[보고서]비교의학기반 반려견·인간 공통적용 유선암 진단기술 개발

조제열

보고서 정보

주관연구기관

서울대학교
Seoul National University

연구책임자

조제열

참여연구자

오범조

보고서유형

최종보고서

발행국가

대한민국

언어

한국어

발행년월

2019-01

과제시작연도

2018

주관부처

과학기술정보통신부
Ministry of Science and ICT

등록번호

TRKO202000006432

과제고유번호

1711065027

사업명

바이오.의료기술개발(R&D)

DB 구축일자

2020-07-29

키워드

비교의학.유선암.진단마커.코호트.다중오믹스.Comparative medicine.breast cancer.biomarker.cohort.multi-omics.

표 국내 연령별 유방암 발생자 수 분포 및 여성 유방암의 연도별 발병 추이
표 미국 ACC 보건위원회의 반려동물(개) 암 발병률
표 다중오믹스 통합분석을 통한 파이프라인 구축 연구 개념도
표 분석 파이프라인 개발 및 비교의학적 분석기법 구축
표 미국 국립보건연구소(NIH)의 대규모 Epigenome 프로젝트
표 세계 맞춤의료 시장 전망
표 기술수준평가 결과(안)
표 구축된 코호트 수 목표 및 성과 (2018년 10월 15일 기준)
표 정량적 목표 및 성과 (2018년 10월 15일 기준)
표 서울대학교 수의과대학 내 ‘비교의학 기반 암진단 연구센터(CCRC)’ 사업단 중앙생체시료저장소 시설, 설비
표 채집 & 보관 중인 임상시료 샘플 예시
표 참여 환자 시료 정보 database 예시
표 IACUC 승인서 공동연구원 중 임상교수이면서 직접 시료수집에 참여하는 서울대학교 동물병원 김완희 교수를 책임자로 동물실험윤리위원회 승인서 획득
표 IRB 승인서 본 연구의 총괄연구책임자인 서울대학교 수의과대학 조제열 교수를 책임자로 생명윤리위원회 승인서 획득
표 비교의학 연구과제를 위한 보호자 안내 및 동의서 예시
표 수술을 통한 조직 시료의 수집
표 헤어벳(HAIR VET, 대표 김종석) 모발 중금속 및 미네랄 검사 의뢰. (가) 모발 미네랄 검사 과정, (나) 모발 검사 결과지 양식, (다) ‘헤어벳’ 제공 반려동물 모발 미네랄 검사 신청서 양식
표 최소 임상 정보 (Minimal Clinical Data set) 예시 NCI′s Best Practices for Biospecimen Resources의 사람을 대상으로 한 Minimal Clinical Data set을 수의학에 맞게 수정
표 CCRC 비교의학기반 반려견 암진단 연구센터 설문지 입력 사이트 오프라인 설문지와 동일한 항목으로 구성
표 보호자 오프라인 설문지 양식 예시 1 반려동물 및 보호자 정보, 기본 생활환경, 식이 습관, 환경 노출력(거주 환경)에 대한 정보를 수집
표 임상샘플뱅크 – 임상시료 정보 database 예시 1
표 임상샘플뱅크 – 임상시료 정보 database 예시 2
표 반려동물-인간 코호트 및 대조군/검증 세트 구성
표 연구 참여 반려견·인간 임상샘플 누적 검체수 (2018년 10월 기준)
표 연구 참여 유선종양 반려견 품종 분포
표 2017년 대한민국 국민의 ‘양육 중인 개 종류’ 분포도 2017년 ‘Korea Pet Food Association (KPFA)’에서 발행한 ‘반려동물 보유 현황 및 국민 인식 조사 보고서’에 제시된 도표
표 연구 참여 유선종양 반려견 조직병리검사 결과 ‘양성 대 악성’ 진단 비율
표 양성 유선종양 Subtype (Histopathologic result)
표 악성 유선종양 Subtype (Histopathologic result)
표 (가) 유선종양 개의 모발에서 중금속 및 미네랄 Level 평가 Report (BADEA et al., 2018), (나) 서울대-해마루 동물병원 유선종양 환자(반려견) 모발 검사 ‘헤어벳(HAIR VET, 대표 김종석)’ 의뢰결과
