초록 ▼

STEMDB (STem cell Epigenome Map DataBase)를 구축하여 인간 줄기세포 3종과 이로부터 분화된 세포 3종류에 대해서 유전자 발현량, DNA 메틸화, 그리고 히스톤변형 정보를 모아서 유전체 스케일로 제공함. 히스톤 변형 데이터를 이산화시켜서 매트릭스 형태로 변환시킨 뒤 Non-negative Matrix Factorization 기법과 clique-detection 알고리즘을 활용해서 히스톤변형 모듈을 발견하는 알고리즘을 개발함. Hi-C 데이터에 내재되어 있는 error들을 분석하고 효과으로 제거한 새로

STEMDB (STem cell Epigenome Map DataBase)를 구축하여 인간 줄기세포 3종과 이로부터 분화된 세포 3종류에 대해서 유전자 발현량, DNA 메틸화, 그리고 히스톤변형 정보를 모아서 유전체 스케일로 제공함. 히스톤 변형 데이터를 이산화시켜서 매트릭스 형태로 변환시킨 뒤 Non-negative Matrix Factorization 기법과 clique-detection 알고리즘을 활용해서 히스톤변형 모듈을 발견하는 알고리즘을 개발함. Hi-C 데이터에 내재되어 있는 error들을 분석하고 효과으로 제거한 새로운 알고리즘을 개발하고, Hi-C 데이터로부터 염색체의 3차원 구조를 구하는 기술 개발함.

(출처 : 보고서 요약서 3p)

Abstract ▼

This is a final report for "Bioinformatics pipeline for stem cell epigenomics". In this project, we aimed to construct database for epigenetic profiles in human embryo stem cell and develop a new algorithm to understand stem cell related epigenetic mechanisms. We constructed a database which contain

This is a final report for "Bioinformatics pipeline for stem cell epigenomics". In this project, we aimed to construct database for epigenetic profiles in human embryo stem cell and develop a new algorithm to understand stem cell related epigenetic mechanisms. We constructed a database which contains DNA methylation level and gene expression profiles of human embryo stem cell. We also developed web server to infer the relationship between histone modifications and gene expression levels. To find a relationship between the physical distance and the contact frequency, we propose a polymer model derived from the Langevin equation. We also elucidated the spatial genomic contexts underlying the biological function of functionally related genes, and found that correlation between the two measures was statistically significant on a genome-wide scale Thus, we suggested that genomic loci with similar biological functions are situated in close three-dimensional proximity in the nuclear space.

(출처 : SUMMARY 5p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 요 약 문 ... 4
• SUMMARY ... 5
• CONTENTS ... 6
• 목차 ... 6
• 제1장 연구개발과제의 개요 ... 7
• 1절 연구개발의 필요성 ... 7
• 2절 연구개발의 최종 연구 목표 ... 8
• 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 9
• 1절 세계적 수준 ... 9
• 2절 국내 수준 ... 12
• 3절 국내외 연구현황 ... 12
• 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 14
• 1절 히스톤변형 분석 ... 14
• 2절 Hi-C data 분석을 통한 염색체 3D 구조 예측 연구 ... 16
• 3절 염색질 분포 및 multi-omic 데이터 분석 ... 19
• 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 24
• 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 27
• 1절 추가연구 ... 27
• 2절 다른 연구에의 응용 ... 27
• 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 29
• 1절 유전체 입체구조와 후성유전체 조합 예시 ... 29
• 2절 후성유전체 데이터베이스 ... 29
• 제7장 연구시설·장비 현황 ... 29
• 제8장 참고문헌 ... 29
• 끝페이지 ... 30