[보고서]유전정보를 이용한 잡초와 탄저병균, 씨스트선충의 분류 연구

김진원

보고서 정보

주관연구기관

국립농업과학원
National Institute of Agricultural Sciences

연구책임자

김진원

참여연구자

이인용 , 이정란 , 임주영 , 김미정 , 허경종 , 서현아 , 최효원 , 홍성기 , 김점순 , 이영기 , 함현희 , 고형래 , 이재국 , 김은화

보고서유형

최종보고서

발행국가

대한민국

언어

한국어

발행년월

2021-02

과제시작연도

2020

주관부처

농촌진흥청
Rural Development Administration(RDA)

등록번호

TRKO202100009623

과제고유번호

1395066448

사업명

농업과학기반기술연구(R&D)

DB 구축일자

2021-09-18

키워드

분류.유전정보.잡초.탄저병균.씨스트선충.Classification.Genetic information.Weed.Colletotrichum spp.Cyst nematode.

표 바코드 분석 대상 농경지 주요 잡초 81종
표 바코드 분석 대상 농경지 주요 잡초의 확증표본
표 바코드 표준마커 설정을 위한 대상 마커 후보군
표 과별 바코드 표준마커 선정 및 annealing temperature
표 바코드 마커별 PCR 조건(공통)
표 바코드 분석에 사용한 마디풀과, 명아주과, 석죽과 및 십자화과 잡초
표 각 바코드 마커별 PCR 성공률 및 염기서열 분석 성공률
표 rbcL, matK, 및 ITS 부위의 염기서열 분석 결과와 종내 및 종간변이율
표 rbcL, matK, 및 ITS 부위의 염기서열의 조합을 통한 종내 및 종간변이율 검정
표 rbcL, matK, ITS 염기서열 단독으로 사용했을 때(좌)와 조합하여 사용했을 때(우) 최대종내변이율 대비 최소종간변이율. 중앙의 대각선은 바코드 갭을 의미한다
표 석죽과 및 명아주과 잡초 7종에 대하여 바코드 유전자 rbcL 및 ITS 염기서열을 토대로 분석한 neighbor-joning tree
표 마디풀과, 명아주과, 배추과(십자화과) 잡초 15종에 대하여 바코드 유전자 rbcL, matK, ITS 염기서열 조합을 토대로 분석한 neighbor-joning tree
표 바코드 분석 대상 콩과, 사초과 및 기타잡초 20과 53종 목록
표 분석대상 두과 6종
표 형태적으로 유사한 살갈퀴, 얼치기완두, 새완두의 줄기와 꼬투리
표 rbcL 구역의 염기서열을 이용한 두과 7종의 Neighbor-joining tree
표 ITS 구역의 염기서열을 이용한 두과 7종의 Neighbor-joining tree
표 콩과 나비나물속 잡초 5종에 대한 rbcL 유전자의 단편 염기서열을 이용한 neighbor-joining tree (1000 반복)
표 콩과 나비나물속 잡초 5종에 대한 ITS 구간의 단편 염기서열을 이용한 neighbor-joining tree (1000 반복)
표 rbcL의 염기서열을 이용한 메꽃과 잡초의 Neighbor-joining tree
표 ITS의 염기서열을 이용한 메꽃과 잡초의 Neighbor-joining tree
표 rbcL의 염기서열을 이용한 사초과 잡초의 Neighbor-joining tree
표 ITS의 염기서열을 이용한 사초과 잡초의 Neighbor-joining tree
표 rbcL의 염기서열을 이용한 기타 잡초의 Neighbor-joining tree
표 ITS의 염기서열을 이용한 기타 잡초의 Neighbor-joining tree
표 채집 대상잡초와 채집 생태형 수
표 국화과 잡초 26종의 채집지 91지점의 위치
표 동정에 사용된 국화과 잡초 26종의 지역별 분포
표 국화과 잡초 26종에 대한 rbcL 단편 및 ITS 부위 염기서열의 종내변이율
표 국화과 잡초 26종 간 rbcL 단편유전자 및 ITS 부위 염기서열의 종간변이율
표 rbcL 유전자 단편 염기서열을 이용한 국화과 잡초 26종의 Neighbor-joining tree
표 Group I에 속한 국화과 잡초 12종의 Neighbor-joining tree. 위부터 차례로 서양민들레(Taraxacum officinale), 고들빼기(Crepidiastrum sonchifolium), 벌씀바귀(Ixeris polycephala), 뽀리뱅이(Youngia japonica), 왕고들빼기(Lactuca indica), 가시상추(Lactuca serriola), 큰방가지똥(Sonchus asper ), 방가지똥(Sonchus oleraceus), 서양금혼초(Hypochaeris radicata), 엉겅퀴(Cirsium japonicum), 지느러미엉겅퀴(Carduus crispus), 지칭개(Hemisteptia radicata)
표 Group II에 속한 국화과 잡초 3종의 Neighbor-joining tree. 떡쑥(Pseudodognaphalium affine), 망초(Conyza canadensis), 개망초(Erigeron annuus)
