초록 ▼

전라북도 완주군 봉동읍 오이 시설재배농가에서 수집한 균개로부터 genomic DNA를 분리하고 NGS sequencing을 실시하여 유전체 염기서열을 결정함
또한 total RNA를 분리하고 IsoSeq library를 제조하여 sequencing을 실시함
얻어진 조contig 염기서열들을 다양한 DB에 대하여 BLAST 분석하여 곤충이나 다른 미생물, 식물에서 유래한 것들을 제거하고 61.12%만이 순수하게 오이흰가루병균에서 유래한 것으로 판단하여 취하고 유전체 크기는 253.13 Mb로 추정함
오염을 제거하고 얻

전라북도 완주군 봉동읍 오이 시설재배농가에서 수집한 균개로부터 genomic DNA를 분리하고 NGS sequencing을 실시하여 유전체 염기서열을 결정함
또한 total RNA를 분리하고 IsoSeq library를 제조하여 sequencing을 실시함
얻어진 조contig 염기서열들을 다양한 DB에 대하여 BLAST 분석하여 곤충이나 다른 미생물, 식물에서 유래한 것들을 제거하고 61.12%만이 순수하게 오이흰가루병균에서 유래한 것으로 판단하여 취하고 유전체 크기는 253.13 Mb로 추정함
오염을 제거하고 얻어진 유전체는 209,258,416 bp 로서 예측된 253,130,281 bp의 82.67%를 커버함
Scaffold 개수가 1,116개로 CEGMA 및 BUSCO 분석결과 99%를 넘어, 최근에 보고되는 다른 진균들에 비하여 유전체 완성도는 보통 내지 우수한 것으로 판단되었음
단백질을 암호화하는 유전자는 13,320개로 추정되었고 유전체의 총 62.76%가 반복서열이었음
오이흰가루병균의 기능으로서 가장 중요한 것은 절대활물 기생균으로서 기주로부터 영양분을 탈취하여 이용하는 것, 그리고 강력하고 광범위한 약제저항성인데, 약제저항성을 일으키는 요인은 sterol 14-demethylase 유전자는 1개 copy만 존재하였고, cytochrome P450 유전자는 13 copy가 존재하였음

(출처 : 요약서 3p)

Abstract ▼

Purpose&Contents
Powdery mildew is one of the most common fungal diseases against cucumber in the world and is caused by Podosphaera xanthii which is an obligate biotrophic pathogen. This is the first report on the genome of the pathogen. The purpose of this study is to publicize the genome seque

Purpose&Contents
Powdery mildew is one of the most common fungal diseases against cucumber in the world and is caused by Podosphaera xanthii which is an obligate biotrophic pathogen. This is the first report on the genome of the pathogen. The purpose of this study is to publicize the genome sequence and to enhance the studies on this disease.

Results
The draft genome of one Korean isolate of Podosphaera xanthii was obtained. The estimated genome size is 253 Mbp, and 14,208 genes were predicted. In P. xanthii, 26 cytochrome P450 related genes were identified, whereas there are 9 those genes in Erysiphe necator (grape powdery mildew).

Expected Contribution
The genome information will be used for understand the mechanism of the resistance against pesricides and development of new fungicides. The detection technique will be applied on the field.

(출처 : Summary 6p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 국 문 요 약 문 ... 5
• Summary ... 6
• 목차 ... 7
• 제 1 장 연구 개발 과제의 개요 ... 8
• 제1절 연구 개발 목적 ... 8
• 제2절 연구 개발의 필요성 ... 9
• 제3절 연구 개발 범위 ... 9
• 제 2 장 연구 수행 내용 및 결과 ... 9
• 제1절 균주 수집 ... 9
• 제2절 핵산 분리, 유전체 및 전사체 염기서열 결정, 분석 ... 11
• 제3절 약제 저항성/감수성 균주 확보 및 변이 탐색 ... 19
• 제4절 오이흰가루병균 특이 유전체 염기서열을 이용한 검출기술 개발 ... 21
• 제 3 장 목표달성도 및 관련분야 기여도 ... 25
• 제1절 목표대비 달성도 ... 25
• 제2절 정량적 성과(논문게재, 특허출원, 기타)를 기술 ... 26
• 제 4 장 연구 결과의 활용 계획 ... 26
• 제 5 장 연구 개발 결과의 보안 등급 ... 26
• 제 6 장 연구시설·장비종합정보시스템에 등록한 연구시설·장비 현황 ... 27
• 제 7 장 연구개발과제의 대표적 연구실적 ... 27
• 제 8 장 기타사항 ... 27
• 제 9 장 참고문헌 ... 27
• 끝페이지 ... 29