초록 ▼

sequencing 기술이 발달함에 따라 next generation technology (NGS)를 기반으로 한 de novo sequence assembly를 수행하는 것은 현 genomics 연구의 트랜드 이다. 하지만, 기존에 알려진 프로그램은 eukaryote의 de novo assembly를 하기에 부적합하다. 또한 read length가 짧고 양이 많아진 NGS sequences의 특징은 기존의 server급에서 분석하기 부적합하다. 이러한 트랜드에 발맞추기 위하여, 우리는 NGS를 기반으로 만들어진 98x의 고추 re

sequencing 기술이 발달함에 따라 next generation technology (NGS)를 기반으로 한 de novo sequence assembly를 수행하는 것은 현 genomics 연구의 트랜드 이다. 하지만, 기존에 알려진 프로그램은 eukaryote의 de novo assembly를 하기에 부적합하다. 또한 read length가 짧고 양이 많아진 NGS sequences의 특징은 기존의 server급에서 분석하기 부적합하다. 이러한 트랜드에 발맞추기 위하여, 우리는 NGS를 기반으로 만들어진 98x의 고추 reads를 cloud computing을 기반으로 assembly 할 strategy를 제시하고자 한다.
우리는 처음으로 First cluster last assembly (FCLA) stratey를 제시하였고, 이를 기반으로 각 실험내의 cell 단위인 2 Gbyte의 고추 sequence를 test하였다. 그 결과 60%의 read가 repeat에 해당하고, 나머지 40%의 sequence에서 충분한 overlapped sequence가 발생하지 않음을 알 수 있었다. 이런 결과는 repeat sequence를 먼저 제거함으로써 comparison을 위한 시간을 줄이고, 한 번에 비교하는 sequence를 cell단위가 아닌 전체 experiment 단위로 늘림으로써 한 번에 만들 수 있는 cluster size를 최대한으로 늘리는 것이 더 효율적임을 판단하게 만들었다. 이러한 test 결과를 기반으로, 우리는 repeat sequence를 제거 한 후 experimental 단위로 fist cluster last assembly (FCLA) 하기 위한 재조정 된 cloud computing 기반의 de novo assembly strategy를 제안한다.

Abstract ▼

Ⅳ. Result of the study
In this research, we suggest strategy for De novo assembly applying the cloud computing Based on the GA machine, we constructed 0.3 tera-base pair (Tbp) sequence reads which covered approximately 98x of total genomic size of hot pepper. First, we suggested simple First Clus

Ⅳ. Result of the study
In this research, we suggest strategy for De novo assembly applying the cloud computing Based on the GA machine, we constructed 0.3 tera-base pair (Tbp) sequence reads which covered approximately 98x of total genomic size of hot pepper. First, we suggested simple First Clustering Last Assembly (FCLA) strategy, which makes cluster based on sequence homology in each lane in GA machine, which has about 2G reads, and then clusters come from each lane are merged into the larger cluster by sequence similarity in clusters. Finally, reads in clusters are assembled into contigs by the CLC assembler. To analyze our strategy and find some features of our sequence data, we tested FCLA strategy with two sets of 2 Gbyte sequences (totally 4G byte), before constructing the cloud computing. In result, we found approximately 60% of the sequence data which seem to be pepper specific repeat and most of the non-repetitive sequences were remained as singletons, not collecting into any other clusters. This result represents we need to be adjust our strategy to remove some repeat sequences before sequence comparison and comparison size must to be larger as experimental levels, not lain levels. Therefore, we suggest adjusted strategy to develope the cloud computing for De novo assembly of plant genome.

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 요 약 문 ... 4
• Summary ... 6
• Contents ... 9
• 목차 ... 10
• 표(그림)차례 ... 11
• 제 1장 연구개발과제의 개요 ... 12
• 제 1절 식물 지놈 연구의 중요성 ... 12
• 제 2절 Sequencing 기술 및 특성 ... 12
• 제 3절 고추의 중요성 ... 15
• 제 4절 Cloud computing ... 16
• 제 4절 요약 ... 18
• 제 2장 연구개발 수행 내용 및 결과 ... 19
• 제 1절 고추 sequencing data의 양 ... 19
• 제 2절 고추 염기서열 연결을 위한 데이터 분석 ... 20
• 제 3절 Cloud computing을 위한 전략 설계 ... 22
• 제 3장 관심분야에의 기여도 ... 23
• 제 1절 식물 염기 서열 결정에 새로운 방향 제시 ... 23
• 제 2절 BLAST의 분산처리 시스템 제공 ... 23
• 제 4장 연구개발 결과의 활용계획 ... 24
• 제 5장 참고문헌 ... 25
• 끝페이지 ... 27