표 (가) 한국 domestic dog에서 sampling한 204개 모발 샘플을 대상으로 Cd, Hg, Pb, Cr 수치 조사(S.H Park et al., 2005), (나) 서울대-해마루 동물병원 유선종양 환자 (반려견) 모발 검사 ‘헤어벳(HAIR VET, 대표 김종석)’ 의뢰결과 중 Cd, Hg, Pb, Cr 항목
표 서울대-해마루 동물병원 유선종양 환자(반려견) 모발 검사 ‘양성 유선종양 그룹 vs 악성 유선종양 그룹’ 평균값 수치 비교
표 (가) Estrogen과 유선암의 Risk를 조사한 인의 논문으로 Serum estradiol농도와 유선암의 relative risk를 제기하고 있는 Report(Mark clemons et al., 2001), (나) 서울대- 해마루 동물병원 유선종양 환자(중성화 안한 암컷 개체)의 혈청 에스트로겐 및 프로게스테론 농도
표 (가) 246마리 유선종양 환자견에서 Hematologic abnormalities를 분석한 Report(Maria A. Lallo et al., 2016), (나) 서울대-해마루 동물병원 유선종양 환자 혈액검사 결과 분석 항목 (Thrombocytosis, Hyperproteinemia, Leucopenia항목)
표 임상시험 준비 및 수행 과정
표 IRB 승인 통지서
표 인체라이브러리 및 임상역학정보 DB 구축 예시
표 환자 모집 포스터
표 임상검체 모집정보
표 2차년도 모집 유방암환자 60명의 임상정보 수집 예시
표 8종 필수미량원소 건강인/유방암환자 측정결과 비교
표 미량원소 예비실험결과 예시
표 혈중 미량원소와 유방암 발병위험도 간의 연관성 분석결과
표 혈중 미량원소와 유방암의 특정 인자 간의 연관성 분석 결과
표 유방암 병기에 따른 copper, selenium, zinc 혈중 농도 추이
표 13종 필수미량원소 건강인/유방암환자 측정결과 비교
표 유방암환자의 환경지표 중 필수미량원소 측정 결과
표 미량원소의 약물치료 전후의 농도 변화: 1, 치료전; 2, 치료후
표 유방암 환자의 영양지표 중 혈중 비타민 농도 평가
표 유방암 치료 전·후의 미량원소 8종의 혈중 농도 변화
표 임상역학자료 분석 결과
표 전향적 연구를 통한 유방암 환자 및 대조군에서 미량 원소 및 중금속 다중 지표 측정값
표 전향적 연구를 통한 유방암 환자 및 대조군에서 미량 원소 및 중금속 다중 지표 분석 결과
표 미량원소 및 중금속 간 상관성 평가 결과
표 구축된 WGS 분석 자동화 파이프라인
표 WGS 분석 방법 개요
표 발굴한 SNP과 Indel 정보를 저장하고 있는 VCF파일 형식
표 국내 4개 다품종
표 Q20과 Q30 으로 나타낸 유전체 데이터의 퀄리티
표 생성된 전장유전체의 양 (Gb)
표 각 품종별 WGS 결과 통계
표 시퀀싱 데이터의 맵핑을 통해 찾아진 각 개체별 돌연변이 개수
표 WGS 결과 예시
표 반려견 유전체 내 구조적 변이 분포도
표 유전체 역전사인자 절삭 종류와 위치 예시
표 비교의학기반 반려견 인간 공통적용 유선암 진단기술 홈페이지 구축
표 반려견과 보호자의 환경성 위험 노출정도에 대한 설문조사지
표 표준 후성유전체 지도 작성 개요. (A) 개의 대표 장기 중 암의 발생 빈도가 높은 11개의 장기를 대상으로 후성 유전제 및 전사체 분석을 진행함. (B) 각 조직 및 각 후성유전체 마커의 데이터 퀄리티를 색상코드로 나타냄. (C) 연구진행 방향 및 주요 분석 내용
표 표준 후성유전체 분석. (A) 개의 유전체를 본 연구에서 각 후성유전마커를 통해 정의한 염색질의 상태에 따라 분류하고 모든 조직에서 전사체와 메틸롬과 함께 통합분석함. (B) 각 염색질의 히스톤 변이를 대표하는 마커들이 각 염색질 상태에 따라 다르게 나타남. (C) 각 조직에서 9번 염색체의 특정위치가 어떤 상태로 존재하는지를 각 후성유전 마커들의 존재와 강도 전사체 패턴을 통해 보여주고 있음
표 조직별 super enhancer 위치와 관련 유전자의 선별