표 Group V에 속한 국화과 잡초 8종의 Neighbor-joining tree. 미국가막사리(Bidens frondosa), 가막사리(Bidens tripartita), 도깨비바늘(Bidens bipinnata), 털별꽃아재비 (Galingsoga ciliata), 한련초(Eclipta prostrata), 큰도꼬마리(Xanthium canadensis), 단풍잎돼지풀(Ambrosia trifida), 돼지풀(Ambrosia artemisiifolia)
표 ITS 부위의 단편 염기서열을 이용한 국화과 잡초 26종의 Neighbor-joining tree
표 Group A에 속한 국화과 잡초 13종의 Neighbor-joining tree. 돼지풀(Ambrosia artemisiifolia), 단풍잎돼지풀(Ambrosia trifida), 큰도꼬마리(Xanthium canadensis), 도깨비바늘 (Bidens bipinnata), 가막사리(Bidens tripartita), 미국가막사리(Bidens frondosa), 털별꽃아재비 (Galingsoga ciliata), 중대가리풀(Cenripeda minima), 개쑥갓(Senecio vulgaris), 엉겅퀴 (Cirsium japonicum), 지느러미엉겅퀴(Carduus crispus), 지칭개(Hemisteptia radicata)
표 Group B에 속한 국화과 잡초 9종의 Neighbor-joining tree. 큰방가지똥(Sonchus asper ), 방가지똥(Sonchus oleraceus), 가시상추(Lactuca serriola), 왕고들빼기(Lactuca indica), 서양금혼초(Hypochaeris radicata), 서양민들레(Taraxacum officinale), 벌씀바귀(Ixeris polycephala), 고들빼기(Crepidiastrum sonchifolium), 뽀리뱅이(Youngia japonica)
표 Group C에 속한 국화과 잡초 4종의 Neighbor-joining tree. 떡쑥(Pseudodognaphalium affine), 쑥(Artemisia princeps), 개망초(Erigeron annuus), 망초(Conyza canadensis)
표 탄저병균 DNA 염기서열분석을 위한 프라이머 목록
표 약제반응 시험에 사용된 살균제 17종의 품목명, 유효성분 및 계통 목록
표 채소류 탄저병의 다양한 병징. 고추 탄저병(윗줄), 무 탄저병(아랫줄 왼쪽), (C) 여주 탄저병(아랫줄 오른쪽)
표 전국에서 수집한 채소류 탄저병균 균주 개수
표 2017년∼2019년에 수집한 고추탄저병균의 균주 개수
표 Colletotrichum acutatum 종복합체에 속한 분리균주의 균학적 특성. C. scovillei C01024 (A-F), C. fioriniae C01005 (G-K), C. nymphaeae C01067 (L-P). A, G, and L: acervuli; B, H and M: conidia; C, I, and N: appressoria; E, J, and O: colony on PDA; F, K, and P: colony on OA
표 Colletotrichum acutatum species complex에 속하는 고추탄저병균의 균학적 특성
표 Colletotrichum gloeosporioides 종복합체에 속한 분리균주의 균학적 특성. C. fructicola C01008 (A-D), C. siamense C01019 (E-H), C. siamense C01094 (I-L). A, E, and J: conidia; B and F: appressoria; I: acervuli; C, G and K: colony on PDA; D, H and L: colony on OA
표 Colletotrichum gloeosporioides종 복합체에 속하는 고추탄저병균의 균학적 특성
표 Colletotrichum truncatum species complex에 속하는 고추탄저병균의 균학적 특성
표 Colletotrichum truncatum 종복합체에 속한 분리균주의 균학적 특성. C. truncatum C01029 (A-D), C01083 (E-H). A and E: acervuli; B and F: conidia; C and G: colony on PDA; D and H: colony on OA
표 Colletotrichum gigasporum species complex에 속하는 고추탄저병균의 균학적 특성
표 Colletotrichum gigasporum 종복합체에 속한 C01111 균주의 균학적 특성. A and B: perithecia and acervuli on SNA; C: conidia; D and E: asci and ascospores; F: colony on PDA
표 완전세대(자낭포자)를 형성하는 특성을 가진 C. sojae C01197 균주의 균학적 특성. A and B: perithecia. D and E: asci and ascospores; F: colony on PDA
표 C. acutatum 종 복합체에 속하는 고추 분리균의 ITS, TUB2, ACT, GAPDH, CHS-1 유전자염기서열 분석에 의한 계통도
