초록 ▼

4. 연구결과
○ 선발된 Flavobacterium 20종
- F. caeni NIBRCBA000001718, F. fontis NIBRCBA000001719 F. plurexotorum NIBRCBA000001736, F. xueshanense NIBRCBA000001818, F. jumunjinense NIBRCBA000001861, F. enshiense NIBRCBA000001946, F. dankookense NIBRCBA000001994, F. keumense NIBRCBA000002013, F. viscosu

4. 연구결과
○ 선발된 Flavobacterium 20종
- F. caeni NIBRCBA000001718, F. fontis NIBRCBA000001719 F. plurexotorum NIBRCBA000001736, F. xueshanense NIBRCBA000001818, F. jumunjinense NIBRCBA000001861, F. enshiense NIBRCBA000001946, F. dankookense NIBRCBA000001994, F. keumense NIBRCBA000002013, F. viscosus NIBRCBA000002155 F. ahnfeltiae NIBRCBA000002270, F. plurexotorum NIBRCBA000002469, F. endophyticum NIBRCBA000002550, F. cheniae NIBRCBA000002820, F. yonginense NIBRCBA000003904, F. sediminiltoris NIBRCBA000501239 F. pectinovorum NIBRCBA000502536, F. tructae NIBRCBA000502540 F. chiense NIBRCBA000503310, F. terrae NIBRCBA000001846, F. psychrolimnae NIBRCBA000002038

○ Flavobacterium 20종의 16S rRNA 유전자 및 유전체 계통도의 비교
- 16S rRNA 유전자 및 유전체 계통도에서 하나의 클레이드 형성 (F. turctae NIBRCBA000502540, F. psychrolimnae NIBRCBA000002038, F. plurexotorum NIBRCBA000002469, F. plurexotorum NIBRCBA000001736, F. xueshanense NIBRCBA000001818, F. chiense NIBRCBA000503310 및 F. pectinovorum NIBRCBA000502543)
- 16S rRNA 유전자 계통수에서 F. tructae NIBRCBA000502540이 F. psychrolimnae NIBRCBA000002038과 가깝지만, 유전체상으로는 F. tructae NIBRCBA000502540이 F. pectinovorum NIBRCBA000502534와 더 가까움

○ Flavobacterium 20종의 유전체 크기 및 기능성 유전자 여부
- 유전체의 크기는 2.5~5.9 Mb 였으며 esterase 및 esterase lipase는 F. yonginense NIBRBAC00003904를 제외한 19균주에서 발현되었으며, galactosidase는 F. keumense NIBRBAC000002013 및 F. chiense NIBRBAC000503310에서 발현

○ 기능성 유전자인 esterase 비교
- Esterase (EC3.1.1.1)는 알코올이나 산의 ester를 가수분해함
- F. xueshanense NIBRBAC000001818, F. ehiense NIBRBAC000503310의 유전체에서는 명확하게 출력되었으나 나머지 균주에서는 후보 유전자로 발견
- Flavobacterium의 esterase 활성이 API ZYM에서는 나타나지만 유전체에서 esterase 코딩(coding) 유전자를 명확하게 규명하기 위한 후속 연구 필요

(출처 : 요약문 5p)

Abstract ▼

In this study, genome of twenty Flavobacterium were analysed. The Flavobacteriums were obtained from the National Institute of Biological Resources. The color of Flavobacterium has yellow color, which the “flavo-” is originated from the term “flavum”, Latin. Yellow color is came from their carotenoi

In this study, genome of twenty Flavobacterium were analysed. The Flavobacteriums were obtained from the National Institute of Biological Resources. The color of Flavobacterium has yellow color, which the “flavo-” is originated from the term “flavum”, Latin. Yellow color is came from their carotenoid which composes by thirty carbon backbone. The long carbon backbone is hydrophobic. We guessed the backbone will be hydrolyzed by liphoclastic enzyme. Thus the lipase gene would be considered in the genome of the Flavobacterium.

The genomes were analyzed by using the PacBio RSII platform. Genome size of twenty strains are 2.5 to 5.9 Mbp. From the genomes, functional genes (esterase and lipase etc.) were extracted. The functional genes were considered from API ZYM test. A results of API ZYM test showed the hydrolysis of esterase (C4) and lipase esterase (C8), but activation of the lipase (C14) was not presented. In the genomes, a number of 112 carboxylesterase super family genes, the esterase and lipase, were sampled. Among of them, 3 genes were obviously revealed esterase [EC 3.1.1.1]. The esterase genes were originated from the genomes of F. xueshanense NIBRBAC000001818 and F. ehiense NIBRBAC000503310. More over the analysis, they were compared with other carboxylesterase super family gene from the rest genoems, F. plurexotorum NIBRCBA000001736 and F. endophyticum NIBRCBA000002550. In matrix, candidatus esterase gene of F. plurexotorum NIBRCBA000001736 and F. endophyticum NIBRCBA000002550 have similarity 40% more with the esterase genes of F. xueshanense NIBRBAC000001818 and F. ehiense NIBRBAC000503310, respectively.

In this study, we analyzed genome of twenty Flavobacterium and compared the functional gene, esterase, lipase. Basic research about the esterase gene of Flavobacterium maybe depressed. By the reason, guessing a esterase gene from the genomes of Flavobacterium could’t help having a limit. Navertheless, the genome analysis and comparing showed the possibility of the obtaining the diversity of the microbial functional genes in this inverstigation.

(source : Abstract 10p)

목차 Contents

• 표지 ... 1
• 요 약 문 ... 4
• 목차 ... 7
• 표목차 ... 8
• 그림목차 ... 9
• Abstract ... 10
• Ⅰ. 서 론 ... 11
• Ⅱ. 연구방법 ... 13
• 1. 원핵생물 분양 및 배양 ... 13
• 가. 원핵생물 분양 및 배양 ... 13
• 나. 16S rRNA 염기서열 분석 ... 13
• 다. API ZYM 시험 ... 14
• 2. 유전체 분석 ... 15
• 가. 유전체 분석, 조립 및 해독 ... 15
• 나. 유용유전자의 계통도 작성 및 메트릭스 분석 ... 17
• Ⅲ. 연구결과 ... 18
• 1. 균주 배양 및 효소 발현 ... 18
• 가. 배양체 순수 균집락 ... 18
• 나. 균주의 16S rRNA 유전자 정보 및 계통도 분석 ... 19
• 다. API ZYM test 결과 ... 20
• 2. 유전체 분석 ... 21
• 가. 유전체의 크기 ... 21
• 나. 유전체 및 16S rRNA 유전자 계통도 비교 ... 21
• 다. KEGG를 통한 유전체 내 유전자 ... 22
• 라. Esterase 계통도 및 matrix를 통한 유전자 추측 ... 23
• IV. 고찰 ... 25
• V. 결론 ... 27
• Ⅵ. 참고문헌 ... 28
• 부록. Flavobacterium 20종의 유전체 정보 ... 30
• 끝페이지 ... 49