보고서 정보
주관연구기관 |
삼성서울병원 Samsung Seoul Hospital |
보고서유형 | 최종보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 |
한국어
|
발행년월 | 2015-09 |
과제시작연도 |
2014 |
주관부처 |
미래창조과학부 Ministry of Science, ICT and Future Planning |
등록번호 |
TRKO201600009941 |
과제고유번호 |
1345227240 |
사업명 |
일반연구자지원 |
DB 구축일자 |
2016-10-08
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DOI |
https://doi.org/10.23000/TRKO201600009941 |
초록
▼
1) 간전이를 동반한 대장암 환자 조직에서의 microarray expression profiling, aCGH 분석 및 환자의 예후 관계 규명
● 간전이 대장암 환자 조직(정상 대장, 대장암, 전이 간조직)을 이용한 microarray expression profiling과 aCGH analysis를 통해서 차등발현 유전자 검색 (정상대장 vs 대장암, 원발암 vs 간전이)을 수행함.
● 전이암 특이적인 point mutation이 FBXW7, DCLK1, CDH4, ARMC4, FAT2, GIGYF2 유전자들에서 발견
1) 간전이를 동반한 대장암 환자 조직에서의 microarray expression profiling, aCGH 분석 및 환자의 예후 관계 규명
● 간전이 대장암 환자 조직(정상 대장, 대장암, 전이 간조직)을 이용한 microarray expression profiling과 aCGH analysis를 통해서 차등발현 유전자 검색 (정상대장 vs 대장암, 원발암 vs 간전이)을 수행함.
● 전이암 특이적인 point mutation이 FBXW7, DCLK1, CDH4, ARMC4, FAT2, GIGYF2 유전자들에서 발견되었음.
● 전이암에서 차등발현 되며 환자의 예후에 영향을 미치는 유전자를 타겟 유전자로 발굴하기 위하여 mRNA expression과 aCGH의 microarray 비교분석결과, 각 환자별로 DNA상에 FITH, MAP7D2, ERBB2, MYC amplification이 확인되었으나, 원발암과 전이암을 대상으로 DEG(differential expression gene)분석을 시행하였을 경우, 특별하게 발견되는 유전자는 확인되지 않아서, public 데이터 (GSE41258, GSE20916, GSE37364)에서 정상조직에 비해 고발현되는 유전자를 분석함.
● 기존 보고된 데이터 분석결과, COL11A1, FAP, SPP1, KRT23의 유전자가 정상조직에 비해 원발암과 전이암에서 특이하게 높게 발현됨을 확인함. 이들 선별한 유전자를 본 연구의 9례의 경우에서 비교 분석한 결과 COL11A1을 제외한 3개의 유전자에서 정상조직에 비해 고발현 되는 것을 확인함.
2) 환자 조직에서의 타겟 유전자 발현에 따른 임상적 의의 분석 및 대장암 세포주를 이용한 타겟 유전자의 기능 분석
● 40례의 환자 조직 (원발암 & 간전이)에서 real-time PCR을 이용한 타겟 유전자의 발현 양상 분석한 결과, 타겟 유전자 CCL7의 발현이 원발암에 비해 전이암에서 높음을 확인함.
● CCL7 타겟 유전자의 발현 양상을 tissue microarray (TMA)에서 Immunohistochemistry를 이용하여 분석한 결과, 원발암과 전이암에서 CCL7 발현이 높음을 확인함.
● 타겟 유전자의 기능을 분석하기 위하여 CCL7의 발현에 따른 대장암 세포주를 선정하여 CCL7 과발현세포주를 제작하고 세포의 증식률, 이동능 및 전이능을 비교한 결과, CCL7 과발현 세포주에서 대조군에 비해 더 효과적으로 세포 이동능 및 세포 전이능이 증가됨을 확인함.
● CCL7의 발현을 조절하는 메카니즘을 분석하기 위하여 Proteom profiler analysis (Human phospho-kinase array)를 통해 대조군에 비해 발현량이 증가한 단백질을 분석한 결과, STAT6, JNK1/2/3, ERK, p38의 발현량이 대조군에 비해 증가함을 확인 함.
3) 대장암 환자 조직 (원발암과 전이암) 에서의 차세대 염기서열 분석
● 명확한 차등발현 유전자의 발굴과 기능분석을 수행하기 위하여 whole genome, whole exome 및 RNA 시퀀싱의 차세대 염기서열 분석을 시행함.
● Whole geneme 시퀀싱 분석 결과, FBXW7, DCLK1, FAT2 등이 전이관련 유전자로 발견되었고, 원발암과 전이암 사이의 종다형성 (clonal evolution) 분석을 통해 환자별 전이암 형성 모델을 제시함.
● 돌연변이에 있어서는 driver 유전자의 변이로서 TP53, MAP2K4, BCL9L, APC이 발견되었음. Whole-exome 시퀀싱 분석을 통해서 2q36.1, 8q21.11, 17p13.2, 20p13 영역에 유의한 결실(Deletion)들을 발굴함. 특히 8q21.11 영역을 연구한 결과, PDLIM2 유전자의 발현 감소가 NF-kB의 Subunit인 RELA 유전자의 발현을 증가시키는 현상을 발견함.
● 전이암에서 발현이 증가하거나 감소하는 5개의 유전자들 (VIP, NKX2-3, MMP3, EDN1, GATA4)이 후보 마커들로 제시함. EDN1, VIP 유전자들은 폐암과 같은 다른 타입의 종양에서는 전이와 관련된 기능들이 보고가 되어 있으나 대장암에서는 아직은 보고가 되어있지 않은 것으로 파악되어 향후 대장암에서도 같은 기능을 하는지 실험적 검증이 필요함.
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