초록 ▼

○ 분열효모 결손균주 라이브러리를 이용하여 약물작용점 탐색 및 기능유전체 연구를 수행하기 위한 최신 방법으로서 barcode-seq의 실험 방법 및 분석 과정을 확립
○ 먼저 한 번에 48 시료를 동시에 실험할 수 있도록 multiplex index들을 고안하였고, 여기에 uptag과 dntag을 증폭할 수 있는 PCR primer들을 설계함.
○ Barcode-seq에서 얻어지는 방대한 양의 데이터를 분석하기 위한 자동 분석 파이프라인을 확립하였고, 이러한 분석 과정을 연구자들이 손쉽게 할 수 있도록 사용자 편의성이 강

○ 분열효모 결손균주 라이브러리를 이용하여 약물작용점 탐색 및 기능유전체 연구를 수행하기 위한 최신 방법으로서 barcode-seq의 실험 방법 및 분석 과정을 확립
○ 먼저 한 번에 48 시료를 동시에 실험할 수 있도록 multiplex index들을 고안하였고, 여기에 uptag과 dntag을 증폭할 수 있는 PCR primer들을 설계함.
○ Barcode-seq에서 얻어지는 방대한 양의 데이터를 분석하기 위한 자동 분석 파이프라인을 확립하였고, 이러한 분석 과정을 연구자들이 손쉽게 할 수 있도록 사용자 편의성이 강화된 프로그램을 개발
○ 분열효모 결손균주의 tag 염기서열과 유전자 위치를 검증하기 위하여 수행한 whole-genome shotgun sequencing 데이터를 분석하는 과정을 확립하였고, 이에 따라 diploid와 haploid 결손 균주 모두를 검증하고, 오류를 교정
○ 또한, 분열효모 및 발아효모 결손균주를 이용하여 기존에 수행되었던 약물작용점 탐색 및 기능유전체 연구 결과들을 수집하여 데이터베이스화하였고, 이후 웹 서버로 개발하고자 웹 서버 개발을 위한 최신의 기술들을 확립

Abstract ▼

Ⅳ. Results
We first designed PCR primers containing multiplex indices (up to 48 samples) and common sequences for identifying uptag and dntag and then established an experimental protocol for PCR amplification and sequencing library construction. Next, we set-up an analysis pipeline for barcode-s

Ⅳ. Results
We first designed PCR primers containing multiplex indices (up to 48 samples) and common sequences for identifying uptag and dntag and then established an experimental protocol for PCR amplification and sequencing library construction. Next, we set-up an analysis pipeline for barcode-seq data and developed a user-friendly software named BarSeq-Browser using Java programming language. Finally, we validated the fission yeast deletion library by analysing the whole-genome shotgun sequence information.

목차 Contents

• 표 지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서(보고서 초록) ... 3
• 요 약 문 ... 4
• SUMMARY ... 6
• CONTENTS ... 7
• 목 차 ... 9
• 제1장 연구개발과제의 개요 ... 11
• 제1절 연구개발의 목적 ... 11
• 제2절 연구개발의 필요성 및 범위 ... 11
• 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 13
• 제1절 국내 기술개발 현황 ... 13
• 제2절 국외 기술개발 현황 ... 14
• 1. 효모 결손 균주를 이용한 연구 현황 ... 14
• 2. 약물 유전체 데이터베이스 구축 현황 ... 15
• 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 17
• 제 1절. barcode-seq 데이터 분석 방법의 확립 및 소프트웨어 개발 ... 17
• 1. barcode-seq 실험 방법의 확립 ... 17
• 2. 빠르고 정확한 gene counting 방법 확립 ... 21
• 3. drug target gene을 찾기 위한 분석 방법 확립 ... 22
• 4. 분석 도구 개발(BarSeq browser) ... 23
• 2절. 분열 효모 결손 라이브러리 확인 완료 ... 35
• 1. NGS sequencing을 이용한 분석 파이프라인 ... 35
• 3절 약물작용점 탐색 관련 정보 수집 및 DB 구축 ... 54
• 1. 약물 작용점 분석 정보 수집 ... 54
• 2. 웹 데이터베이스의 구축 ... 57
• 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 60
• 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 61
• 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 62
• 제7장 연구시설ㆍ장비 현황 ... 63
• 제8장 참고문헌 ... 64
• 끝페이지 ... 69