초록 ▼

- 전장 유전체정보를 비교분석 하는 ‘RICE SNP MINER’와 단일 염기 다형성 탐색 프로그램(RICE SNP Inspector)을 개발함.
- 백일미의 극조숙 관련 유전자위(2번, 6번, 7번 염색체)와 도열병 저항성 관련 유전자위(1번 염색체)를 표지함.
- 고아미 2호의 고아밀로스 함량 지배 유전자(SBE3) 탐색 및 고유 SNP를 표지하는 CAPs 마커를 개발함.
- 남일벼 유래 Namil(SA)-flo1, Namil(SA)-flo2(수원 542호)의 분질배유 지배 유전자 및 고유 SNP를 동정하였고,

- 전장 유전체정보를 비교분석 하는 ‘RICE SNP MINER’와 단일 염기 다형성 탐색 프로그램(RICE SNP Inspector)을 개발함.
- 백일미의 극조숙 관련 유전자위(2번, 6번, 7번 염색체)와 도열병 저항성 관련 유전자위(1번 염색체)를 표지함.
- 고아미 2호의 고아밀로스 함량 지배 유전자(SBE3) 탐색 및 고유 SNP를 표지하는 CAPs 마커를 개발함.
- 남일벼 유래 Namil(SA)-flo1, Namil(SA)-flo2(수원 542호)의 분질배유 지배 유전자 및 고유 SNP를 동정하였고, 각각을 표지하는 분자마커를 개발함.

( 출처: 보고서 요약서 3p )

Abstract ▼

□ Purpose&Contents
In this research, we constructed the SNP based high density genetic map for the genetic locus by comparing whole genome sequence of mutant and original variety. We developed ‘SNP mining program’ that converted restriction enzyme realizing SNPs into CAPs maker and provided co-do

□ Purpose&Contents
In this research, we constructed the SNP based high density genetic map for the genetic locus by comparing whole genome sequence of mutant and original variety. We developed ‘SNP mining program’ that converted restriction enzyme realizing SNPs into CAPs maker and provided co-dominant molecular marker and‘web browser’ providing SNPs information on meaningful region.

Finally, we detected genetic locus and developed molecular markers associated with
1) Early flowering and blast resistant trait oginated from‘Baegilmi’, a mutant derived from ‘Koshihikari’,
2) High amylose content trait originated from ‘Goami2’, a mutant derived from ‘Ilpum’, and
3) Rice floury endosprerm trait originated from Suweon542, a mutant derived from Namil.

□ Results
○ Genetic studies on early flowering and blast resistant trait originated from ‘Baegilmi’, a mutant line of ‘Koshihikari’
- To address the genetics underlying the 'Baegilmi', a RIL population, composed with 145 F₇, was constructed by crossing between the baegilmi and the wild type, ‘Koshihikari’.
- Genotyping-by-Sequencing(GBS) method was adopted to reveal high throughput genotypes the RILs along with their parental lines.
- Through association analysis (Single Locus ANOVA) was conducted between phenotype and genotype of each RILs.
- The locus were tagged near 10.80Mbp region on chromosome 2, 8.64Mbp region on chromosome 6, and 14.45Mbp region on chromosome 7 where 10.9%, 17.8%, and 28.8% of total variance of the RILs could be explained, and contributed the reducing 6.5days, 8.7days, and 10.9days to heading, respectively.
- The region 33.201Mbp~33.243Mbp on chromosome 1 explained 36.5%(resistance to the isolate, NC14-020), 53.2%(resistance to the isolate, NC14-054) of total phynotypic variation, respectively.

○ Development of SNPs analysis software selectively using whole genome sequence
- ‘RICE SNP MINER’ : By comparing to whole genome sequence on target region, converting restriction enzyme site realizing SNPs into CAPs maker and providing co-dominant molecular marker for genetic analysis.
- ‘RICE SNP Inspector’ : providing SNPs information explored in web browser form.

○ Detection of a genetic locus, playing a role in determine high amylose content in Goami2
- The SNP(Ilpum‘T’→ Goami2‘C’) in 16^th exon of a gene,SBE3(Os02g0528200) was associated to high amylose content of Goami2. The CAPs marker for MAS was developed and validated using F_3:4 population derived from Goami2/Milyang23 and BC₁F₂ population.

○ Detection of a genetic locus of rice floury mutant, Suweon 542(Namil-SA-flo2)
- The SNP, located 8^th exon on OsPPDK1, resulting in a missense mutation from Gly to Asp was responsible for the floury endosperm of Suweon542.

○ Development of a new medium-late maturing high quality rice variety, ‘Hyowon6’.
- ‘Hyowon 6’, derived from a cross between ‘Hwayeongbyeo’ and‘Koshihikari’, headed on Aug. 22, in middle plane. The amylose content is 17.7% and protein content is 5.9%.

□ Expected Contribution
○ Development and operation of extremely accurate marker based on genome information improved reliability of molecular marker and efficiency of gene cloning process.
○ Development SNP analysis software selectively using whole genome sequence will help breeders to use massive genomic information
○ Development of molecular marker related to early flowering improve breeding efficiency and will be helpful to develop flexible cultivating system
○ Development of molecular markers related to high amylose content and rice floury will contribute to develop rice varieties for various purpose.

( 출처: SUMMARY 6p )

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 국 문 요 약 문 ... 4
• Summary ... 6
• 목차 ... 8
• 제 1 장 연구 개발 과제의 개요 ... 9
• 제1절 연구 개발 목적 ... 9
• 제2절 연구 개발의 필요성 ... 10
• 제3절 연구 개발 범위 ... 11
• 제 2 장 국내외 기술개발 현황 ... 14
• 제1절 국내 연구 현황 ... 14
• 제2절 국외 연구 현황 ... 14
• 제3절 국내외 연구현황 비교 및 필요 연구 분야 ... 15
• 제 3 장 연구 수행 내용 및 결과 ... 16
• 제1절 벼 유전체 정보를 활용한 ‘백일미’의 극조숙 관련 유전자위 규명 ... 16
• 제2절 벼 저항전분 및 분질배유 지배 유전자 관련 분자표지 개발 ... 33
• 저항전분 지배 유전자 관련 분자표지 개발 ... 33
• 분질배유 지배 유전자(Namil(SA)-flo2) 관련 분자표지 개발 ... 52
• 분질배유 지배 유전자(Namil(SA)-flo1) 관련 분자표지 개발 ... 62
• 복합저항성 고품질 중만생 신품종 육성 ... 68
• 제 4 장 목표달성도 및 관련분야 기여도 ... 71
• 제1절 목표대비 달성도 ... 71
• 제2절 정량적 성과(논문게재, 특허출원, 기타)를 기술 ... 72
• 제 5 장 연구 결과의 활용 계획 ... 73
• 제 6 장 연구 과정에서 수집한 해외 과학 기술 정보 ... 73
• 제 7 장 연구 개발 결과의 보안 등급 ... 73
• 제 8 장 국가과학기술지식정보서비스에 등록한 연구시설·장비 현황 ... 73
• 제 9 장 연구개발과제 수행에 따른 연구실 등의 안전조치 이행실적 ... 73
• 제 10 장 연구개발과제의 대표적 연구실적 ... 74
• 제 11 장 기타사항 ... 75
• 제 12 장 참고문헌 ... 75
• 끝페이지 ... 79