표 조직 특이적인 super enhancer 의 분석 (A) 소뇌 조직에 대한 슈퍼 인핸서 (Super-enhancer) 분석 결과 (B-C) 각 조직에서 슈퍼 인핸서와 전형적인 인핸서의 형태 확인 및 두 위치에서의 5개 히스톤 결합 밀집도와 메틸화 정도 비교 (D-E) 슈퍼 인핸서 위치상의 H3K4me3 결합 정도 비교를 통한 조직 특이적 슈퍼 인해서 선별 및 유전자 발현을 이용한 조직 특이적 슈퍼 인핸서 관련 유전자 선별 (F) 조직 특이적 슈퍼 인핸서 및 유전자 발현을 보이는 위치의 시각화 예시
표 단백체 생산에 사용된 장기
표 각 장기별 확인된 단백질과 펩타이드 수
표 heatmap cluster 분석
표 각 장기별 GO분석
표 유선암 조직 분석을 위한 pathway 분석
표 유선 조직에서 동정된 단백질 관련 Signaling pathway map (Breast cancer pathway, MAPK signaling pathway, WNT signaling pathway)
표 대뇌 조직에서 특이적으로 동정된 단백질의 Serotonergic synapse pathway map 결과
표 고환 조직에서 특이적으로 동정된 단백질의 DNA replication pathway map 결과
표 간 조직에서 특이적으로 동정된 단백질의 beta-alanine metabolism pathway map 결과
표 콩팥 조직에서 특이적으로 동정된 단백질의 protein and carbohydrate digestion and absorption pathway map 결과
표 조직 특이적 단백질 리스트 (소뇌, 결장조직, 간, 유선, 대뇌, 췌장, 난소, 신장, 전립샘, 폐, 고환)
표 각 장기에 특이적으로 많이 발현되는 단백질 list
표 각 장기에서만 발현되는 단백질 list
표 사람과 반려견의 단백체 보존맵
표 Exome 해독 Data 분석
표 Normal과 Cancer에 특정 유전자 영역의 과메틸화와 저메틸화(Rauch TA et al., 2007, PNAS)
표 ChIP-seq 자동분석 파이프라인 개요
표 구축된 ChIP-seq 데이터 자동화 분석 파이프라인 예시
표 히스톤 변이에 따른 전사조절 (Pundhir. S et al., 2015, Frontiers in Genetics)
표 ChIP-seq 분석 파이프라인
표 Super-enhancer에 의한 유전자 발현
표 ATAC-seq을 이용한 분석 방법 개요 (Buenrostro et al. 2013, Nat. Method)
표 Stranded-specific mRNA-seq을 이용한 전사체 분석 (Vijayan et al. 2011 Genome Biol)
표 RNA-seq 분석 자동화 파이프라인1 - Assembly
표 RNA-seq 분석 자동화 파이프라인2 – Annotation
표 RNA-seq 분석 파이프라인 1
표 RNA-seq 분석 파이프라인 2
표 조직별 전사체 염기서열 분석 후 assembly한 결과 발굴된 exons/introns
표 오믹스 데이터의 수치적 해석
표 분석 파이프라인 개발 및 비교의학적 분석기법 구축
표 표준 데이터베이스 기반 다중오믹스 데이터 통합분석
표 각 Histone mark에 대한 11개 조직 사이 Spearman 상관 관계도
표 Histone mark 특징을 이용한 반려견 11개 조직 통합 Chromatin states reference 구축
표 정상, 유선암, 타암, 악성종양 RNA-seq 100샘플 분석 맵핑률
표 정상, 유선암, 타암, 악성종양 RNA-seq 100샘플 분석의 시각화
표 인간-쥐 Comparative Genomics 연구를 통해 유전체학적 특성 규명 (A Breschi et al., 2017, Nature Genetics)
표 다중오믹스 분석을 통한 후성유전체학 지도 구축(A Kundaje et al., 2015, Nature)
