[보고서]볼락류(Sebastes spp. )의 체색관련 기능유전체 연구

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[국가R&D연구보고서] 볼락류(Sebastes spp. )의 체색관련 기능유전체 연구
Functional genomic analysis of pigment patterns in rockfishes (Sebastes spp.) 원문보기

보고서 정보
주관연구기관	한국해양과학기술원 Korea Institute of Ocean Science ＆ Technology
보고서유형	최종보고서
발행국가	대한민국
언어	한국어
발행년월	2015-03
주관부처	해양수산부 Ministry of Oceans and Fisheries
연구관리전문기관	한국해양과학기술원 Korea Institute of Ocean Science ＆ Technology
등록번호	TRKO201500013673
DB 구축일자	2015-08-15
키워드	볼락류.미토게놈.기능유전체.전사유전체.차등발현유전자.Sebastes.Mitogenome.Transcriptome.RNA-seq analysis.Differentially expressed gene.

초록 ▼

- 동해서식 볼락류 4종(우럭볼락, 흰꼬리볼락, 황볼락, 노랑볼락)의 유전자 정보를 분석 하였고, 미토게놈 염기서열 정보를 GenBank에 등록하였음
- RNA-seq de novo assembly 방법으로 개볼락 근육조직 전사체 정보를 체색타입별로 조사하여 101,112개의 unigene을 확보하였고, 염기서열 및 아미노산 서열 정보를 뱅크화 하였음
- 개볼락 체색타입별 근육조직 전사체의 발현량을 분석하여 164개의 차등발현유전자를 확인하였고, 개볼락 color type 근육조직에서만 특이적으로 발현되는 51개의 유전자와 wild type 근육조직에서만 특이적으로 발현되는 68개 유전자를 확보하였음
- 개볼락 근육조직의 체색타입에 따른 차등발현유전자의 기능정보를 조사한 결과, 2개는 molecular function, 46개는 biological process, 6개는 cellular component 기능그룹에 해당하였음

목차 Contents

표지 ... 1
제출문 ... 2
보고서 초록 ... 3
요약문 ... 4
SUMMARY 및 KEYWORDS ... 7
목차 ... 10
List of Tables ... 12
List of Figures ... 13
제1장 서 론 ... 15
제1절 연구 필요성 ... 16
제2절 연구 목표 ... 17
제3절 연구내용 및 범위 ... 18
제2장 국내외 기술개발 현황 ... 20
제1절 국내 기술개발 현황 ... 21
제2절 국외 기술개발 현황 ... 21
제3장 연구개발 수행내용 및 결과 ... 23
제1절 유용 해양어류 유전자원 정보 탐색 ... 24
제2절 해양어류자원의 기능유전체 정보 이용기술 탐색 ... 54
제4장 연구개발 목표 달성도 및 대외기여도 ... 78
제1절 연구개발 목표 달성도 ... 79
제2절 대외 기여도 ... 79
제5장 연구개발 결과의 활용계획 ... 82
제6장 참고문헌 ... 83
끝페이지 ... 87

표/그림 (36)

표 Figure 1. Sequences of the mitogenome of S. hubbsi (GenBank Accession No. KJ525745)
표 Figure 1. Sequences of the mitogenome of S. hubbsi (GenBank Accession No. KJ525745)
표 Figure 1. Sequences of the mitogenome of S. hubbsi (GenBank Accession No. KJ525745)
표 Figure 1. Sequences of the mitogenome of S. hubbsi (GenBank Accession No. KJ525745)
표 Figure 1. Sequences of the mitogenome of S. hubbsi (GenBank Accession No. KJ525745)
표 Figure 2. A gene arrangement in the complete mitogenome Sebastes hubbsi
표 Figure 3. Sequences of the mitogenome of S. longispins (GenBank Accession No. KJ834061)
표 Figure 3. Sequences of the mitogenome of S. longispins (GenBank Accession No. KJ834061)
표 Figure 3. Sequences of the mitogenome of S. longispins (GenBank Accession No. KJ834061)
표 Figure 3. Sequences of the mitogenome of S. longispins (GenBank Accession No. KJ834061)
표 Figure 3. Sequences of the mitogenome of S. longispins (GenBank Accession No. KJ834061)
표 Figure 4. A gene arrangement in the complete mitogenome Sebastes longispinis
표 Figure 5. Sequences of the mitogenome of S. owstoni (GenBank Accession No. KJ834063)
표 Figure 5. Sequences of the mitogenome of S. owstoni (GenBank Accession No. KJ834063)
표 Figure 5. Sequences of the mitogenome of S. owstoni (GenBank Accession No. KJ834063)
표 Figure 5. Sequences of the mitogenome of S. owstoni (GenBank Accession No. KJ834063)
표 Figure 5. Sequences of the mitogenome of S. owstoni (GenBank Accession No. KJ834063)
표 Figure 6. A gene arrangement in the complete mitogenome Sebastes owstoni
표 Figure 7. Sequences of the mitogenome of S. steindachneri (GenBank Accession No. KJ834060)
표 Figure 7. Sequences of the mitogenome of S. steindachneri (GenBank Accession No. KJ834060)
표 Figure 7. Sequences of the mitogenome of S. steindachneri (GenBank Accession No. KJ834060)
표 Figure 7. Sequences of the mitogenome of S. steindachneri (GenBank Accession No. KJ834060)
표 Figure 7. Sequences of the mitogenome of S. steindachneri (GenBank Accession No. KJ834060)
표 Figure 8. A gene arrangement in the complete mitogenome Sebastes steindachneri
표 Figure 9. Workflow of amplicon library construction and Hiseq2500 sequencing
표 Figure 10. The skeletal muscles of S. pachycephalus for RNA-seq analysis
표 Figure 11. The result of quality assessment of total RNA
표 Figure 12. Results of the blass bloched rockfish (S. pachycephalus) de novo assemly
표 Figure 13. Frequancy of the blass bloched rockfish unigenes BLAST annotation
표 Figure 14. Predict of CDS of unigenes by InterProScan
표 Figure 15. Annotation consensus between Blastx and InterProScan of the unigenes
표 Figure 16. DNA sequences of unigene transcripts
표 Figure 17. Amino acid sequences of unigene transcripts
표 Figure 18. Expressiom levels of unigene transcripts
표 Figure 19. Differentially expressed genes (DEG) analysis of unigene transcripts
표 Figure 20. Histogram of the Gene Ontology classification

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