 분석 시스템 구축
- KAHIS 시스템 구축에서 사용된 상용 생물정보 프레임워크를 활용·증설
- 전용 클라이언트 도입 및 연구·분석 환경 구축
- 동물 인플루엔자 조직, 프로젝트, 사용자별로 접근권한을 개별 지정이 가능하도록 클라이언트 소프트웨어 접근 권한 설정: 프레임워크의 접근제어목록 정의
- 분석자동화를 위한 스크립트의 통합: 프레임워크의 External Application 정의 방식을 활용하여 구현
⦁동물 인플루엔자 통합관리 데이터베이스 및 분석 프로그램 구축
- 연도, 지역, 축종, 혈청형 등 다양한 검색 조건으로 조회 가능한 데이터베이스 개발
· 외부공개 데이터 (NCBI 등): 검색조건 항목의 파서 개발
· 내부 데이터: 검색조건에 따라 데이터 정제 (자동/수작업)
· 통합 검색을 위한 데이터모델링 및 구현
- NCBI용어 관리 프로그램 개발: 정확한 조회가 가능하도록 유의어 관리 프로그램 개발
- 대표주 관리 기능 개발: 데이터베이스 목록에서 다수의 대표주 지정 기능 구현
- 데이터베이스와 연계하여 대표주와 비교할 수 있는 분석 프로그램 개발
- 상동성 분석, 다중서열정열, 계통수 분석, 인플루엔자 전용 유전자 기능해석 (annotation, 유전자 동정, 아미노산 서열 자동전환, 유전자 이어맞춤 등)

Abstract ▼

Influenza viruses constantly change and mutate. These mutations result in viruses that move from animals to humans as the following routes: Antigenic drift refers to changes to the flu virus that happen slowly over time. This causes the changes to the seasonal flu that require us to get vaccinated a

Influenza viruses constantly change and mutate. These mutations result in viruses that move from animals to humans as the following routes: Antigenic drift refers to changes to the flu virus that happen slowly over time. This causes the changes to the seasonal flu that require us to get vaccinated against the flu each year; Antigenic shift results when two different flu strains combine and infect the same cell. This mutation is what allows flu viruses to move from animals to humans.
In this study, we aimed to establish systemic collection and remodeling program for viral sequences from both Korean domestic influenza strain and public domain databases.
Features are suggested which we can retrieve the database with combination of host, region, country, and collection year.
In the first year, internal bioinformatics infra-structure was established to provide comprehensive and interactive client software to users. All data security is implemented by access control scheme managed by bioinformatics framework on KAHIS. As results of second year' s study, Web database system was developed for harmonizing commercial bioinforamtics software with highly comprehensive function. The Web database is synchronized to NCBI Influenza Resources and curated with users dictionary, so called ' Term Manager Program' , to correct errorous terms in NCBI. Implementation meets all government' s rules for information system for regular service on KAHIS.

목차 Contents

• 용역연구사업 연구결과보고서 ... 1
• 표지 ... 2
• 제출문 ... 4
• 목차 ... 5
• 연구결과보고서 요약문 ... 6
• Summary ... 7
• 제1장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 목표 ... 8
• 1.1 총괄연구개발과제의 목표 ... 8
• 1.2 총괄연구개발과제의 목표달성도 ... 9
• 1.3 국내 • 외 기술개발 현황 ... 10
• 제2장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 내용 및 방법 ... 13
• 가. 동물인플루엔자 데이터 구축 ... 13
• 나. 동물인플루엔자 통합관리 및 분석 프로그램 개발 ... 18
• 제3장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 결과 ... 22
• 가. 동물인플루엔자 데이터 구조 분석 및 벤치마킹 ... 22
• 나. 동물인플루엔자 데이터베이스 설계 ... 26
• 다. 동물인플루엔자 통합데이터 관리 시스템 개발 ... 40
• 라. 동물인플루엔자 통합데이터 관리 시스템 설치 ... 52
• 제4장 총괄연구개발과제의 연구결과 고찰 및 결론 ... 54
• 가. 동물인플루엔자 공개·내부 데이터 확보 및 구조분석 ... 54
• 나. 통합관리 데이터베이스를 위한 데이터 모델링 ... 54
• 다. 통합데이터베이스 개발 ... 54
• 라. 전용 클라이언트 설치 및 운영환경 구축 ... 54
• 제5장 총괄연구개발과제의 연구성과 ... 55
• 5.1 활용성과 ... 55
• 5.2 활용계획 ... 56
• 제6장 기타 중요변경사항 ... 57
• 제7장 참고문헌 ... 58
• 제8장 첨부서류 ... 59
• 총괄 연구과제 요약 ... 60
• 끝페이지 ... 61