표 통합 exome-sequencing 접근법에 일반적인 개요(Leong et al., 2014, Medical science)
표 통합 RNA seq 분석을 통한 Correlation 검증 및 유전자 발현차이 분석 모식도 (Der et al., 2017, Nephrology)
표 변이 유전자의 기능적 Gene Ontology(GO) 분석의 모식도
표 후성유전학 데이터의 통합으로 인한 히스톤 마커 스크리닝 (Meissner et al., 2008, Nature)
표 데이터 유효성 평가를 통한 데이터 필터 시 최종 결과의 주요 요인의 변화를 나타냄
표 데이터와 분석파이프라인 설명 및 오믹스 데이터 분석을 통해 수행한 연구 모식도
표 염색질 상태 범주에 따른 종간 유전체서열 보존 비율 및 매핑 위치에서의 ChIP-seq 밀집도를 이용한 상관관계 측정
표 인간과 개 종간의 13개의 염색질 상태에 대한 5종류의 히스톤 마커 상관관계 계산 및 통계적 유의성 정보 출력 자동화 프로그램 파이프라인
표 Ensembl 데이터베이스를 통한 서로 다른 4종 사이의 일대일 매칭 유전자 선별
표 4종류의 서로 다른 종에 대해 5개 조직의 RNA-seq 데이터 분석을 통한 종간 유전자 발현 유사도 예측
표 선형혼합모델 (LMM) 분석을 통한 특징적 유전자 선별 및 시각화 파이프라인 구축
표 선형 혼합 모델 (Linear Mixed Model, LMM)을 통한 종 특이적 또는 조직 특이적 발현 유전자 선별
표 선형 혼합 모델 분석을 통해 선별한 두 조건의 유전자의 목록 겹침 정도 확인
표 LMM분석을 통해 선별한 종 특이적 발현 유전자에 대해 다양한 조건에 따른 군집분석을 통해 세부적 조건 유전자 목록 선별
표 서로 다른 4종류 종에 대해 조직 특이적 발현 유전자 선별 및 Gene Ontology (GO)분석 결과 정리
표 GEO에 공개된 차세대 염기서열 데이터를 이용한 유전체 분석 방법도
표 두 PCA plot을 이용한 전사체 데이터 유효성 평가
표 DEG 분석의 단일 표본 평가
표 Gene Ontology 분석의 단일 샘플 평가
표 공공저장소의 전사체 데이터의 체계적인 평가
표 시료 정보
표 Exome-seq 모식도
표 Agarose gel electrophoresis
표 대상 시료 QC 결과 요약
표 시퀀싱 분석 결과 요약 (총 Base, 총 read, Quality 30 이상인 염기 %, 평균 Quality score)
표 시퀀싱 QC 결과
표 대상 시료에 대한 다양한 종류의 변이 예시
표 암조직 및 인근 정상조직 20쌍에 대한 유전체 영역에서의 돌연변이 유형
표 Chromosome별 유전자 돌연변이의 AD ratio
표 여러 개체에서 공통적으로 발견된 돌연변이 (PIK3CA)
표 사람 유방암 환자에 있어서 상당한 돌연변이를 가지고 있는 유전자
표 사람과 개의 PIK3CA 유전자 identity
표 PIK3CA 도메인
표 PIK3CA 시퀀싱 확인 결과 (A→G)
표 Validation 결과 돌연변이가 확인된 시료 정보
표 사람 유방암 환자와 개 유선암의 PIK3CA 유전자 돌연변이 비교
표 Abcam사의 H3K27me3항체 반응성 테스트
표 Chip-seq 실험 진행 순서
표 사람과 개의 히스톤 H3 subunit의 아미노산 시퀀스 유사도 확인
표 10쌍의 cancer type
표 ChIpped DNA 의 size distribution check
표 shearing 후 사이즈 확인
표 Constructed library size distribution
표 Histone mark 별 peak calling normalize 후 genomic distribution 확인
표 Promoter에서의 histone mark signal visualization
표 60개 시퀀싱 데이터 PCA분석
