초록 ▼

연구의 목적 및 내용
- 두과작물 유전체예측 및 오믹스 오픈소스플랫폼 개발
- 작물육종 디자인을 위한 데이터베이스 연동 다중 오믹스 정보 분석 및 시각화 플랫폼 구축
- 원예작물의 유전체 육종 구현을 위한 데이터베이스 구축
- 오픈소스플랫폼 기반 작물육종을 위한 형질연관마커 개발 체계 및 웹 기반 인터페이스 구축

연구개발성과
- 정보전략계획수립 (ISP; Information Strategy Planning)
- < 작물유전체육종발전위원회 > 결성 및 운영
- 오픈소스플랫폼 제작:

연구의 목적 및 내용
- 두과작물 유전체예측 및 오믹스 오픈소스플랫폼 개발
- 작물육종 디자인을 위한 데이터베이스 연동 다중 오믹스 정보 분석 및 시각화 플랫폼 구축
- 원예작물의 유전체 육종 구현을 위한 데이터베이스 구축
- 오픈소스플랫폼 기반 작물육종을 위한 형질연관마커 개발 체계 및 웹 기반 인터페이스 구축

연구개발성과
- 정보전략계획수립 (ISP; Information Strategy Planning)
- < 작물유전체육종발전위원회 > 결성 및 운영
- 오픈소스플랫폼 제작: SNP-array기반 & NGS기반
- SOP (Standard Operating Procedure/Protocol)의 제작 및 배포
- KCGB (Korean Crop Genomics Breeding) 포털사이트 구축 및 운영
- SNP-array기반 유전체선발/예측 신규 알고리즘 및 파이프라인 개발
- NGS기반 집단유전체정보분석 신규 알고리즘 및 파이프라인 개발
- 다중 오믹스 정보의 집적/체계화 및 G-/CG-browser 구축
- 유전자 기능 정보 체계화를 위한 해석유전체(TGDB) 시스템 구축
- 두과작물 페디그리 연동 표현체 데이터베이스 구축
- 다중 오믹스 (전사체, 물질대사, 유전자 네트웍) 분석 모듈 개발
- 다중 오믹스/big data 기반 형질 연관 유전자/변이 발굴
- 분자마커 디자인 자동화 및 가시화 시스템 개발
- 작물별 genome browser 구축 및 유전체, 유전자, SNP 정보 표준화
- 기존 DB의 평가 및 이식, 통합을 위한 설계 작성
- DB의 통합 후 안정성 및 보안성 테스트
- 원예작물 품종육성 정보분석 알고리즘 개발 및 시스템내 적용
- 원예 작물 유전체 육종을 지원하는 데이터베이스 구현
- 포탈사이트 운영 및 각 작물기관에 시스템 이전
- 대용량 유전체재분석, GBS 유전형분석 모듈 웹 인터페이스 연동
- 오믹스 데이터 연동 작물 SNP 브라우저 구축
- 웹기반 대량 마커개발 체계 설계 및 구축
- 집단유전체 (Population genomics) 분석 모듈 웹 인터페이스 연동
- GWAS 분석 체계 웹 인터페이스 연동
- GWAS 분석 결과 가시화 도구 개발 및 인터페이스 연동
- 형질연관 분자마커개발 모듈 완성 및 웹 인터페이스 연동

연구개발성과의 활용계획 (기대효과)
- 전통육종 기술과 유전체 정보를 활용하여 분자육종에 접목할 수 있는 기술/정보활용 인터페이스/분석 도구를 개발 및 지원함
- 유전체육종을 목표로 개발된 웹 기반의 인터페이스는 국가적인 유전체 연구 및 육종기술의 위상을 높이는데 기여함.
- 대량 마커개발 시스템 및 가시화 연동 정보를 포함한 인터페이스는 영세한 종자회사 및 관련 산업체에서 쉽게 접근, 활용할 수 있는 시스템으로 육종산업에서 효율을 증대

(출처 : 요약문 5p)

Abstract ▼

Purpose&Contents
- Genomic Prediction and Development of Omics Open Source Platform in Legume
- Construction of bioinformatic platform for crop breeding design via development of multi-omics analysis modules and user-friendly visualization tools
- Development of integrated genomic database

Purpose&Contents
- Genomic Prediction and Development of Omics Open Source Platform in Legume
- Construction of bioinformatic platform for crop breeding design via development of multi-omics analysis modules and user-friendly visualization tools
- Development of integrated genomic database and open source platform for horticultural crop
- Development of trait associated marker design system and web-interface for open-source crop breeding platforms

Results
- ISP; Information Strategy Planning
- Management of
- Development of Open Source Platform: SNP-array based & NGS-based
- Distribution of SOP (Standard Operating Procedure/Protocol)
- Construction and Management of KCGB (Korean Crop Genomics Breeding) portao site
- Development of novel SNP-array based genomic selection/prediction algorithm and software, pipelines
- Development of NGS-based population genomics algorithm and software, pipelines
- Integration/organization of multi-omics information and construction of G-/CG-browser
- Integration of gene functional information by translational database system (TGDB)
- Pedigree and phenomics database construction for crop genomes
- Development of multi-omics analysis module
- Discovery of multi-omics and big data based phenotype association
- Development of automatic molecular marker and visualization system
- Genome browser for crops and standardization of genomics, genes, SNP information
- Assessment and transplantation of integration of previous database
- Stability and safety test for integrated database
- Development of genome information analysis for horicultural crops
- Construction of support databases for horicultural crops
- Management of portal site and system transfer
- Analysis of resequencing, GBS data, integration
- Construction of SNP browser for omics-data integration
- System development of web-based huge marker discovery
- Analysis module for population genomics and integration of interfaces
- GWAS analysis system and integration of interfaces
- GWAS analysis results visualization and integration of interfaces
- Phenotype associated molecular markers and integration of interfaces

Expected Contribution
- Support for interfaces and analysis tools for integratioin of traditional breeding techniques with genome information
- Support for domestic genomics researches by genomics-assisted breeding interfaces
- Support for efficient breeding industry by mass molecular marker discovery system

(출처 : Summary 6p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제 출 문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 4
• 국 문 요 약 문 ... 5
• Summary ... 6
• 목차 ... 7
• 제 1 장 연구 개발 과제의 개요 ... 8
• 제1절 연구 개발 목적 ... 8
• 제2절 연구 개발의 필요성 ... 9
• 제3절 연구 개발 범위 ... 13
• 제 2 장 연구 수행 내용 및 결과 ... 16
• 제 3 장 목표달성도 및 관련분야 기여도 ... 98
• 제1절 목표대비 달성도 ... 98
• 제2절 정량적 성과(논문게재, 특허출원, 기타)를 기술 ... 101
• 제 4 장 연구 결과의 활용 계획 ... 102
• 제 5 장 연구 개발 결과의 보안 등급 ... 104
• 제 6 장 연구시설·장비종합정보시스템에 등록한 연구시설·장비 현황 ... 105
• 제 7 장 연구개발과제의 대표적 연구실적 ... 106
• 제 8 장 기타사항 ... 108
• 제 9 장 참고문헌 ... 109
• 끝페이지 ... 114