초록 ▼

- 양질의 췌장암 검체 및 임상 자료를 통합하는 임상 DB를 구축하여 기초 연구진과 임상 정보 공유 플랫폼 확보하고 췌장암 시료 300례 이상 확보(발굴-100례;검증-200례 이상)
- 시료균일성이 확보된 유전체 및 단백체 데이터의 생산을 위한 췌장암 검체시료 전처리 SOP 확립 및 췌장암 조직 tumor cellularity 측정법 개발
- 췌장암 유전체(엑솜, 전사체) 데이터를 생산하고 췌장암 특이적 fusion gene, novel isoform, 유전자 변이 및 특이 발현과 그들의 네트워크 발굴
- 선도개발

- 양질의 췌장암 검체 및 임상 자료를 통합하는 임상 DB를 구축하여 기초 연구진과 임상 정보 공유 플랫폼 확보하고 췌장암 시료 300례 이상 확보(발굴-100례;검증-200례 이상)
- 시료균일성이 확보된 유전체 및 단백체 데이터의 생산을 위한 췌장암 검체시료 전처리 SOP 확립 및 췌장암 조직 tumor cellularity 측정법 개발
- 췌장암 유전체(엑솜, 전사체) 데이터를 생산하고 췌장암 특이적 fusion gene, novel isoform, 유전자 변이 및 특이 발현과 그들의 네트워크 발굴
- 선도개발 프로테오믹스 기술 플렛폼을 활용하여 췌장암 조직에 대한 광범위하고, 심도 있는 글로벌단백체 및 인산화단백체 정량 프로파일링을 수행하여 동일 환자시료로부터 2세부과제 차세대유전체 데이터의 유전자 분석범위 대비 80% 이상의 유전자 분석범위에 해당하는 글로벌 단백체와 20,000종 이상의 인산화 펩티드 정보를 생산
- 구축된 유전단백체 데이터 통합분석 파이프라인을 통해 환자별 다중단백질 DB 생성, 유전변이 및 인산화 단백질 정보 획득, 아형(subtype) 규명, 핵심 췌장암 네트워크 모델 구축, 임상정보와의 연관분석을 수행
- 유전단백체 통합정보에 기반한 췌장암 치료불응성 예측 다중마커를 발굴함

(출처 : 요약서 3p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 제출문 ... 2
• 보고서 요약서 ... 3
• 요약문 ... 4
• 목차 ... 5
• 1. 연구개발과제의 개요 ... 6
• 2. 연구수행내용 및 성과 ... 10
• 1) 임상 설계, 시료 확보의 프로토콜화 ... 10
• 2) 임상 정보 활용 위한 시스템 구축 ... 10
• 3) 유전단백체 분석을 위한 시료 준비-Tumor cellularity 기준　설정 ... 11
• 4) 생체 분석 기법 검증 및 MRM 어세이 포탈 구축 ... 11
• 5) 임상 시료 확보 ... 12
• 6) MRM 어세이 기반 마커 모델 구축, 평가, 확립 ... 12
• 7) 치료 불응성 췌장암의 생존, 재발 및 항암제 감수성 관련 정보와 통합 분석 ... 14
• 8) 오가노이드 세포주를 활용한 항암제 감수성 연구-항암제 감수성 스크리닝 연구를 위한 임상 시료 확보 ... 14
• 9) MRM 어세이 기반 마커 임상적 유용성 평가 ... 15
• 10) 구축된 MRM 어세이 포탈을 통한 분석적 타당도 검증 ... 16
• 11) 시료 선정 ... 19
• 12) qpure를 이용한 tumor cellularity 계산 ... 19
• 13) RNA Integrity와 DV200에 의한 Exome RNA capture sequencing 선택 ... 19
• 14) Tumor Cellularity 통계 및 임상정보와의 연관성 ... 20
• 15) 196명 환자 샘플에 대해 WES, RNA-seq 수행 ... 21
• 16) UCSC Genome Browser를 이용한 데이터 Visualization ... 21
• 17) 대규모 췌장암 유전체 데이터베이스와 비교 ... 22
• 18) Somatic Mutation Annotation ... 23
• 19) Tumor Mutation Burden Analysis ... 24
• 20) Copy Number Variation Analysis ... 26
• 21) Tumor infiltrating lymphocyte analysis ... 27
• 22) 췌장암 시료를 위한 타겟 지향적 MRM 기술 기반 구축 ... 27
• 22) 췌장암 조직시료 전처리 SOP구축 및 279례의 췌장암 조직시료 전처리 및 TMT 표지 수행 ... 28
• 23) 대용량 유전단백체 통합분석 파이프라인 기술 개발 및 파이프라인 구축 ... 32
• 24) 췌장암 조직에 대한 글로벌 단백체 및 인산화 단백체 데이터 생산 ... 35
• 25) 구축된 유전단백체 데이터 통합분석 파이프라인을 통해 153례의 췌장암 환자별 다중단백질 DB 생성 ... 38
• 26) 153례 췌장암 조직시료로부터 확보된 단백체 및 인산화 단백체 데이터 분석 ... 41
• 27) 췌장암 글로벌 단백체 및 인산화단백체 데이터를 이용한 네트워크 및 pathway 분석 ... 48
• 28) 췌장암 치료불응성 통합정보에 기반한 난치 췌장암 제어 관련 유전단백체 다중마커 발굴 ... 52
• 29) Diagnostic ion-based PTM landscape 연구 ... 55
• 3. 목표 달성도 및 관련 분야 기여도 ... 58
• 3-1. 목표 ... 58
• 3-3. 목표 미달성 시 원인(사유) 및 차후대책(후속연구의 필요성등) ... 58
• 4. 연구개발성과의 활용 계획 등 ... 59
• 붙임. 참고문헌 ... 60
• [별첨1]유전체 정보 생산/등록/활용 및 유전체정보서비스 실적 양식 ... 64
• 끝페이지 ... 66