표 혈액 단핵구 및 조직에서의 MBD-seq 분석을 위한 프로토콜 확립. (A) MBD-seq 프로토콜 확립 (B) 개의 혈액 단핵구 및 조직으로부터 얻은 Genomic DNA로 MBD-seq을 수행하기 위한 DNA Fragmentation 조건 확립. (Sonication을 이용하여 DNA를 200~300bp 이하의 크기로 조각내는 과정은 MBD-seq data의 질 향상을 높여주는 중요한 단계임)
표 MBD-enrich를 통해 특이적으로 얻은 메틸화 DNA의 검증. (A) MBD를 이용하여 메틸화된 DNA만을 특이적으로 얻었는지의 여부를 Real-time PCR을 통해 검증. (B) MBD-enriched DNA QC를 통한 DNA size 와 농도에 대한 QC결과. (DNA size : 50-350bp) (C) MBD-enriched DNA의 시퀀싱과정을 위해 제작된 library에 대한 QC결과
표 유선암 환자견으로부터 얻은 암조직 및 인근정상조직 11쌍에 대한 MBD-seq결과. (MBD-enrich를 하지 않은 Input DNA (암 1건, 인근정상 1건)에 대한 시퀀싱을 포함하여 총 24개의 NGS 데이터 생산완료. (A) 유선암 환자견의 암 유형 별 MBD-seq이 수행된 개수. (B) NGS data 생산량 (>6Gbp) 과 Q20, Q30 score에 대한 report. (C) 생산된 시퀀싱 데이터에 대한 FastQC 결과
표 생물정보학을 이용한 MBD-seq data의 분석 및 검증과정
표 (A) 각 sample 별 counts 의 분포를 box plot을 통해 확인 (노란색 : 정상군, 파란색 : 암 / 왼쪽부터 simple carcinoma, ductal carcinoma, complex carcinoma). (B) 전체 구간에서의 counts 값은 샘플 간 거의 유사한 것을 correlation 분석을 통해 확인
표 1kb 당 존재하는 CpG 개수에 따른 methylate DNA의 counts 값. 대부분 Intermediate CpG region에 많이 존재하고 CpG density가 증가할수록 암조직(빨간색)에서 정상조직(초록색) 대비 counts 또한 높아지는 경향을 볼 수 있음
표 개 유전체에서 알려진 CGI promoter와 Non-CGI promoter에서의 counts 값. CGI promoter 9,222 개 중 3,366개 (약 36.5%), Non-CGI promoter 27,638 개 중 11,972 개 (약 43.32%) 의 promoter를 cover함
표 세 가지 암종 (A:Simple carcinoma, B:Ductal carcinoma, C:Complex carcinoma)에서의 유전자 관련 부위 (각각의 막대그래프 왼쪽에서부터 전사시작부위(Transcriptions start site; TSS), Intron, Exon, Intergenic) 에서의 CpG region 에 따른 DMR 분포. 각 암종 별 그래프에서 왼쪽은 hypermethylted DMR, 오른쪽은 hypomethylated DMR의 분포를 나타냄
표 유전자지도에서 (A) 염색체 (chr1~chrX), (B) CpG regions (red: CpG islands, pink : CpG shores, white : CpG shelves, blue : Non-CpG regions), (C) Differentially expressed genes; DEGs (red : upregulated genes, blue : downregulated genes), (D) Differentially methylated genes; DMGs (red : hyper methylation, blue : hypomethylation, 높이 : 해당 부분에 포함되어 있는 CpG dinucleotides 의 개수)를 나타낸 원형그래프
표 세 가지 암 종에서 통계분석을 통해 선별된 Differential methylated region을 나타내는 volcano plot (A) 과 각 샘플 별로 DMR에 대한 값을 이용해 clustering 하고 heatmap을 통해 나타낸 그림 (B)
