[보고서]원인불명 바이러스성 병원체 규명을 위한 유전학적-면역학적 분석 protocol 개발

김유진

[국가R&D연구보고서] 원인불명 바이러스성 병원체 규명을 위한 유전학적-면역학적 분석 protocol 개발
Development of laboratory protocol for identification of unknown viral agent from clinical specimen 원문보기

보고서 정보
주관연구기관	질병관리본부 Korea Center for Diease Control and Prevention
연구책임자	김유진
참여연구자	김기순 , 김성순 , 남정구 , 강혜지 , 정향민 , 이준우 , 이한샘 , 강주희 , 김수진
보고서유형	최종보고서
발행국가	대한민국
언어	한국어
발행년월	2015-03
과제시작연도	2014
주관부처	보건복지부 [Ministry of Health & Welfare(MW)(MW)
과제관리전문기관	질병관리본부 Korea Center for Diease Control and Prevention
등록번호	TRKO201700004675
과제고유번호	1465015205
사업명	감염병관리기술개발연구(구.질병관리연구지원)
DB 구축일자	2017-09-20
키워드	원인불명 병원체.유전학적-면역학적 분석.호흡기바이러스.Unknown viral agent form clinical specimen.SISPA-IS analysis.Respiratory virus.
DOI	https://doi.org/10.23000/TRKO201700004675

초록 ▼

○ 연구목표
- 원인이 밝혀지지 않은 감염병 발생시 유전학적-면역학적 근거 확보 및 원인불명 병원체 규명을 위한 실험법 제시

○ 연구내용 및 범위
- 유전자 분석용 SISPA 단계별 효능 최적화
- SISPA 검출한계 비교 분석
- 면역학적 분석용 면역 스크리닝 단계별 효능 최적화
- SISPA-IS 전반적 효율평가

○ 기대성과 및 활용방안
- 원인불명 감염병 의심사례로부터 신속하고 정확한 병원체 탐색 가능 매뉴얼 구축
- 원인불명 감염병의 원인병원체 확인·진단 역량 제

목차 Contents

표지 ... 1
연구최종보고서 ... 2
내부연구과제 요약서 [총괄] ... 3
내부연구과제 연구결과 요약서 ... 4
제1장 연구의 목적 및 필요성 ... 5
제2장 연구의 연구목표 및 달성도, 관련 분야에의 기여도 ... 9
제1절. 연구의 최종목표 ... 9
제3장 국내·외 기술개발 현황 ... 10
제4장 연구의 내용 및 결과 ... 14
제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 63
제6장 연구의 주요 연구 성과 ... 65
제7장 기대성과 ... 69
제8장 주요 연구 변경사항 ... 70
제9장 연구비 집행 실적 내역 ... 72
제10장 참여연구원 ... 76
제11장 참고문헌 및 첨부문서 ... 77
끝페이지 ... 82

표/그림 (60)

표 최근 20여년 동안 새로이 밝혀진 주요 감염성 병원체의 종류
표 Titration of target viruses using micro-titration
표 The viral DNA extraction efficiency of four major nucleic acid extraction kits
표 Summary of Realtime PCR quantification for each sample
표 The PCR condition for detection of human GAPDH
표 The one-step PCR condition for detection of human rhinoviral RNA
표 Confirmatory PCR profiles for host genome hGAPDH and hRV RNA after Benzonase treatment
표 Confirmatory PCR profiles for the hGAPDH and hRV RNA after DNase-I treatment
표 Comparison of nucleic acids hydrolysis efficiency between DNase I or MNase treatment
표 Determination of optimal concentration for MNase treatment to hGAPDH
표 Determination of treatment time for MNase to hGAPDH
표 Host genome was still detectable when real-time RT-PCR was used for quantification of the hGAPDH
표 The PCR condition for detection of hADV from A549 infected with HADV
표 Removal of hGAPDH after MNase treatment from adenoviral supernatant cultured with the A549 cells
표 Confirmation of removal of hGAPDH when real-time RT-PCR was used
표 Comparison of cDNA synthesis efficiency for 4 kinds of the reverse transcriptases
표 Comparison of PCR efficiency for 4 kinds of the Taq polymerases
표 Schematic diagram of SISPA strategy
표 Gel electrophoresis profile of SISPA (left) and confirmatory PCR of SISPA product using A/B linker primers (right)
표 Confirmation of hRV viral cDNA in the SISPA-PCR product
표 Plaque formation after packaging of phage-hRV cDNA library using the Gigapack
표 Western screening for determination of dilution factor (X100) of positive antisera against hRV-23
표 Immuno-screening for determination of positive antisera against IFV and ADV3
표 Replication of human Adenovirus serotype 3 in A549 cells and Hep2 cells
표 Plaque assay of hAdV3 in A549 cells
표 Replication of mouse-adapted influenzavirus A in MDCK cells
표 Plaque assay of mouse-adapted influenzavirus A
표 Strategy of mice animal experiment
표 Western blot result using IgM in mice sera infected with hAdV3
표 Western blot result using IgG in mice sera infected with hAdV3
표 Western blot result using IgM in mice sera infected with mouse-adapted IFV
표 Western blot result using IgG in mice sera infected with mouse-adopted IFV
표 RNA/DNA extraction procedure
표 Summary of Realtime PCR quantification for each sample
표 Selected samples for further analysis
표 Analysis scheme for Illumina Mi-seq sequencing
표 Summary of sequence read (pairs) for each samples
표 BLAST results of RNA sequences from Influenza virus infected lung samples
표 Sequence coverage against reference H1N1 influenza virus (Total 13588bp)
표 Negative results of 3 factor (Ct, Mapped reads, Coverage)’s corelation prediction
표 Representative susceptible cell lines for respiratory viruses
표 Cells on PI 3days after the inoculation of mice lungs infected with hAd3 and IFV
표 Real-time PCR quantification of hAdV and IFV-A in the five cell lines after the inoculation of mice lungs PI 2-3 days
표 Cells pictures after the 2nd blind-test of cell supernatant inoculated with mice lungs
표 Virus isolation test of each samples harvested on indicated post-infection time
표 2nd inoculation of mice lungs infected with hAdV3 and IFV
표 Gel electrophoresis profile of SISPA and confirmatory PCR of SISPA product using A/B linker primers
표 Summary of Ct values and confirmed sequences for each samples
표 Confirmation of ADV3 viral cDNA in the SISPA-PCR product
표 Plaque formation after packaging of phage-ADV cDNA library using the Gigapack
표 Plaque formation after packaging of phage-ADV cDNA library using the Gigapack
표 Summary of plaque number for each samples
표 Confirmation of ADV3 viral cDNA in the SISPA-PCR product
표 Summary of NGS, SISPA, and SISPA-IS experiments
표 Real-time PCR results for 5 specimens from 3 patients with suspected unknown infectious disease
표 Strategy and methods of unknown virus isolation
표 Result of 1st inoculation with the patients’ samples in five cell lines (Mag. 100X)
표 Result of 2nd inoculation with 1st inoculated cells and media (Mag. 100X)
표 Result of 3rd inoculation with 1st inoculated cells and media (Mag. 100X)
표 Sequencing results of SISPA-PCR

과제명(ProjectTitle) :	-
연구책임자(Manager) :	-
과제기간(DetailSeriesProject) :	-
총연구비 (DetailSeriesProject) :	-
키워드(keyword) :	-
과제수행기간(LeadAgency) :	-
연구목표(Goal) :	-
연구내용(Abstract) :	-
기대효과(Effect) :	-

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