초록 ▼

연구의 목적 및 내용
<최종목표>
- 국립암센터의 다양한 암종의 오믹스 데이터 특성을 고려하여 정확하게 분석할 수 있는 도구를 클라우드 컴퓨팅 플랫폼에서 구축하여 국, 내외 암 연구자들에게 정확한 분석의 기회를 제공
⑴ 암종의 특성을 고려한 오믹스 데이터의 정확한 분석 알고리즘 개발
⑵ 클라우드 환경에서 운용 가능한 암종의 오믹스 데이터 분석 시스템의 구현
⑶ 암종의 변이체 특성을 고려한 데이터 교환 표준의 개발
⑴ 연구 내용
- 암종의 오믹스 데이터를 효율적으로 정확히 분석할 수 있는 알고리즘

연구의 목적 및 내용
<최종목표>
- 국립암센터의 다양한 암종의 오믹스 데이터 특성을 고려하여 정확하게 분석할 수 있는 도구를 클라우드 컴퓨팅 플랫폼에서 구축하여 국, 내외 암 연구자들에게 정확한 분석의 기회를 제공
⑴ 암종의 특성을 고려한 오믹스 데이터의 정확한 분석 알고리즘 개발
⑵ 클라우드 환경에서 운용 가능한 암종의 오믹스 데이터 분석 시스템의 구현
⑶ 암종의 변이체 특성을 고려한 데이터 교환 표준의 개발
⑴ 연구 내용
- 암종의 오믹스 데이터를 효율적으로 정확히 분석할 수 있는 알고리즘 개발 및 구현
- Hadoop 클라우드 컴퓨팅 환경에서 분석 시스템을 구현하여 국립암센터의 암 연구자에게 암종의 오믹스 데이터 분석 기회 제공
⑵ 연구 방법
- 암종의 오믹스 데이터의 암 특이성을 고려한 정확한 분석 알고리즘 개발
· 암종의 전장 유전체 시퀀싱, 트랜스크립톰 시퀀싱, 엑솜 시퀀싱 데이터의 특성에 따라 변이체를 정확하게 탐지할 수 있는 분석법 개발
- Hadoop 시스템을 이용한 클라우드 컴퓨팅 환경에서의 오믹스 데이터 분석 알고리즘 구현
· Hadoop 시스템을 설치, 스토리지 클러스터를 구현한 클라우드 컴퓨팅 테스트 환경에서 운용 가능한 암 특이적 분석 알고리즘을 구현
- Map/Reduce 기능을 이용한 효율적인 병렬 프로세싱의 구현
· Hadoop 시스템이 설치된 컴퓨터 환경에서 Map/Reduce를 이용하여 병렬 프로세싱을 지원하는 효율적인 분석 시스템을 개발

연구개발성과
<정량적 성과1)>
구분 : 달성치/목표치 : 달성도(%)
SCI 논문 편수 : 1 : 2/100
IF 합 :4 : 61.792
기타 성과 : 특허 2편

<정성적 성과>
- 암종의 오믹스 데이터 분석 시 정확한 somatic point mutation 탐지 방안 제공
- 국립암센터의 암유전체 데이터가 임상에 적용될 수 있도록 하는 정확한 분석법, 데이터 표준 구조 및 플랫폼 제공
- Genome/Transcriptome 의 특성을 동시에 고려한 변이체 탐지법 개발
- Tumor suppressor inactivation의 원인 규명

연구개발성과의 활용계획 (기대효과)
- 본 연구 과제 수행 기간 중 개발된 시스템을 활용하여 국립암센터의 Clinical Trials에 정확한 변이체 탐지에 적용
- 3년차 연구과제에서 발견한 이상 스플라이싱을 발생하는 유전자 변이를 임상 환자의 진단에 적용

Abstract ▼

Purpose& Contents

According to the genomic context as well as cancer types, this project develop tools on the cloud computing platform, it can analyze cancer omics data precisely. And, the developed tools are opened to the nationwide researchers worked on cancer research institut

Purpose& Contents

According to the genomic context as well as cancer types, this project develop tools on the cloud computing platform, it can analyze cancer omics data precisely. And, the developed tools are opened to the nationwide researchers worked on cancer research institute or hospitals.
⑴ Development of omics data analysis algorithms according to cancer types
⑵ Implementation of omics data analysis system worked on cloud computing environment
⑶ Development of data exchange standard considering the characteristics of cancer specific variants

- Design and implementation of an analysis method or system which can analyze cancer-specific omics data precisely and efficiently.
- Providing the analysis system developed on a hadoop based platform to researchers of National Cancer Center.

- Development of an precise algorithm which can analyze the cancer-specific omics data such as whole genome sequencing, whole exome sequencing and transcriptome sequencing.
- Development of parallel computational processing and clustered storage on cloud computing environment.

Results

Expected Contribution
- The developed methods in first year of this project could be participated to an analysis pipeline of clinical trials of National Cancer Center.
- After last base exon mutations, which occurred to an abnormal splicing including intron retention or exon skipping, were validated to cancer patients, there are expected to apply to cancer diagnosis parts of National Cancer Center

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 최종보고서[기관고유연구사업] ... 2
• 국문 요약문 ... 3
• SUMMARY ... 5
• 목차 ... 6
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 7
• 1-1. 연구개발 목적 ... 7
• 1-2. 연구개발의 필요성 ... 7
• 1-3. 연구개발 범위 ... 8
• 2. 국내외 기술개발 현황 ... 11
• 3. 연구수행 내용 및 결과 ... 12
• 3-1. 연구 수행 내용 ... 12
• 3-2. 연구 수행 결과 ... 14
• 4. 목표달성도 및 관련분야 기여도 ... 23
• 4-1. 목표달성도 ... 23
• 4-2. 관련분야 기여도 ... 24
• 5. 연구결과의 활용계획 ... 25
• 6. 연구과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 26
• 7. 연구개발과제의 대표적 연구실적 ... 28
• 8. 참여연구원 현황 ... 29
• 9. 기타사항 ... 29
• 10. 참고문헌 ... 30
• 끝페이지 ... 30