표 유전자 프로모터 부위에서 변화한 메틸레이션 부위에 의해 나뉘어지는 암 종별 clustering 결과
표 각 암종에서 발견된 DMR들이 암 종을 구분하는 지를 나타내는 heatmap
표 각 암 종에서 프로모터 부위에 존재하는 DMR과 연관된 상위 대표 유전자 리스트 (red : hypermethylated promoter gene, green : hypomethylated promoter gene)
표 암 조직에서 메틸레이션의 변화가 있었던 유전자 군들의 gene ontology (GO) 분석 결과
표 시료 및 암종
표 RNA-seq 분석 데이터 정보
표 Heatmap clustering. (A) 암과 정상 그룹에서 차이나게 발현되는 유전자 그룹은 heatmap clustering을 통해 암과 정상을 구분지을 수 있음. (B) 각 서브그룹의 유선암들도 전사체 사이로 정상과 암을 구분지을 수 있음
표 암과 정상조직에서 차이나게 발현하는 유전자 그룹을 대상으로 한 분석. (A) Volcano plot을 통해 암에서 4배 이상 증가하며 p value 0.01 이하인 유전자 그룹을 선별. (B) 각 유선암 서브타입사이에 존재하는 유전자 리스트의 비교. (C) 각 그룹 간 상관관계. (D) PCA 분석을 통해 이들 유전자 군이 암과 정상 그룹을 구분지을 수 있음을 보임
표 사람 유방암의 분자생물학적 서브타입과 개 유선암 조직학적 서브타입 간의 상관관계
표 유선암과 정상에서 차이나는 유전자 군의 기능분석 (A) 전체 비교에서 나오는 유전자 그룹의 GO analysis. (B), (C), (D) 각각 complex, ductal simple 타입에서 차이나는 유전자 군의 GO analysis
표 pathway 분석을 통한 유선암 각 서브그룹간의 유전자 발현 조절차이
표 PROMPT RNA와 유전자 RNA 사이에 존재하는 연관성 분석 (A) 시료들의 전사체에서 PROMPT RNA와 인근 유전자의 발현 양을 IGV 상에서 확인. CADM4 유전자는 PROMPT RNA 와 정방향 연관성을 가지고 CYGB 유전자는 유전자와 PROMPT 사이에 역방향 연관성을 보임. (B) 암과 정상에서 차이나는 유전자군들과 그 앞에 존재하는 PROMPT RNA 발현의 양상에 따른 분류
표 추가시료를 대상으로 전사체로부터 얻어진 유전자들의 발현 확인 A. FN1, BGN 유전자는 유선암에서 증가, SCD 유전자는 암에서 감소, A5B는 콘트롤
표 데이터 생성 과정
표 반려견 혈장 단백질 분석
표 암조직에서 증가하는 단백질 list
표 암조직에서 증가하는 단백질의 GOCC분석
표 암조직의 형태 분류
표 분석에 사용된 암 조직
표 ductal adenoma와 carcinoma 조직 비교 분석
표 complex adenoma와 mixed type carcinoma 조직 비교 분석
표 암조직에서 증가하는 단백질 list
표 암 조직에서 qRT-PCR 수행
표 사람 혈액에서의 CCL23 발현
표 유방암 진행 정도에 따른 CCL23 발현
표 유방암 세포주에서 CCR1, CCL23 발현 분석
표 wound healing assay
표 유섬암 환자견으로부터 얻은 암조직 및 인근정상조직 대표적으로 1쌍에 대한 MBD-seq 분석 결과. A. MBD-seq 분석 전략에 대한 대략적인 모식도 B. 수행된 MBD-seq data의 CG coverage 분석. C. SeqMonk통한 Genome 전체에서의 암 조직과 인근정상조직 간의 메틸화 정도 차이를 보여주는 Chromosome View. D. 암 조직과 인근정상조직 간에서 메틸화 정도에 큰 차이를 보여주는 대표적인 유전자에서의 Gene Annotation View
표 유선암 견 혈액의 PBMC에서 수행한 MBD-seq 결과에서 CpG 부분에 대한 coverage를 나타낸 그림
표 101개 샘플에서의 MBD-seq data를 normalization을 한 후 샘플 별 correlation 분석을 통해 실험의 재현성 확인