표 C. gloeosporioides 종 복합체에 속하는 고추 분리균의 TUB2유전자 염기서열 분석에 의한 계통도
표 C. truncatum종 복합체에 속하는 고추 분리균의 ITS, TUB2, ACT, GAPDH, CHS-1 유전자염기서열 분석에 의한 계통도
표 C. gigasporum 종 복합체에 속하는 고추 분리균의 ITS, TUB2, ACT, GAPDH, CHS-1 유전자염기서열 분석에 의한 계통도
표 고추 시판품종에 대한 국내 고추 분리 Colletotrichum의 병원성
표 Colletotrichum acutatum 종 복합체에 속하는 고추 분리균의 침접종에 의한 병원성
표 C. gloeosporioides 종 복합체에 속하는 고추 분리균의 침접종에 의한 병원성
표 고추에서 분리한 C. truncatum의 침접종에 의한 병원성
표 기타 종 복합체에 속하는 고추 분리 Colletotrichum의 침접종에 의한 병원성
표 Colletotrichum scovillei 에 대한 국내 고추 시판품종 23개의 품종저항성 검정 실내 및 포장시험 결과 비교
표 국내 분포 고추탄저병균의 종별 분포 비율
표 강원 지역에서 수집한 무탄저병균 목록
표 무에서 분리한 Colletotrichum higginsianum의 균학적 특성. A, conidia; B, appressoria; C, acervuli; D, colony on PDA; E, colony on OA. Scale bars of A and B =10μm. Scale bar of C = 200μm
표 무에서 분리한 Colletotrichum truncatum의 균학적 특성. A, conidia; B, appressoria; C, acervuli; D, colony on PDA; E, colony on OA. Scale bars of A and B =10μm. Scale bar of C = 200μm
표 무에서 분리한 Colletotrichum higginsianum의 균학적 특성 비교
표 무에서 분리한 Colletotrichum higginsianum의 균학적 특성 비교
표 무에서 분리한 Colletotrichum higginsianum과 관련 종의 계통수. Phylogenetic tree based on the internal transcribed spacers and intervening 5.8S nrDNA (A), partial beta-tubulin (B), partial actin (C), and partial chitin synthase-1 (D) genes sequence data for Colletotrichum higginsianum isolated from infected radish leaves and reference species (including C. destructivum species complex). Sequence data were obtained from the NCBI GenBank database. The tree was generated using neighbor joining analysis and Kimura 2-parameter model. Bar represents the number of nucleotide substitutions per site
표 무에서 분리한 Colletotrichum truncatum과 관련 종의 계통수. Phylogenetic tree based on the internal transcribed spacers and intervening 5.8S nrDNA (A), partial beta-tubulin (B), partial actin (C), and partial chitin synthase-1 (D) genes sequence data for Colletotrichum higginsianum isolated from infected radish leaves and reference species (including curved Colletotrichum species). Sequence data were obtained from the NCBI GenBank database. The tree was generated using neighbor joining analysis and Kimura 2-parameter model. Bar represents the number of nucleotide substitutions per site
표 무에서 분리한 Colletotrichum 2종의 무와 배추에 대한 병원성 검정
표 기린초 잎에 발생한 탄저병의 병징
표 기린초 탄저병 발병 잎에서 분리한 균주의 분생포자 및 강모
