초록 ▼

배경: 기존 VSD 바이러스 유전자 DB는 10종의 바이러스에 대한 유전자 정보가 수록되어 있으나 오랜 기간 동안의 유지보수의 부재로 인하여 바이러스 유전자 서열에 대한 최신화 가 이루어지고 있지 않았으며 일부 기능이 작동 되지 않고 있다. 게다가 현재 바이러스 유전자 DB는 바이러스 분류단위별 특이적 성질에 따라 DB가 보다 세분화 되는 것이 필요하다. 또한 MERS와 같은 신종 바이러스가 사회적 이슈가 되어감에 따라 대국민 서비스로써 바이러스에 대한 분포 및 통계에 대한 정보와 오픈 API 등 보다 다양한 서비스를 위한 DB 구

배경: 기존 VSD 바이러스 유전자 DB는 10종의 바이러스에 대한 유전자 정보가 수록되어 있으나 오랜 기간 동안의 유지보수의 부재로 인하여 바이러스 유전자 서열에 대한 최신화 가 이루어지고 있지 않았으며 일부 기능이 작동 되지 않고 있다. 게다가 현재 바이러스 유전자 DB는 바이러스 분류단위별 특이적 성질에 따라 DB가 보다 세분화 되는 것이 필요하다. 또한 MERS와 같은 신종 바이러스가 사회적 이슈가 되어감에 따라 대국민 서비스로써 바이러스에 대한 분포 및 통계에 대한 정보와 오픈 API 등 보다 다양한 서비스를 위한 DB 구축 및 웹 기능 구현이 요구된다.

목적: 본 정책연구용역사업은 신종 바이러스 유전자 등록, 관리, 조건별 탐색, 바이러스 관련 정보 전달 등이 가능하도록 시스템을 구현하여 정보 활용 및 관리에 대한 기반 마련으로 Prototype의 시스템과 DB 구축을 목표로 한다.

방법 및 결과: 본 연구용역은 여섯 가지 내용에 대한 Prototype의 시스템과 DB 연구개발
(1) 국제바이러스 표준 분류학(ICTV)에 따른 특이적 Blast DB 구축, (2) 바이러스 메타데이터 및 서열정보 와 FEATURE 정보에 대한 파싱, (3) 데이터 최신화, (4) 유사성 분석 및 변이 분석, (5) 원시 서열에 대한 정도관리 및 등록, (6) 바이러스 정보서비스를 위한 시각화

고찰: 본 연구개발에서 괄목할 사항은 ICTV 분류 체계에 기초하여 바이러스 분류학적(Virus Taxonomy)으로 ODER(-virales), FAMILY(-viridae), SUBFAMILY(-virinae), GENUS(-virus)의 분류별로 특이적 바이러스 Blast DB를 구축하였기 때문에 특정 바이러스가 속한 분류 체계 안에서 특이적 유전자 분석이 가능하고 같은 분류에 속한 바이러스는 서열 유사성이 높으므로 유사서열에 대한 신뢰성이 높다. 기존 VSD 유전자 분석에 비중이 높았던 반면 본 연구에서 도출되어진 시스템은 바이러스 유전자 분석 뿐만 아니라 바이러스 정보 서비스를 위하여 전세계 바이러스 분포와 다차원의 통계적인 데이터를 시각화 하므로써 대국민 서비스를 강화하였고 신종 바이러스 등록을 위한 유전자 정보 등록 시스템과 원시 유전자 서열에 대한 QC 기능, 유전자 조작을 위한 PCR 기능 등 다양한 기능들을 갖추고 있어 바이러스 통합 정보 시스템으로의 기반을 구축하였다.

(출처 : 보고서 요약문 4p)

Abstract ▼

Background: The existing VSD was recorded about 10 species of virus. However, due to the lack of maintenance for a long period, the data of the viral gene sequences have not been updated. In addition, the current virus gene DB needs to be subdivided in accordance with the specific properties of each

Background: The existing VSD was recorded about 10 species of virus. However, due to the lack of maintenance for a long period, the data of the viral gene sequences have not been updated. In addition, the current virus gene DB needs to be subdivided in accordance with the specific properties of each virus classification. The various information service for the distributed viruses have becomes more pronounced as new viruses (ex, MERS-CoV) are appeared. Therefore, DB construction and network system based on such the DB is required in order to service variety information for the public service such as the information of virus distribution and virus statistics and OpenAPI, registration system for new viruses

Purpose : To establish the foundation, the goal is to be construct the prototype system and virus sequence database included registration system for new viruses, which is reported in domestic region, the information system for virus distribution and virus statistics and OpenAPI

Methods and Result: The following is the method for virus sequence database:
(1) Construction of Specific Blast database construction in conformity with Taxonomy of ICTV
(2) Research for the method parsing the information which are composed by metadata, features, and sequence information
(3) Research for maintenance method modernized data
(4) Research for virus gene analysis system for Sequence similarity and variation analysis
(5) Research for the method performing quality control with the raw sequencing data and the registration method
(6) Research for visualization method about the virus information service

Consideration : Since specific virus Blast database is conformity with ICTV Taxonomy that is made of international classification, ODER(-virales), FAMILY(-viridae), SUBFAMILY(-virinae), GENUS(-virus), Arbitrary virus sequence can be analyzed at the same classification. Therefore the result of analysis has significant credibility. In addition, the existing VSD focused on the genetic analysis for 10 viruses. However, this system, which is embodied by this research, focuses on the construction of the prototype system included the genetic analysis as well as the virus information service and the registration system for the Meta and sequence information of the new viruses. Specially, to enhance the readability and visualization, the various statistics chart solution and google API to appear the virus distribution are used. Henceforward, this prototype system is respected to be developed toward the virus portal system

(출처 : Summary 5p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 정책연구용역사업 최종결과보고서 ... 2
• 목차 ... 3
• 보고서 요약문 ... 4
• Summary ... 5
• 정책연구용역사업 연구결과 ... 6
• 제1장 최종 목표 ... 6
• 제2장 국내외 기술 현황 ... 10
• 제3장 최종 연구내용 및 방법 ... 12
• 제4장 최종 연구결과 ... 18
• 제5장 연구결과 고찰 및 결론 ... 53
• 제6장 연구성과 및 활용계획 ... 54
• 제7장 정책연구용역사업 진행과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 57
• 제8장 기타 중요변경사항 (해당사항 없음) ... 57
• 제9장 연구비 사용 내역 및 연구원 분담표 ... 58
• 제10장 참고문헌 ... 60
• 제11장 첨부서류 ... 61
• 끝페이지 ... 62