표 유선암 (carcinoma) 5종 (A), 유선종양 (adenoma) 4종 (B)에서 정상 PBMC 대비 통계적으로 차이를 보이는 methylation region의 선별. 선별된 DMR 들을 이용해 수행한 clustering 분석과 PCA 분석 결과 각각 정상과 암이 확연하게 나뉘어지는 것을 확인
표 ATAC-seq 모식도
표 ATAC-seq read 패턴
표 말초혈액 단핵구에서의 ATAC-seq 분석을 위한 프로토콜 확립. 개의 말초혈액 단핵구의 ATAC-seq을 위한 크로마틴 조각내기. transposase로 크로마틴을 150-1,000bp로 조각내면서 동시에 어댑터를 붙인 후 조각난 사이즈를 아가로즈 젤로 확인
표 ATAC-seq 진행한 개의 성별과 나이, 품종, 암종류
표 샘플 종류 및 시퀀싱 통계학적 결과
표 Ductal carcinoma 개의 말초 혈액 단핵구에서 ATAC-seq의 FastQC결과
표 Complex carcinoma 개의 말초 혈액 단핵구에서 ATAC-seq의 FastQC결과
표 정상견의 말초 혈액 단핵구에서 ATAC-seq의 FastQC결과
표 ATAC-seq 데이터 기본 특징
표 정상견과 ductal carcinoma견의 말초혈액 단핵구에서의 프로 모터 지역의 크로마틴 구조
표 ATAC-seq signal heatmap
표 ATAC-seq 데이터와 전사체 분석 데이터의 조합
표 complex carcinoma와 ductal carcinoma에서 특이적으로 변화하는 오픈 크로마틴
표 ATAC-seq 진행한 개의 성별과 나이, 품종, 암종류
표 샘플 종류 및 시퀀싱 통계학적 결과
표 양성종양견의 말초 혈액 단핵구에서 ATAC-seq의 FastQC결과
표 유선암견의 말초 혈액 단핵구에서 ATAC-seq의 FastQC결과
표 타암견의 말초 혈액 단핵구에서 ATAC-seq의 FastQC결과
표 정상견의 말초 혈액 단핵구에서 ATAC-seq의 FastQC결과
표 정상 샘플 또는 유선암 샘플에서의 말초혈액 단핵구의 핵으로부터 잘린 ATAC-seq 단편 크기
표 정상 샘플 또는 유선암 샘플에서 오픈 크로마틴의 유전체 특징 분포
표 정상 샘플 또는 유선암 샘플에서 오픈 크로마틴의 유전체 특징 분포 (normalization 전)
표 PCA 분석
표 정상 샘플 또는 유선암 샘플에서 오픈 크로마틴의 유전체 특징 분포 (Z-score normalization 후)
표 A7을 제외한 후 PCA 분석
표 Adenocarcinoma와 normal 비교 volcano plot
표 Benign과 normal 비교 volcano plot
표 Benign과 adenocarcinoma 비교 volcano plot
표 annotation된 위치와 가까운 유전자의 위치
표 100개의 PBMC 시료로부터 수득된 RNA 퀄리티 확인
표 RNA isolation 및 전사체 분석 과정
표 개와 사람의 전사체 발현 비교 volcano plot
표 100개 혈액시료의 heatmap clustering
표 양성종양 혹은 암 특이적 유전자 그룹의 GO analysis
표 암에서 enriched 되어진 유전자의 면역기능
표 암에서 발현이 감소하는 유전자 그룹
표 암에서 발현이 증가하는 유전자 그룹
표 기계학습 알고리즘 구축
표 기계학습을 통한 암과 정상 시료의 분리검출
표 환자견 및 정상견 혈장에서의 단백체 분석
표 volcano plot 비교 분석
표 Normal에 비해 Tumor와 Benign에서 증가하는 단백질
표 Tumor vs Normal, Benign vs Normal 비교분석
표 Tumor에서 증가한 단백질 문헌 서치
표 샘플 종류 및 분석 방법
표 chromatogram peak
$fraction당 찾아진 단백질 수$ 표 fraction당 찾아진 단백질 수
표 반려견, 사람 혈액 분석
표 반려견, 사람 혈액 분석