표 기린초에서 분리한 Colletotrichum aenigma와 관련 종의 계통수. Phylogenetic tree based on the internal transcribed spacers and intervening 5.8S nrDNA (ITS), partial beta-tubulin (TUB2), actin (ACT), chitin synthase-1 (CHS-1), glutamine synthetase (GS), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), and calmodulin (CAL) genes sequence data for Colletotrichum aenigma isolated from infected orange stone crop leaves and reference species (including curved Colletotrichum gloeosporioides species complex). Sequence data were obtained from the NCBI GenBank database. The tree was generated using neighbor joining analysis and Kimura 2-parameter model. Bar represents the number of nucleotide substitutions per site
표 뿌리혹선충 Perineal pattern 제작 및 DNA 추출 모식도
표 씨스트선충 Perineal area 제작 및 DNA 추출 모식도
표 국내에서 확보한 뿌리혹선충 시료 현황
표 국내에서 확보한 씨스트선충 시료 현황
표 고구마뿌리혹선충 개체군
표 자바니카뿌리혹선충 개체군
표 당근뿌리혹선충 개체군
표 사과뿌리혹선충(가칭) 개체군
표 사탕무씨스트선충 개체군의 형태적 특성
표 클로버씨스트선충 개체군의 형태적 특성
표 콩씨스트선충 개체군의 형태적 특성
표 반짝이콩씨스트선충 개체군의 형태적 특성
표 왕벼씨스트선충 개체군의 형태적 특성
표 Heterodera ripae의 형태적 특성
표 대나무씨스트선충 개체군의 형태적 특성
표 사탕무씨스트선충의 형태부위별 사이즈 측정 결과
표 클로버씨스트선충의 형태부위별 사이즈 측정 결과
표 콩씨스트선충의 형태부위별 사이즈 측정 결과
표 반짝이콩씨스트선충의 형태부위별 사이즈 측정 결과
표 기타 씨스트선충류의 형태부위별 사이즈 측정 결과
표 뿌리혹선충 DNA 바코드를 위한 마커별 PCR 프라이머 세트
표 Gradient PCR for finding optimal PCR condition of DNA markers of Meloidogyne spp. M: 100 bpDNA ladder (Bioneer, Daejeon, Korea). 1-12 Lane : Gradient PCR from 45℃ to 60℃, 1: 45.0℃, 2: 45.4℃, 3: 46.3℃, 4: 47.5℃, 5: 49.2℃, 6: 51.4℃, 7: 53. 9℃, 8: 56.0℃, 9: 57.7℃, 10: 58.8℃, 11: 59.7℃, 12: 60.0℃
표 뿌리혹선충 마커별 PCR 조건
표 씨스트선충 DNA 바코드를 위한 마커별 PCR 프라이머 세트
표 Gradient PCR for finding optimal PCR condition of barcode markers of Heterodera spp. M: 100 bpDNA ladder (Bioneer, Daejeon, Korea). 1-12 Lane : Gradient PCR from 45℃ to 60℃, 1: 45.0℃, 2: 45.4℃, 3: 46.3℃, 4: 47.5℃, 5: 49.2℃, 6: 51.4℃, 7: 53. 9℃, 8: 56.0℃, 9: 57.7℃, 10: 58.8℃, 11: 59.7℃, 12: 60.0℃
표 씨스트선충 마커별 PCR 조건
표 뿌리혹선충의 바코드 마커별 PCR 및 Sequencing 성공률
표 씨스트선충의 바코드 마커별 PCR 및 sequencing 성공률
표 뿌리혹선충 ITS region의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 뿌리혹선충 28S D2-D3의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 뿌리혹선충 mtCOI의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 뿌리혹선충 mtCOII의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 씨스트선충 ITS region의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 씨스트선충 28S D2-D3의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 씨스트선충 mtCOI의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 씨스트선충 mtCOII의 분자생물학적 계통 분석 결과
표 뿌리혹선충속의 마커별 바코드갭 분석 결과
표 마커별 뿌리혹선충 바코드갭 분석 그래프
표 씨스트선충속의 마커별 바코드갭 분석 결과
표 마커별 씨스트선충 바코드갭 분석 그래프
표 국내 분포 뿌리혹선충의 개체군별 DNA 염기서열정보 등록 현황
표 국내 분포 씨스트선충의 개체군별 DNA 염기서열정보 등록 현황
표 콩씨스트선충 동정을 위한 특이프라이머세트 개발을 위한 qPCR 결과

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