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Kafe 바로가기주관연구기관 | 경희대학교 Kyung Hee University |
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연구책임자 | 김해영 |
참여연구자 | 윤현진 , 김동혁 , 양승민 , 김다영 , 서승만 , 원지은 , 백지원 , 박경아 , 김예은 , 이서현 , 고세영 |
보고서유형 | 최종보고서 |
발행국가 | 대한민국 |
언어 | 한국어 |
발행년월 | 2021-10 |
과제시작연도 | 2021 |
주관부처 | 식품의약품안전처 Ministry of Food and Drug Safety |
연구관리전문기관 | 식품의약품안전평가원 National Institute of Food and Drug Safety Evaluation |
등록번호 | TRKO202200005121 |
과제고유번호 | 1475012501 |
사업명 | 식품등안전관리(R&D) |
DB 구축일자 | 2022-07-23 |
키워드 | 살모넬라.혈청형.전장유전체.실시간유전자증폭법.검증.Salmonella.serotype.WGS.Real-Time PCR.validation. |
한국, 미국, 유럽등의 보고서와 통계자료를 바탕으로 국내외적으로 식중독 사고 빈도수가 높고 임상병리학적으로 중요한 살모넬라 혈청형을 선별하고 후보 살모넬라 혈청형 66종에 대해 전장유전체를 조사 및 수집함. 수집된 전장유전체 모두를 in silico serotyping 분석법으로 혈청형 정보를 검증하고 in silico serotyping 분석법으로 구별할 수 없는 혈청형에 대해서는 pangenome 분석을 수행하여 혈청형을 검증한 뒤 최종적으로 살모넬라 전장유전체들을 모아 데이터베이스를 구축하였음. 구축된 데이터베이스들로 pang
한국, 미국, 유럽등의 보고서와 통계자료를 바탕으로 국내외적으로 식중독 사고 빈도수가 높고 임상병리학적으로 중요한 살모넬라 혈청형을 선별하고 후보 살모넬라 혈청형 66종에 대해 전장유전체를 조사 및 수집함. 수집된 전장유전체 모두를 in silico serotyping 분석법으로 혈청형 정보를 검증하고 in silico serotyping 분석법으로 구별할 수 없는 혈청형에 대해서는 pangenome 분석을 수행하여 혈청형을 검증한 뒤 최종적으로 살모넬라 전장유전체들을 모아 데이터베이스를 구축하였음. 구축된 데이터베이스들로 pangenome 분석을 수행하여 각 혈청형에 특이적인 유전자를 선별한 뒤 발굴된 66종의 혈청형 특이 유전자로부터 혈청형 특이 프라이머를 개발함.
한번의 반응으로 66종의 혈청형을 동시에 검출할 수 있는 real-time PCR 분석법을 확립하기 위해 혈청형 특이 프라이머를 사용하여 동일한 PCR 조건에서 특이성 및 정확성을 검증함. 개발된 real-time PCR 분석법은 항혈청형 분석법과 비교하여 개발된 real-time PCR 분석법의 유효성을 검 증함. 유사한 혈청형 공식을 갖는 혈청형들은 항혈청형 분석법으로 검증이 불가능하여 WGS을 수행함. WGS를 수행하여 얻어진 sequence를 이용하여 pangenome을 분석 후 real-time PCR 분석법을 검증함.
최종적으로 개발된 real-time PCR 분석법을 바탕으로 한 개의 96 well plate로 66종의 혈청형을 동시에 검출할 수 있도록 살모넬라 다중 혈청형 진단 키트를 제작하고 표준균주 및 분리균주를 사용하여 키트의 안정성 검증, 기관별 검증, 기기별 검증을 수행하여 유효성을 평가함. 결과적으로 전통적인 항혈청형 분석법보다 비용적 측면에서 경제적이고 시간적으로도 효율적인 방법임을 증명함.
(출처 : 요약문 6p)
- A total of 66 Salmonella serovars sharing similar antigenic formulas and exhibiting high prevalence were investigated.
- Salmonella genomes were evaluated prior to exploring genetic markers, and some genomes had serovars different from the specified serovar information.
- Based on these anal
- A total of 66 Salmonella serovars sharing similar antigenic formulas and exhibiting high prevalence were investigated.
- Salmonella genomes were evaluated prior to exploring genetic markers, and some genomes had serovars different from the specified serovar information.
- Based on these analyses, unique genes for 66 serovars were explored. These unique genes were identified as genes present in all strains of target serovar genomes but absent in strains of other serovar genomes.
- Serovar-specific primer pairs were designed from the unique genes, and a real-time PCR method that can distinguish between 66 Salmonella serovars in a single 96-well plate assay was developed.
- Real-time PCR method and the developed detection kit showed 100% high specificity.
- Detection kit was applied successfully to both strains with identified serovars and an unknown strains, demonstrating that method can accurately detect serovars of strains compared with traditional serotyping methods.
- Serovars that have the similar antigenic formulas and cannot be differentiated by traditional serotyping methods performed whole genome sequencing.
- Our method enables rapid and economical Salmonella serotyping compared with the traditional serotyping method.
(source: Summary 8p)
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과제명(ProjectTitle) : | - |
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연구책임자(Manager) : | - |
과제기간(DetailSeriesProject) : | - |
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연구목표(Goal) : | - |
연구내용(Abstract) : | - |
기대효과(Effect) : | - |
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