표 MRM 분석을 위한 혈액 시료 준비 과정
표 공통 마커 MRM 분석
표 MRM 분석 결과
표 반려견과 사람의 PGLY2, GP1BA Homology 비교
표 PGLY2, GP1BA epitope 분석
표 lncRNA 선별 과정
표 lncRNA 발현 양상 조사
표 Real time RT-PCR을 통한 lncRNA와 관련 유전자의 발현 양상 확인
표 siRNA이용한 lncRNA의 knockdown과 관련 유전자의 발현 변화
표 엑소좀 분리 프로토콜
표 size distribution of exosome (L: CHMp, R: CHMm)
표 EF-TEM for Exosome
표 Exosome decreases recipient cell’s viability
표 Exosome decreases recipient cell’s growth
표 Recipient cell’s mobility is increased by Exosome
표 QC reports for exosomal RNA(L : CHMp, R: CHMm)
표 Raw data of Exosomal proteins and Histogram
표 Go analysis of Exosomal proteins
표 연구진행 과정
표 사람과 개 생쥐에서의 LINE-1 유사성 분석
표 조절부위의 CGI 와 유선암 세포주에서 메틸화 양상
표 MSRED-PCR로 확인한 메틸화 정도
표 반려견으로부터 수득된 cfDNA 양 및 LINE-1의 메틸화 양상
표 개의 혈장 cfDNA에 존재하는 LINE-1 메틸화의 마커로서의 특이도, 민감도
표 사람의 LINE-1을 대상으로 비교의학 컨셉 확인
표 실험 모식도
표 sequencing 데이터에 대한 QC와 annotated CG의 genome 상에서의 분포
표 Fragment size enrichment
표 CpG annoation에 대한 pie plot
표 heatmap clustering in PBMC
표 heatmap clustering in tissue
표 유전체 부위에 따른 DMR 분포 volcano plot
표 면역세포 GO 분석
표 조직과 혈액에서 얻어진 DMG에 대한 Gene ontology 분석
표 RNA 발현과 메틸레이션과의 상관관계
표 Dot plot 으로 나타낸 CpG 위치의 메틸화 양상. CYP21A2 유전자와 KCNH2 유전자 프로모터 위치의 메틸화가 암과 정상에서 차이가 나고 있음
표 CHMp와 CHMm 의 Kv1.3, 1.5, 2.1, 3.4 발현 비교
표 CHMp와 CHMm간 MDR gene 발현
표 프탈레이트 대사체 분석을 위한 LC-MS/MS 조건
표 프탈레이트 대사체의 총이온크로마토그램(Total ion chromatogram, TIC)
표 대상물질(n=18)과 표준물질(n=13)의 기기분석 조건
표 분석대상물질(n=18)의 개별 chromatogram
표 분석대상 표준물질(n=13)의 개별 chromatogram
표 소변 중 프탈레이트 대사체 분석 절차도
표 분석물질 별 정량한계 및 검량선 범위
표 개별 대상물질의 검량선(calibration curve)
표 대상물질별 blank concentration, 회수율 결과
표 소변 중 프탈레이트 대사체 농도 기술통계 결과
표 소변시료 중 프탈레이트 대사체의 농도 분포
표 소변시료 중 프탈레이트 대사체의 상대 분포
표 비스페놀 아날로그(Bisphenol analogues, BPs) 분석을 위한 LC-MS/MS 조건
표 대상물질(n=8)과 표준물질(n=3)의 기기분석 조건
표 비스페놀 아날로그(Bisphenol analogues, BPs)의 총이온크로마토그램(Total ion chromatogram, TIC)
표 분석대상물질(n=8)의 개별 크로마토그램
표 내부표준물질(n=3)의 개별 크로마토그램
표 소변시료 중 비스페놀 아날로그 분석 절차도

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