초록 ▼

5. 연구결과
가. 기초유전체의 확보 연구
분석이 이루어진 11종은 절지동물(곤충) 8종 및 연체동물 3종이었다. QC 결과 11종의 경우 DNA/RNA 모두 농도 및 총량 통과되었으며 데이터 생산량 또한 30Gb (RNAseq 7 Gb) 이상이며 trim 결과 80% 의 데이터 생산량 또한 모두 성공하였다. Mitochondrial Map 의 경우 coverage는 조금씩 차이는 있었지만 대부분 고밀도로 완성도가 높게 구성되었다. Soap De Novo 및 Trinity 를 활용한 assembly 결과 다수의 conti

5. 연구결과
가. 기초유전체의 확보 연구
분석이 이루어진 11종은 절지동물(곤충) 8종 및 연체동물 3종이었다. QC 결과 11종의 경우 DNA/RNA 모두 농도 및 총량 통과되었으며 데이터 생산량 또한 30Gb (RNAseq 7 Gb) 이상이며 trim 결과 80% 의 데이터 생산량 또한 모두 성공하였다. Mitochondrial Map 의 경우 coverage는 조금씩 차이는 있었지만 대부분 고밀도로 완성도가 높게 구성되었다. Soap De Novo 및 Trinity 를 활용한 assembly 결과 다수의 contig 및 scaffold가 제작되었고 SSR 분석 후 마커개발을 하였으며 이에 따른 primer도 대량으로 제작하였다.

나. 석패목의 비교유전체 분석
추가로 채집한 2개체의 귀이빨대칭이로부터 genomic DNA를 추출하였다. 추출한 genomic DNA를 이용하여 300 bp paired end NGS sequence library를 제작한 후, HiSeq 2500 sequencer로 이전 연구결과를 포함하여 295,349,905,578 bp의 DNA 염기서열을 확보하였다. 확보한 sequence를 Soap De novo 프로그램으로 assembly를 실시하여 318,740개(>1kb)의 scaffold를 확보하였으며, 최대 scaffold size는 50,741 bp, N50 scaffold는 2,548 bp였다. 또한 physical map을 작성하기 위해 추출한 genomic DNA를 이용하여 Fosmid library를 제작하였다. 제작한 library로 3차원 pool 라이브러리를 제작한 후, Ion S5_XL NGS sequencer로 21,399,275개 클론의 말단염기서열 (4G)을 확보하였다. 말단염기서열을 이용하여 scaffold를 mapping하여 super-scaffold map을 구축하였다. 그리고 Crassostrea gigas와 Biomphalaria glabrata의 scaffold를 이용하여 Synteny 분석을 시행하였다.

(출처 : 요약문 4p)

Abstract ▼

5. Results
A. Genome survey of useful wildlife resources, including invertebrates
Analysis of 11 species includes 8 arthropods and 3 mollusks. Quality of DNA and RNA from the 15 species was suitable for sequencing, and sequencing data was more than 30 Gb (RNAseq 7Gb), and 80% of the sequence

5. Results
A. Genome survey of useful wildlife resources, including invertebrates
Analysis of 11 species includes 8 arthropods and 3 mollusks. Quality of DNA and RNA from the 15 species was suitable for sequencing, and sequencing data was more than 30 Gb (RNAseq 7Gb), and 80% of the sequence data after triming was good. Although there was slight difference in coverage, mitochondrial mapping was sufficiently. After conducting assembly with SOAP De Novo program, a number of contigs and scaffolds were generated, Markers and primers were also developed and designed with SSR analysis, respectively.

B. Comparative genome analysis of Lepidopteran resources
Genomic DNA was extracted from 2 Cristaria plicata specimens. 300 bp paired-end NGS sequence library was constructed using extracted genomic DNA.
NGS　library was sequenced on Illumina HiSeq 2500 platform. Sequencing data generated 295,349,905,578 bp respectively. Secured sequences were assembled using Soap Denovo program that produced 318,740 (1>kb) scaffold. The largest scaffold was 50,741 bp, N50 scaffold was 2548 bp. In order to build the physical map, extracted genomic DNA was used to make fosmid library clones. 3 dimensional pool library was constructed using ≒100,000 fosmid clones picked from the constructed library, and that secured end-sequences of 21,399,275 (4Gb) using the IonS5_XL NGS sequencer. Finally, super-scaffold map was constructed through the scaffold mapping using end-sequences.

(출처 : Abstract 7p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 요 약 문 ... 3
• Abstract ... 6
• 목차 ... 9
• 표목차 ... 11
• 그림목차 ... 12
• I. 서론 ... 13
• 1. 연구사업의 배경 및 목적 ... 13
• 가. 생물자원의 필요성 ... 13
• 나. NGS (Next Generation Sequencing methods)의 비약적인 발달로 인한 생명과학 분야의 패러다임 변화 ... 15
• 다. 우리나라 생물자원의 현황 ... 22
• 라. 석패목 유전체 연구의 필요성 ... 24
• Ⅱ. 연구내용 및 방법 ... 29
• 1. 과업의 범위 ... 29
• 가. 야생 동물자원의 Genome survey ... 29
• 나. 석패목 자원동물의 비교유전체 분석으로 자생 생물의 유전적 특이성 규명 ... 30
• 2. 연구추진체계 및 연구진 구성 ... 31
• 가. 연구 추진체계 ... 31
• 나. 연구진 구성 ... 32
• 3. 조사 및 분석방법 ... 35
• 가. 기초 유전체 확보 연구 ... 35
• 나. 석패목의 비교유전체 분석 연구 ... 36
• Ⅲ. 결과 및 고찰 ... 37
• 1. 기초유전체 확보 연구 ... 37
• 가. 표본 확보 ... 37
• 나. 결과 및 고찰 ... 45
• 2. 석패목의 비교유전체 분석으로 자생 동물의 유전적 특이성 규명 ... 158
• 가. 연구방법 ... 158
• 나. 결과 및 고찰 ... 159
• Ⅳ. 결 론 ... 166
• 제 1장 자생 동물자원의 유전체 분석 연구 사업의 결과 ... 166
• 1. 자생 동물자원의 Genome survey ... 166
• 2. 석패목 자원동물의 비교유전체 분석으로 자생 생물의 유전적 특이성 규명 ... 169
• 제 2장 연구 성과 ... 170
• 1. 논문 ... 170
• 2. 학술대회 발표자료 ... 174
• Ⅴ 기대성과 및 향후계획 ... 176
• Ⅵ. 참고문헌 ... 201
• 끝페이지 ... 213