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NTIS 바로가기주관연구기관 | 한국과학기술원 Korea Advanced Institute of Science and Technology |
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연구책임자 | 김동섭 |
참여연구자 | 양동찬 , 전지혜 , 정찬석 , 이경열 , 홍승표 , 이애리 , 이민호 , 정태수 |
보고서유형 | 1단계보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 | 한국어 |
발행년월 | 2015-04 |
과제시작연도 | 2014 |
주관부처 | 미래창조과학부 Ministry of Science, ICT and Future Planning |
과제관리전문기관 | 한국연구재단 National Research Foundation of Korea |
등록번호 | TRKO201800009375 |
과제고유번호 | 1711019205 |
사업명 | 바이오·의료기술개발 |
DB 구축일자 | 2018-05-26 |
키워드 | 줄기세포.후성유전학.분화제어.파이프라인.데이터 베이스.stem cell.epigenetics.differentiation control.pipeline.database. |
DOI | https://doi.org/10.23000/TRKO201800009375 |
STEMDB (STem cell Epigenome Map DataBase)를 구축하여 인간 줄기세포 3종과 이로부터 분화된 세포 3종류에 대해서 유전자 발현량, DNA 메틸화, 그리고 히스톤변형 정보를 모아서 유전체 스케일로 제공함. 히스톤 변형 데이터를 이산화시켜서 매트릭스 형태로 변환시킨 뒤 Non-negative Matrix Factorization 기법과 clique-detection 알고리즘을 활용해서 히스톤변형 모듈을 발견하는 알고리즘을 개발함. Hi-C 데이터에 내재되어 있는 error들을 분석하고 효과으로 제거한 새로
This is a final report for "Bioinformatics pipeline for stem cell epigenomics". In this project, we aimed to construct database for epigenetic profiles in human embryo stem cell and develop a new algorithm to understand stem cell related epigenetic mechanisms. We constructed a database which contain
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