보고서 정보
주관연구기관 |
이화여자대학교 Ewha Womans University |
연구책임자 |
이상혁
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보고서유형 | 1단계보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 |
한국어
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발행년월 | 2015-04 |
과제시작연도 |
2014 |
주관부처 |
미래창조과학부 Ministry of Science, ICT and Future Planning |
과제관리전문기관 |
한국연구재단 National Research Foundation of Korea |
등록번호 |
TRKO201800009332 |
과제고유번호 |
1711020734 |
사업명 |
포스트게놈신산업육성을위한다부처유전체사업 |
DB 구축일자 |
2018-05-26
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키워드 |
프로테오지노믹스.차세대염기서열분석.바이오마커.유전체.전사체.단백체.proteogenomics.next generation sequencing.biomarkers.genomics.proteomics.biomolecular signatures.systems biology.
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DOI |
https://doi.org/10.23000/TRKO201800009332 |
초록
▼
• 50명의 Exome-Seq 데이터로부터 유전체 변이(Indel, SNP, mutation, CNV) 분석
• 50명의 RNA-Seq 데이터로부터 유전자 발현 분석 및 fusion 예측
• 유전체 변이, isoform 발현, fusion gene 등을 고려한 임상시료별 서열 DB 구축 (Personalized Omics DB)
• 위암 관련 공개된 유전체 변이/발현 정보 DB 구축 (TCGA, COSMIC, GEO, ArrayExpress, SRA, ENA, PubMed 논문 등)
• 위암 관련 공개된 유전자
• 50명의 Exome-Seq 데이터로부터 유전체 변이(Indel, SNP, mutation, CNV) 분석
• 50명의 RNA-Seq 데이터로부터 유전자 발현 분석 및 fusion 예측
• 유전체 변이, isoform 발현, fusion gene 등을 고려한 임상시료별 서열 DB 구축 (Personalized Omics DB)
• 위암 관련 공개된 유전체 변이/발현 정보 DB 구축 (TCGA, COSMIC, GEO, ArrayExpress, SRA, ENA, PubMed 논문 등)
• 위암 관련 공개된 유전자 및 생체경로 DB 구축 (PubMed, GWAS 등)
• 유전체-전사체-단백체의 서열 DB와 단백체 발현 및 수식화 데이터 간 연동 및 통합 분석
• 유전체/전사체/단백체의 발현을 통합한 위암의 신호전달 네트워크 제시
• 생명정보 분석 알고리즘 개발 (fusion gene 예측, RNA-Seq 정량법 등)
• 위암 관련 통합 오믹스 정보와 임상 정보와의 통합적 분석을 통한 위암의 상세 분류체계 마련(자체생산 및 취합된 공개자료를 종합적 분석)
• 한국인 (조기위암) 특이적인 프로테오지노믹스 시그너처 발굴 및 마이오마커 후보 제시
( 출처 : 보고서 요약서 3p )
Abstract
▼
Project goals: Development of bioinformatics methods for integrative analysis of proteogenomic data and identification of biomarkers for personalized treatment of Korean gastric cancer patients, focussing on early-onset cases. The purpose of this study is 1) to develop an integrated and systematic m
Project goals: Development of bioinformatics methods for integrative analysis of proteogenomic data and identification of biomarkers for personalized treatment of Korean gastric cancer patients, focussing on early-onset cases. The purpose of this study is 1) to develop an integrated and systematic method to analyze NGS (Next Generation Sequencing)-based genomic & transcriptomic data together with proteome information and 2) to discover proteogenomic molecular signature for gastric cancer.
Detailed tasks carried out in this project are as follows:
● Analysis of Early-onset gastric cancer 50 patients’s Exome and RNA seq data for genomic variation/Expression
● Construction of gastric cancer associated DBs & analytic infra
● Integrating gastric cancer associated genes and pathways from public DBs
● Development of analytic procedures for integrative analysis of genome- transcriptomic-proteome profiles
● Classification for gastric cancer subtype with multiomics profiling
● Exome-Seq data analysis for 50 patients (Indel, SNP, mutation, CNV)
● RNA-Seq data analysis for 50 patients (Gene Expression, fusion transcript)
● Development of a proteome sequence DB for each clinical sample based on their genomic variation profiles (SNP, indels), isoform and gene fusion information
● Analytic pipeline for genomic variation profiling (SNP, indel, mutation)
● Collection of public genomic variation profiles of gastric cancer (COSMIC, GWAS)
● Collection of public gene expression profiles of gastric cancer (TCGA, COSMIC, GEO, ArrayExpress, SRA, ENA, PubMed)
● Linking and integration of the proteome sequence DB with proteome expression/PTM information (collaboration with other unit projects)
● Construction of signaling network that include genomic variations and differential expression of transcriptome and proteome
● Development of bioinformatics analysis tools
● Bioinformatics software development for genomic variation profiling
● Bioinformatics software development for gene expression profiling
● Bioinformatics software development for proteome sequence DB based on genomic variation & expression profiling
● Identification of proteogenomics signature and biomarker candidates specific for Korean early-onset gastric cancer patients
( 출처 : SUMMARY 5p )
목차 Contents
- 표지 ... 1
- 제 출 문 ... 2
- 보고서 요약서 ... 3
- 요 약 문 ... 4
- SUMMARY ... 5
- CONTENTS ... 6
- 목차 ... 7
- 1장. 연구 개발 과제의 개요 ... 8
- 1절. 연구 개발의 필요성 ... 8
- 2장. 국내외 기술개발 현황 ... 9
- 1절. 국내 기술개발 현황 ... 9
- 2절. 국외 기술개발 현황 ... 9
- 3장. 연구개발수행 내용 및 결과 ... 10
- 1절. 위암 관련 공개된 다중 유전체 정보의 지식DB 및 인프라 구축 ... 10
- 2절. 위암 임상시료의 유전체 변이 데이터 분석법 확립 ... 11
- 3절. 위암 임상시료의 유전체 발현 데이터 분석법 확립 ... 15
- 4절. 유전체/전사체/단백체의 오믹스 데이터에 대한 네트워크 기반의 통합 분석법 확립 ... 18
- 5절. 위암 특이적인 프로테오지노믹스 생분자 시그너처 및 바이오마커 발굴 ... 30
- 4장. 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 32
- 1절. 연도별 연구목표 ... 32
- 2절. 평가착안점에 입각한 연구개발목표의 달성도 ... 36
- 5장. 연구개발결과의 활용계획 ... 37
- 6장. 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 38
- 7장. 연구시설·장비 현황 ... 39
- 8장. 참고문헌 ... 40
- 끝페이지 ... 41
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